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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - CTD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cardiomegaly | ISO | RGD:1345297 | 11554173 | CTD Direct Evidence: therapeutic | CTD | PMID:11248077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| developmental coordination disorder | ISO | RGD:1345297 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:18711127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Memory Disorders | ISO | RGD:1345297 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:18711127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsMolecular Pathway AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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Molecular Pathway AnnotationsReferences - curated| 1. | Bhattacharyya S, etal., Nat Neurosci. 2009 Feb;12(2):172-81. Epub 2009 Jan 25. |
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| 8. | Gardner LA, etal., J Biol Chem. 2006 Nov 3;281(44):33537-53. Epub 2006 Aug 28. |
| 9. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
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| 15. | Hoshi N, etal., Nat Neurosci 2003 Jun;6(6):564-71. |
| 16. | Jeske NA, etal., Pain. 2008 Sep 15;138(3):604-16. Epub 2008 Apr 1. |
| 17. | Jicha GA, etal., J Neurosci. 1999 Sep 1;19(17):7486-94. |
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| 20. | Kurihara K, etal., Biochem Pharmacol. 2003 Jul 15;66(2):239-50. |
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| 22. | Li H, etal., Nat Struct Mol Biol. 2012 Feb 19;19(3):337-45. doi: 10.1038/nsmb.2238. |
| 23. | Lilly SM, etal., Neuroscience. 2005;134(1):155-63. |
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| 25. | Nauert JB, etal., J Cell Biochem 2003 Sep 1;90(1):97-108. |
| 26. | NCBI rat LocusLink and RefSeq merged data July 26, 2002 |
| 27. | Nomura S, etal., Biochem Biophys Res Commun. 2002 Jul 12;295(2):236-42. |
| 28. | Oliveria SF, etal., Neuron. 2007 Jul 19;55(2):261-75. |
| 29. | RGD automated data pipeline |
| 30. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 31. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 32. | Robertson HR, etal., J Neurosci. 2009 Jun 17;29(24):7929-43. |
| 33. | Smith KE, etal., J Neurosci. 2006 Mar 1;26(9):2391-402. |
| 34. | Tasken K and Aandahl EM, Physiol Rev. 2004 Jan;84(1):137-67. |
| 35. | Wang D, etal., FASEB J. 2010 Sep;24(9):3511-21. doi: 10.1096/fj.10-156661. Epub 2010 Apr 15. |
| 36. | Willoughby D, etal., J Biol Chem. 2010 Jun 25;285(26):20328-42. doi: 10.1074/jbc.M110.120725. Epub 2010 Apr 21. |
| 37. | Willoughby D, etal., J Cell Sci. 2012 Dec 1;125(Pt 23):5850-9. doi: 10.1242/jcs.111427. Epub 2012 Sep 12. |
| 38. | Zhang X, etal., Neuron. 2008 Aug 14;59(3):450-61. |
References - uncurated| PubMed | 10753752 15458848 17081159 17279627 17548344 17911601 19292454 19767149 19858198 20164376 20694001 21273417 21569553 21674494 21771783 22623657 22789851 23392692 24121510 24501172 25005497 25451194 25451626 28331977 29800717 30102916 |
Comparative Map Data| Akap5 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| AKAP5 (Homo sapiens - human) |
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| Akap5 (Mus musculus - house mouse) |
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| Akap5 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| AKAP5 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| AKAP5 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Akap5 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| AKAP5 (Sus scrofa - pig) |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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RNA-SEQ Expression| testis | heart | brain | ovary | uterus | skeletal muscle tissue | colon | gastrocnemius | forebrain | hindbrain | lung | spleen | liver | kidney | adrenal gland | thymus | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| High | ||||||||||||||||
| Medium | 2 | 4 | 11 | 1 | 18 | 8 | 11 | |||||||||
| Low | 17 | 30 | 12 | 15 | 3 | 3 | 7 | 8 | 17 | 11 | 29 | 27 | 8 | 8 | ||
| Below cutoff | 3 | 9 | 2 | 1 | 12 | 8 |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_133515 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| GenBank Nucleotide | AAHX01045203 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AAHX01045204 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AC128637 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473947 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| J04597 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| U67136 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | NM_133515 ⟹ NP_598199 | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
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| Sequence: |
TCCGCGCTGGGGAGGGGGCGCGCGGCTGCGGTCCCTCTGCAGAGGGCTGCGCGCTCCGCGGTCThide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_598199 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| GenBank Protein | AAA50420 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| AAB07887 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM03657 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| P24587 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_598199 ⟸ NM_133515 |
| - UniProtKB: | F1LPP6 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
METSVSEIQIETKDEKRPEAASPQKERQERKTATLCFKRRKKVNKKKAKAGSKTAEETKKHAPEhide sequence |
TranscriptomePromoters| RGD ID: | 13694674 | |||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R5198 | |||||||||
| Type: | multiple initiation site | |||||||||
| Name: | Akap5_1 | |||||||||
| Description: | A-kinase anchoring protein 5 | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
| Position: |
|
Strain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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Damaging Variants| Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
| 6 | 99359828 | 99359829 | A | C | snv | SR/JrHsd (RGD) |
| Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
| 6 | 98927304 | 98927305 | C | G | snv | SS/JrHsdMcwi (MCW) |
External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:620829 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000006410 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000008416 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000008416 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| InterPro | AKAP5 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Pkinase-A_anch_WSK-motif | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:171026 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 171026 | ENTREZGENE |
| PANTHER | PTHR15182 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Pfam | WSK | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PhenoGen | Akap5 | PhenoGen |
| PROSITE | AKAP_CAM_BD | UniProtKB/Swiss-Prot |
| UniGene | Rn.122003 | ENTREZGENE |
| Rn.215609 | ENTREZGENE | |
| UniProt | AKAP5_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot |
| F1LPP6 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| P24587 | ENTREZGENE | |
| UniProt Secondary | P70593 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2015-11-25 | Akap5 | A-kinase anchoring protein 5 | Akap5 | A kinase (PRKA) anchor protein 5 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2005-01-20 | Akap5 | A kinase (PRKA) anchor protein 5 | Symbol and Name status set to approved | 1299863 | APPROVED | ||
| 2002-08-07 | Akap5 | A kinase (PRKA) anchor protein 5 | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |
RGD Curation Notes| Note Type | Note | Reference |
|---|---|---|
| gene_expression | expressed in brain | 631906 |
| gene_physical_interaction | binds scaffold protein IQGAP1; may form a complex with PKA | 1304429 |
 |
| More on Akap5 | |
|
Alliance Gene |
|
NCBI Gene |
|
Ensembl Gene |
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|
JBrowse: rn5 rn6 |
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NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 620829 |
| Created: | 2002-08-06 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2019-11-27 |
| Status: | ACTIVE |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
