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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Experimental Liver Cirrhosis | | ISO | RGD:731919 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:25380136 | |
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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Experimental Liver Cirrhosis | | ISO | RGD:731919 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:25380136 | |
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1. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
2. | KEGG |
3. | MGD data from the GO Consortium |
4. | Nagao Y, etal., Proc Natl Acad Sci U S A 1994 Oct 25;91(22):10330-4. |
5. | OMIM Disease Annotation Pipeline |
6. | RGD automated data pipeline |
7. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
8. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
PMID:7929150 | PMID:10677517 | PMID:12477932 | PMID:14600151 | PMID:14651853 | PMID:15489334 | PMID:18614015 |
Car5a (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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CA5A (Homo sapiens - human) |
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Car5a (Mus musculus - house mouse) |
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Ca5a (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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CA5A (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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CA5A (Canis lupus familiaris - dog) |
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Ca5a (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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CA5A (Sus scrofa - pig) |
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CA5A (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Ca5a (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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D19Rat21 |
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AU048492 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 23 | 23 | 23 | ||||||||||
Low | 3 | 8 | 30 | 14 | 19 | 14 | 8 | 8 | 11 | 11 | 16 | 11 | 8 |
Below cutoff | 16 | 4 | 4 | 4 | 2 | 58 | 22 | 24 |
RefSeq Transcripts | NM_019293 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_006255782 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_039097955 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | AC109048 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
BC088147 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
CH473972 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
JACYVU010000313 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
U12268 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000025848 ⟹ ENSRNOP00000025848 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NM_019293 ⟹ NP_062166 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_039097955 ⟹ XP_038953883 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
Protein RefSeqs | NP_062166 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
XP_038953883 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | AAA50832 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
AAH88147 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
EDL92734 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
P43165 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_062166 ⟸ NM_019293 |
- Peptide Label: | precursor |
- UniProtKB: | P43165 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000025848 ⟸ ENSRNOT00000025848 |
RefSeq Acc Id: | XP_038953883 ⟸ XM_039097955 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-P43165-F1-model_v2 | AlphaFold | P43165 | 1-304 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
RGD ID: | 13701202 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_R11724 | ||||||||
Type: | multiple initiation site | ||||||||
Name: | Ca5a_1 | ||||||||
Description: | carbonic anhydrase 5A | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
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Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:2243 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-5409 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000019098 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000025848 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000025848 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Gene3D-CATH | 3.10.200.10 | UniProtKB/Swiss-Prot |
IMAGE_CLONE | IMAGE:7323596 | IMAGE-MGC_LOAD |
InterPro | CA_dom | UniProtKB/Swiss-Prot |
CA_dom_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
Carbonic_anhydrase_a-class | UniProtKB/Swiss-Prot | |
Carbonic_anhydrase_a-class_CS | UniProtKB/Swiss-Prot | |
KEGG Report | rno:54233 | UniProtKB/Swiss-Prot |
MGC_CLONE | MGC:108708 | IMAGE-MGC_LOAD |
NCBI Gene | 54233 | ENTREZGENE |
PANTHER | PTHR18952 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Pfam | Carb_anhydrase | UniProtKB/Swiss-Prot |
PhenoGen | Car5a | PhenoGen |
PROSITE | ALPHA_CA_1 | UniProtKB/Swiss-Prot |
ALPHA_CA_2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
SMART | Carb_anhydrase | UniProtKB/Swiss-Prot |
Superfamily-SCOP | SSF51069 | UniProtKB/Swiss-Prot |
UniProt | CAH5A_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2022-04-18 | Car5a | carbonic anhydrase 5A | Ca5a | carbonic anhydrase 5A | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2019-04-16 | Ca5a | carbonic anhydrase 5A | Car5a | carbonic anhydrase 5A | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2018-03-16 | Car5a | carbonic anhydrase 5A | Ca5a | carbonic anhydrase 5A | Symbol changed | 629549 | APPROVED |
2016-05-20 | Ca5a | carbonic anhydrase 5A | Car5a | carbonic anhydrase 5A | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2016-05-18 | Car5a | carbonic anhydrase 5A | Car5a | carbonic anhydrase 5a, mitochondrial | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2008-05-20 | Car5a | carbonic anhydrase 5a, mitochondrial | Ca5a | carbonic anhydrase Va, mitochondrial | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2008-05-15 | Ca5a | carbonic anhydrase Va, mitochondrial | Ca5a | carbonic anhydrase 5a, mitochondrial | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2006-03-30 | Ca5a | carbonic anhydrase 5a, mitochondrial | carbonic anhydrase 5 | Name updated | 1299863 | APPROVED | |
2002-06-10 | Ca5a | carbonic anhydrase 5 | Name updated | 70584 | APPROVED | ||
2001-12-10 | Ca5a | carbonic anhydrase 5, mitochondrial | Symbol and Name updated to reflect Human and Mouse nomenclature | 69665 | APPROVED |
Note Type | Note | Reference |
---|---|---|
gene_cellular_localization | localized to mitochondria | 69789 |
gene_process | may be involved in gluconeogenesis and ureagenesis | 69789 |