 |
| Create Name: | |
| Description: |
|
| Save what matters to you |
| {{ loginError }} |
| Sign in with your RGD account |
| Create New Account | Recover Password |
Analyze GeneStrainQTL List |
 Gene Annotator (Functional Annotation) unavailable |
 Gene Annotator (Annotation Distribution) unavailable |
 Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailble Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailable |
Gene Annotator (Functional Annotation) |
Gene Annotator (Annotation Distribution) |
Variant Visualizer (Genomic Variants) |
 InterViewer (Protein-Protein Interactions) unavailable |
 Gviewer (Genome Viewer) unavailable |
 Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailble Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailable |
InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
GViewer (Genome Viewer) |
Variant Visualizer (Damaging Variants) |
 Gene Annotator (Annotation Comparison) unavailable |
 OLGA (Gene List Generator) unavailable |
 |
Gene Annotator (Annotation Comparison) |
OLGA (Gene List Generator) |
Excel (Download) |
 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
|
MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - ClinVar | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pleomorphic xanthoastrocytoma | ISO | RGD:1315413 | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Pleomorphic xanthoastrocytoma | ClinVar | PMID:28299358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsMolecular Pathway AnnotationsDisease Annotations
|
|
|
Gene-Chemical Interaction Annotations
|
|
|
Gene Ontology Annotations
|
|
|
|
|
|
|
Molecular Pathway AnnotationsReferences - curated| 1. | Aparicio-Trejo OE, etal., Biofactors. 2016 Nov 1. doi: 10.1002/biof.1338. |
| 2. | Borengasser SJ, etal., Physiol Genomics. 2014 Dec 1;46(23):841-50. doi: 10.1152/physiolgenomics.00059.2014. Epub 2014 Oct 21. |
| 3. | Chitra L and Boopathy R, Br J Pharmacol. 2013 Jul;169(5):1035-47. doi: 10.1111/bph.12179. |
| 4. | Chitra L and Boopathy R, Respir Physiol Neurobiol. 2014 Feb 1;192:74-84. doi: 10.1016/j.resp.2013.12.007. Epub 2013 Dec 17. |
| 5. | Córdova-Dávalos L, etal., Epilepsy Res. 2016 Jul;123:11-9. doi: 10.1016/j.eplepsyres.2016.03.007. Epub 2016 Mar 29. |
| 6. | da Silva AF, etal., Cell Mol Life Sci. 2014 Jun;71(12):2313-24. doi: 10.1007/s00018-014-1557-8. Epub 2014 Jan 18. |
| 7. | Dagda RK, etal., J Biol Chem. 2008 Dec 26;283(52):36241-8. Epub 2008 Oct 21. |
| 8. | Disatnik MH, etal., J Am Heart Assoc. 2013 Oct 8;2(5):e000461. doi: 10.1161/JAHA.113.000461. |
| 9. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 10. | GOA data from the GO Consortium |
| 11. | Guo Z, etal., Int J Environ Res Public Health. 2017 Jan 29;14(2). pii: E134. doi: 10.3390/ijerph14020134. |
| 12. | Hom JR, etal., J Cell Physiol. 2007 Aug;212(2):498-508. |
| 13. | Jannig PR, etal., PLoS One. 2014 Jan 10;9(1):e85820. doi: 10.1371/journal.pone.0085820. eCollection 2014. |
| 14. | Jofuku A, etal., Biochem Biophys Res Commun. 2005 Jul 29;333(2):650-9. |
| 15. | Kikuchi M, etal., J Biol Chem. 2004 Jan 2;279(1):421-8. Epub 2003 Oct 15. |
| 16. | Koch A, etal., Mol Biol Cell. 2005 Nov;16(11):5077-86. Epub 2005 Aug 17. |
| 17. | Li R, etal., Chem Res Toxicol. 2015 Mar 16;28(3):408-18. doi: 10.1021/tx5003723. Epub 2015 Jan 16. |
| 18. | Li R, etal., J Hazard Mater. 2015 Apr 28;287:392-401. doi: 10.1016/j.jhazmat.2015.02.006. Epub 2015 Feb 4. |
| 19. | Lionetti L, etal., PLoS One. 2014 Mar 24;9(3):e92753. doi: 10.1371/journal.pone.0092753. eCollection 2014. |
| 20. | Liu Q, etal., PLoS One. 2015 Oct 19;10(10):e0140906. doi: 10.1371/journal.pone.0140906. eCollection 2015. |
| 21. | Lou DD, etal., Arch Toxicol. 2013 Mar;87(3):449-57. doi: 10.1007/s00204-012-0942-z. Epub 2012 Sep 25. |
| 22. | Marton O, etal., Pflugers Arch. 2015 Apr;467(4):779-88. doi: 10.1007/s00424-014-1554-7. Epub 2014 Jun 19. |
| 23. | MGD data from the GO Consortium |
| 24. | O'Leary MF, etal., Am J Physiol Cell Physiol. 2013 Mar 1;304(5):C422-30. doi: 10.1152/ajpcell.00240.2012. Epub 2012 Dec 5. |
| 25. | Palmer CS, etal., Cell Signal. 2011 Oct;23(10):1534-45. doi: 10.1016/j.cellsig.2011.05.021. Epub 2011 Jun 13. |
| 26. | Parra V, etal., Cardiovasc Res. 2008 Jan 15;77(2):387-97. Epub 2007 Oct 4. |
| 27. | Plácido AI, etal., Mol Neurobiol. 2017 Jan;54(1):154-168. doi: 10.1007/s12035-015-9640-1. Epub 2016 Jan 5. |
| 28. | Qin SL, etal., J Trace Elem Med Biol. 2015 Jan;29:263-8. doi: 10.1016/j.jtemb.2014.06.001. Epub 2014 Jun 9. |
