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Gene Annotator (Annotation Comparison) |
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 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - ClinVar | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| dilated cardiomyopathy 1A | ISO | RGD:731603 | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Dilated cardiomyopathy 1A | ClinVar | PMID:26676105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Neurodevelopmental Disorders | ISO | RGD:731603 | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Neurodevelopmental disorder | ClinVar | PMID:25741868 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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References - curated| 1. | Bar H, etal., Basic Res Cardiol. 2003 Sep;98(5):285-94. Epub 2003 Apr 16. |
| 2. | Dai YS, etal., J Biol Chem 2002 Jul 5;277(27):24390-8. |
| 3. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 4. | Li W and Li Y, J Cell Biochem. 2006 Oct 1;99(2):478-84. |
| 5. | MGD data from the GO Consortium |
| 6. | NCBI rat LocusLink and RefSeq merged data July 26, 2002 |
| 7. | Poizat C, etal., Mol Cell Biol. 2000 Dec;20(23):8643-54. |
| 8. | RGD automated data pipeline |
| 9. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 10. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 11. | RGD comprehensive gene curation |
| 12. | Thattaliyath BD, etal., Biochem Biophys Res Commun 2002 Oct 4;297(4):870-5. |
| 13. | Zang MX, etal., J Biol Chem. 2004 Dec 24;279(52):54258-63. Epub 2004 Oct 14. |
| 14. | Zang MX, etal., J Cell Biochem. 2004 Dec 15;93(6):1255-66. |
References - uncurated| PubMed | 9171826 9576835 9671575 9878849 11076755 11784028 11812799 12070084 12392994 15351717 15576406 16145670 16280598 17507395 17531968 17764670 19008477 19144722 19341725 20144608 21241805 21350214 23284944 24161931 |
Comparative Map Data| Hand2 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| HAND2 (Homo sapiens - human) |
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| Hand2 (Mus musculus - house mouse) |
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| Hand2 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| HAND2 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| HAND2 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Hand2 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| HAND2 (Sus scrofa - pig) |
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| HAND2 (Chlorocebus sabaeus - African green monkey) |
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| Hand2 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position Markers| UniSTS:478956 |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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RNA-SEQ Expression| alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
| High | |||||||||||||
| Medium | 2 | 42 | 8 | 6 | 6 | 21 | |||||||
| Low | 1 | 1 | 44 | 35 | 10 | 35 | 1 | 1 | 4 | 10 | 6 | 1 | |
| Below cutoff | 4 | 8 | 4 | 6 | 13 | 7 | 2 | 4 | 4 |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_022696 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| GenBank Nucleotide | AABR07025387 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AAHX01087444 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01087445 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01087446 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH474053 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| Y08138 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000079552 ⟹ ENSRNOP00000074299 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_022696 ⟹ NP_073187 | ||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
GTTGAGAAGTTTGTCGACAGATTAGGGAGATGAGTCTGGTGGGGGGCTTTCCCCACCACCCCGThide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_073187 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| GenBank Protein | CAA69332 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDL87163 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| P61295 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_073187 ⟸ NM_022696 |
| - UniProtKB: | P61295 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MSLVGGFPHHPVVHHEGYPFAAAAAAAAAAAASRCSHEENPYFHGWLIGHPEMSPPDYSMALSYhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000074299 ⟸ ENSRNOT00000079552 |
TranscriptomeStrain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:621207 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000060448 | Ensembl, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000074299 | UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000079552 | UniProtKB/TrEMBL |
| Gene3D-CATH | 4.10.280.10 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| InterPro | bHLH_dom | UniProtKB/Swiss-Prot |
| HLH_DNA-bd_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:64637 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| NCBI Gene | 64637 | ENTREZGENE |
| Pfam | HLH | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PhenoGen | Hand2 | PhenoGen |
| PROSITE | BHLH | UniProtKB/Swiss-Prot |
| SMART | HLH | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Superfamily-SCOP | SSF47459 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| UniGene | Rn.41057 | ENTREZGENE |
| UniProt | A0A0G2K7Q4_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| HAND2_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE | |
| UniProt Secondary | O95300 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| O95301 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| P97833 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2008-10-17 | Hand2 | heart and neural crest derivatives expressed 2 | Hand2 | heart and neural crest derivatives expressed transcript 2 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2005-01-20 | Hand2 | heart and neural crest derivatives expressed transcript 2 | dHand protein | Name updated | 1299863 | APPROVED | |
| 2002-08-07 | Hand2 | dHand protein | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |
RGD Curation Notes| Note Type | Note | Reference |
|---|---|---|
| gene_physical_interaction | bHLH domain interacts with the GATA4 C-terminal zinc finger domain and with the CH3 domain of p300 | 727369 |
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| More on Hand2 | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
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Ensembl Gene |
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JBrowse: rn5 rn6 |
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NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 621207 |
| Created: | 2002-08-06 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2020-03-04 |
| Status: | ACTIVE |
 |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
