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Gene Annotator (Functional Annotation) |
Gene Annotator (Annotation Distribution) |
Variant Visualizer (Genomic Variants) |
 InterViewer (Protein-Protein Interactions) unavailable |
 Gviewer (Genome Viewer) unavailable |
 Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailble Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailable |
InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
GViewer (Genome Viewer) |
Variant Visualizer (Damaging Variants) |
 Gene Annotator (Annotation Comparison) unavailable |
 OLGA (Gene List Generator) unavailable |
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Gene Annotator (Annotation Comparison) |
OLGA (Gene List Generator) |
Excel (Download) |
 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - CTD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pneumoconiosis | ISO | RGD:1312815 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:25445010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsMolecular Pathway AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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Molecular Pathway AnnotationsReferences - curated| 1. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | Holscher C, etal., J Immunol. 2005 Mar 15;174(6):3534-44. |
| 3. | MGD data from the GO Consortium |
| 4. | Miyazaki Y, etal., J Immunol. 2005 Aug 15;175(4):2401-7. |
| 5. | Pipeline to import Pathway Interaction Database annotations from NCI into RGD |
| 6. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 7. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 8. | RGD comprehensive gene curation |
| 9. | Shimanoe Y, etal., Ann Allergy Asthma Immunol. 2009 Mar;102(3):223-32. |
| 10. | Yoshizaki A, etal., Ann Rheum Dis. 2011 Jan;70(1):194-200. Epub 2010 Aug 12. |
References - uncuratedComparative Map Data| Il27ra (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| IL27RA (Homo sapiens - human) |
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| Il27ra (Mus musculus - house mouse) |
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| Il27ra (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| IL27RA (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| IL27RA (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Il27ra (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| IL27RA (Sus scrofa - pig) |
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Position Markers| D19Mgh1 |
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| D19Mgh1 |
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| D19Mgh1 |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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RNA-SEQ Expression| testis | heart | brain | ovary | uterus | skeletal muscle tissue | colon | gastrocnemius | forebrain | hindbrain | lung | spleen | liver | kidney | adrenal gland | thymus | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| High | ||||||||||||||||
| Medium | 2 | |||||||||||||||
| Low | 14 | 31 | 11 | 2 | 2 | 6 | 11 | 9 | 6 | 22 | 8 | |||||
| Below cutoff | 8 | 12 | 20 | 4 | 2 | 1 | 1 | 4 | 18 | 25 | 34 | 13 | 7 |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_001105943 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_006255227 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006255228 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017601191 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AABR07043168 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AABR07043169 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01097744 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473972 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | NM_001105943 ⟹ NP_001099413 | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
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| Sequence: |
GTAAGACCCAGGCCTGGCGGTGTCACTTGTCCCTGAGAGTCATGAGCTGGCTCCGGGTTGCACGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006255227 ⟹ XP_006255289 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
TTCCCACCAGGGGCGGGGTGGCTTCCTTCCCGCAGGTTGTAAGACCCAGGCCTGGCGGTGTCAChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006255228 ⟹ XP_006255290 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
TTCCCACCAGGGGCGGGGTGGCTTCCTTCCCGCAGGTTGTAAGACCCAGGCCTGGCGGTGTCAChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_017601191 ⟹ XP_017456680 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
TTCCCACCAGGGGCGGGGTGGCTTCCTTCCCGCAGGTTGTAAGACCCAGGCCTGGCGGTGTCAChide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001099413 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_006255289 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006255290 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_017456680 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDL92242 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_001099413 ⟸ NM_001105943 |
| - Peptide Label: | precursor |
| - UniProtKB: | D4A6K5 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MSWLRVARLKPLELLLPLLPLLLGTRPHGSPGPLQCYSVGPLGILNCSWEPLGDLETPPVLYHQhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006255290 ⟸ XM_006255228 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| - Sequence: |
MSWLRVARLKPLELLLPLLPLLLGTRPHGSPGPLQCYSVGPLGILNCSWEPLGDLETPPVLYHQhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006255289 ⟸ XM_006255227 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - UniProtKB: | A0A0G2JW79 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MSWLRVARLKPLELLLPLLPLLLGTRPHGSPGPLQCYSVGPLGILNCSWEPLGDLETPPVLYHQhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017456680 ⟸ XM_017601191 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - Sequence: |
MSWLRVARLKPLELLLPLLPLLLGTRPHGSPGPLQCYSVGPLGILNCSWEPLGDLETPPVLYHQhide sequence |
TranscriptomePromoters| RGD ID: | 13701011 | |||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R11534 | |||||||||
| Type: | initiation region | |||||||||
| Name: | Il27ra_1 | |||||||||
| Description: | interleukin 27 receptor subunit alpha | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
| Position: |
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Strain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1305029 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000005747 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000007726 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOP00000069777 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000007726 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000085630 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 2.60.40.10 | UniProtKB/TrEMBL |
| InterPro | FN3_sf | UniProtKB/TrEMBL |
| FN_III | UniProtKB/TrEMBL | |
| Ig-like_fold | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:288905 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 288905 | ENTREZGENE |
| Pfam | fn3 | UniProtKB/TrEMBL |
| PhenoGen | Il27ra | PhenoGen |
| PROSITE | FN3 | UniProtKB/TrEMBL |
| SMART | FN3 | UniProtKB/TrEMBL |
| Superfamily-SCOP | FN_III-like | UniProtKB/TrEMBL |
| UniGene | Rn.47680 | ENTREZGENE |
| UniProt | A0A0G2JW79 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| D4A6K5 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2015-12-16 | Il27ra | interleukin 27 receptor subunit alpha | Il27ra | interleukin 27 receptor, alpha | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-04-30 | Il27ra | interleukin 27 receptor, alpha | Il27ra_predicted | interleukin 27 receptor, alpha (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Il27ra_predicted | interleukin 27 receptor, alpha (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |
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| More on Il27ra | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
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Ensembl Gene |
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JBrowse: rn5 rn6 |
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NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 1305029 |
| Created: | 2005-01-12 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2019-10-16 |
| Status: | ACTIVE |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