| 29. | RGD automated data pipeline |
| 30. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 31. | Wang X, etal., J Neurosci. 2009 Jul 15;29(28):9090-103. doi: 10.1523/JNEUROSCI.1357-09.2009. |
| 32. | Wang Y, etal., Neuroscience. 2015 Mar 19;289:224-32. doi: 10.1016/j.neuroscience.2014.12.061. Epub 2015 Jan 13. |
| 33. | Yu J, etal., Acta Physiol (Oxf). 2016 Sep 29. doi: 10.1111/apha.12812. |
| 34. | Zhang ZY, etal., Neurosci Lett. 2015 Sep 14;604:18-23. doi: 10.1016/j.neulet.2015.06.021. Epub 2015 Jun 12. |
| 35. | Zou D, etal., Med Sci Sports Exerc. 2014 Nov;46(11):2077-84. doi: 10.1249/MSS.0000000000000336. |
References - uncurated| PubMed | 11596118 12477932 14651853 14996942 15057822 16118244 17035996 17408615 17545159 18353969 18515060 18614015 18782765 18832378 18845145 19864424 19946888 20178365 20451243 20826455 21149567 21183955 22800520 22871113 23283981 23921378 28265681 |
Comparative Map Data| Fis1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FIS1 (Homo sapiens - human) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Fis1 (Mus musculus - house mouse) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Fis1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FIS1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FIS1 (Canis lupus familiaris - dog) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Fis1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FIS1 (Sus scrofa - pig) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position Markers| RH142325 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH142876 |
|
QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
||||||||
RNA-SEQ Expression| testis | heart | brain | ovary | uterus | skeletal muscle tissue | colon | gastrocnemius | forebrain | hindbrain | lung | spleen | liver | kidney | adrenal gland | thymus | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| High | ||||||||||||||||
| Medium | 22 | 43 | 23 | 15 | 4 | 3 | 3 | 8 | 26 | 25 | 11 | 11 | 41 | 35 | 8 | 8 |
| Low | ||||||||||||||||
| Below cutoff |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_001105919 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_006249121 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006249122 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006249123 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AABR07035801 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AAHX01071710 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01071711 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01071712 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC167057 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473973 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ213833 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ222246 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ224250 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ232488 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | NM_001105919 ⟹ NP_001099389 | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
GGGACCCAAGCGTGCTTTCTGTAACGCCTGCCGTTACTTCTTCTACCCGGAGGCTGGCCTCTTGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006249121 ⟹ XP_006249183 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
TTAAATTGAGGTCCTCCAGCCCCTGGTACTCATTGTGTTTTTATTGCAAACATTGAAGATATTThide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006249122 ⟹ XP_006249184 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
GCGCTACCCGGAAATTCAGGCTTCCCAGAGGGACCCAAGCGTGCTTTCTGTAACGCCTGCCGTThide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006249123 ⟹ XP_006249185 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
TACTCATTGTGTTTTTATTGCAAACATTGAAGATATTTCAGGGTCTTAGAGTGGGGGGTTGTTAhide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001099389 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_006249183 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006249184 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006249185 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAI67057 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDM13300 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM13301 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM13302 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| P84817 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_001099389 ⟸ NM_001105919 |
