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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - CTD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Liver Cirrhosis | ISO | RGD:733075 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:25380136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| polycystic ovary syndrome | ISO | RGD:733075 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:21411543 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsMolecular Pathway AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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| 26. | MGD data from the GO Consortium |
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| 30. | NCBI rat LocusLink and RefSeq merged data July 26, 2002 |
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| 36. | RGD automated data pipeline |
| 37. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
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References - uncurated| PubMed | 1281995 1374385 1656963 1657923 9013981 14742561 15489334 16920964 17589953 18186558 21298035 21391918 |
Comparative Map Data| Ptafr (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| PTAFR (Homo sapiens - human) |
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| Ptafr (Mus musculus - house mouse) |
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| Ptafr (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| PTAFR (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| PTAFR (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Ptafr (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| PTAFR (Sus scrofa - pig) |
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Position Markers| RH128779 |
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| UniSTS:144285 |
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| UniSTS:484979 |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
||||||||
RNA-SEQ Expression| testis | heart | brain | ovary | uterus | skeletal muscle tissue | colon | gastrocnemius | forebrain | hindbrain | lung | spleen | liver | kidney | adrenal gland | thymus | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| High | ||||||||||||||||
| Medium | 2 | 3 | 2 | 1 | 11 | |||||||||||
| Low | 16 | 43 | 19 | 13 | 1 | 3 | 1 | 8 | 26 | 25 | 10 | 41 | 35 | 8 | 8 | |
| Below cutoff | 6 | 4 |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_053321 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_006239063 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006239064 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AAHX01040068 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AC123895 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC072491 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473968 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ233765 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| U04740 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | NM_053321 ⟹ NP_445773 | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
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| Sequence: |
CTGAGGCTTGGACCCGGAGGGACACGCAGAGCCTACGGCTGAGCTCCTATAGGGACATACAACGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006239063 ⟹ XP_006239125 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
CTCGGCTTTAGATGGGCCGGGTGTTGGCTGAATTGTGTAGATCCTGGTTGGGTGGGACTATTTThide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006239064 ⟹ XP_006239126 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
ACCAAAATGAAAAGAAATCAATATCTTAAGCCTATGGTGAGCTAGGCATGGCGTTGTAGGTTTGhide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_445773 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_006239125 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006239126 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAA18422 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| AAH72491 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL80644 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| P46002 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_445773 ⟸ NM_053321 |
| - UniProtKB: | P46002 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MEQNGSFRVDSEFRYTLFPIVYSVIFVLGVVANGYVLWVFATLYPSKKLNEIKIFMVNLTVADLhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006239125 ⟸ XM_006239063 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | P46002 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MEQNGSFRVDSEFRYTLFPIVYSVIFVLGVVANGYVLWVFATLYPSKKLNEIKIFMVNLTVADLhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006239126 ⟸ XM_006239064 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | P46002 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MEQNGSFRVDSEFRYTLFPIVYSVIFVLGVVANGYVLWVFATLYPSKKLNEIKIFMVNLTVADLhide sequence |
TranscriptomePromoters| RGD ID: | 13694099 | |||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R4624 | |||||||||
| Type: | multiple initiation site | |||||||||
| Name: | Ptafr_1 | |||||||||
| Description: | platelet-activating factor receptor | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
| Position: |
|
Strain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:61897 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000013231 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000017687 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000017687 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7097307 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | GPCR_Rhodpsn | UniProtKB/Swiss-Prot |
| GPCR_Rhodpsn_7TM | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PAF_rcpt | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:58949 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| MGC_CLONE | MGC:91594 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 58949 | ENTREZGENE |
| Pfam | 7tm_1 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PhenoGen | Ptafr | PhenoGen |
| PRINTS | GPCRRHODOPSN | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PAFRECEPTOR | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PROSITE | G_PROTEIN_RECEP_F1_1 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| G_PROTEIN_RECEP_F1_2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| TIGR | TC215610 | |
| UniGene | Rn.10137 | ENTREZGENE |
| UniProt | P46002 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2002-06-10 | Ptafr | platelet-activating factor receptor | Name updated | 70584 | APPROVED |
RGD Curation Notes| Note Type | Note | Reference |
|---|
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| More on Ptafr | |
|
Alliance Gene |
|
NCBI Gene |
|
Ensembl Gene |
|
|
JBrowse: rn5 rn6 |
|
NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 61897 |
| Created: | 2001-04-11 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2019-08-20 |
| Status: | ACTIVE |
 |
 |
 |
 |
RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