| - UniProtKB: | P84817 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MPRDEAARNFERKFQSEQAAGSVSKSTQFEYAWCLVRSKYNDDIRRGIVLLEELLPKGSKEEQRhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006249184 ⟸ XM_006249122 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - UniProtKB: | P84817 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MPRDEAARNFERKFQSEQAAGSVSKSTQFEYAWCLVRSKYNDDIRRGIVLLEELLPKGSKEEQRhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006249185 ⟸ XM_006249123 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| - UniProtKB: | P84817 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MEAVLNELVSVEDLKNFERKFQSEQAAGSVSKSTQFEYAWCLVRSKYNDDIRRGIVLLEELLPKhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006249183 ⟸ XM_006249121 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - Sequence: |
MEAVLNELVSVEDLKNFERKFQSEQAAGSVSKSTQFEYAWCLVRSKYNDDIRRGIVLLEELLPKhide sequence |
TranscriptomePromoters| RGD ID: | 13698536 | |||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R9056 | |||||||||
| Type: | multiple initiation site | |||||||||
| Name: | Fis1_1 | |||||||||
| Description: | fission, mitochondrial 1 | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
| Position: |
|
| RGD ID: | 13698532 | |||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R9057 | |||||||||
| Type: | initiation region | |||||||||
| Name: | Fis1_2 | |||||||||
| Description: | fission, mitochondrial 1 | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
| Position: |
|
Strain Sequence Variants (Rnor 6.0)
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1306668 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000001420 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000001924 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| ENSRNOP00000061895 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot | |
| ENSRNOP00000075023 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000001924 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| ENSRNOT00000063901 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot | |
| ENSRNOT00000083471 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Gene3D-CATH | 1.25.40.10 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:9098277 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | Fis1 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Fis1_cytosol | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Fis1_TPR_C | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Fis1_TPR_N | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| TPR-like_helical_dom_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:288584 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| MGC_CLONE | MGC:189358 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 288584 | ENTREZGENE |
| PANTHER | PTHR13247 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Pfam | Fis1_TPR_C | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Fis1_TPR_N | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PhenoGen | Fis1 | PhenoGen |
| PIRSF | TPR_repeat_11_Fis1 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Superfamily-SCOP | SSF48452 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| UniGene | Rn.1298 | ENTREZGENE |
| UniProt | FIS1_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE |
| UniProt Secondary | B2RZ80 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| D4A5K3 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2015-07-01 | Fis1 | fission, mitochondrial 1 | Fis1 | fission 1 (mitochondrial outer membrane) homolog (S. cerevisiae) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-10-29 | Fis1 | fission 1 (mitochondrial outer membrane) homolog (S. cerevisiae) | Fis1 | fission 1 (mitochondrial outer membrane) homolog (yeast) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2006-03-30 | Fis1 | fission 1 (mitochondrial outer membrane) homolog (yeast) | Ttc11 | tetratricopeptide repeat domain 11 | Symbol and Name updated | 1299863 | APPROVED |
| 2005-12-06 | Ttc11 | tetratricopeptide repeat domain 11 | Ttc11_predicted | tetratricopeptide repeat domain 11 (predicted) | Symbol and Name updated | 1559027 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Ttc11_predicted | tetratricopeptide repeat domain 11 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |
 |
| More on Fis1 | |
|
Alliance Gene |
|
NCBI Gene |
|
Ensembl Gene |
|
|
JBrowse: rn5 rn6 |
|
NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 1306668 |
| Created: | 2005-01-12 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2019-11-27 |
| Status: | ACTIVE |
 |
 |
 |
 |
RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
