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 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - CTD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Breast Neoplasms | ISO | RGD:737263 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:21466612 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disease Progression | ISO | RGD:737263 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:21364753 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Stomach Neoplasms | ISO | RGD:737263 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:21364753 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsMolecular Pathway AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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Molecular Pathway Annotations
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References - curated| 1. | Bussone G, etal., Arthritis Res Ther. 2011 May 13;13(3):R74. doi: 10.1186/ar3336. |
| 2. | Chen YI, etal., Nucleic Acids Res. 2007;35(12):3928-44. Epub 2007 May 30. |
| 3. | Costain WJ and Mishra RK, Peptides 2003 Jan;24(1):137-46. |
| 4. | Edick MJ, etal., Genes Chromosomes Cancer. 2005 Feb;42(2):107-16. |
| 5. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 6. | GOA data from the GO Consortium |
| 7. | Goehe RW, etal., J Clin Invest. 2010 Nov;120(11):3923-39. doi: 10.1172/JCI43552. Epub 2010 Oct 25. |
| 8. | Hamilton BJ, etal., Biochem Biophys Res Commun. 1999 Aug 11;261(3):646-51. |
| 9. | Kim TD, etal., Mol Cell Biol. 2005 Apr;25(8):3232-46. |
| 10. | Li J, etal., J Proteomics. 2012 Jun 6;75(10):2879-91. doi: 10.1016/j.jprot.2011.12.040. Epub 2012 Jan 10. |
| 11. | Liu G, etal., J Biol Chem. 2012 Jun 29;287(27):22709-16. doi: 10.1074/jbc.M112.357343. Epub 2012 May 8. |
| 12. | Majumder M, etal., Mol Cell Biol. 2009 May;29(10):2899-912. doi: 10.1128/MCB.01774-08. Epub 2009 Mar 9. |
| 13. | Matsui K, etal., Hepatology. 2008 Feb;47(2):686-97. |
| 14. | MGD data from the GO Consortium |
| 15. | NCBI rat LocusLink and RefSeq merged data July 26, 2002 |
| 16. | RGD automated data pipeline |
| 17. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 18. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 19. | Szeszel-Fedorowicz W, etal., J Biol Chem. 2006 Nov 10;281(45):34146-58. Epub 2006 Sep 15. |
| 20. | Yau WY, etal., J Proteomics. 2013 Dec 6;94:346-58. doi: 10.1016/j.jprot.2013.10.003. Epub 2013 Oct 11. |
References - uncurated| PubMed | 2687284 7768196 11809897 12477932 15798186 17289661 19056867 19946888 22082260 22215678 22523384 22658674 22681889 24625528 25623890 |
Comparative Map Data| Hnrnpl (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| HNRNPL (Homo sapiens - human) |
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| Hnrnpl (Mus musculus - house mouse) |
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| Hnrnpl (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| HNRNPL (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| HNRNPL (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Hnrnpl (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| HNRNPL (Sus scrofa - pig) |
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| HNRNPL (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Hnrnpl (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position Markers| WI-13808 |
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| AI599652 |
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| D6S1116E |
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| UniSTS:479127 |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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RNA-SEQ Expression| testis | heart | brain | ovary | uterus | skeletal muscle tissue | colon | gastrocnemius | forebrain | hindbrain | lung | spleen | liver | kidney | adrenal gland | thymus | |
| High | ||||||||||||||||
| Medium | 22 | 43 | 23 | 15 | 4 | 3 | 3 | 8 | 26 | 25 | 11 | 11 | 41 | 35 | 8 | 8 |
| Low | ||||||||||||||||
| Below cutoff |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_001134760 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| NM_032619 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006228691 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006228692 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AABR07002851 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AAHX01004464 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AB260892 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AF260436 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC086392 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC169048 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473979 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000027425 ⟹ ENSRNOP00000027425 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000027494 ⟹ ENSRNOP00000027494 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000057034 ⟹ ENSRNOP00000053867 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001134760 ⟹ NP_001128232 | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
ATGTCGCGGAGGCTGCTGCCCCGGGCGGAGAAGCGGCGTCGGCGGCTCGAGCAGAGGCAGCAGChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NM_032619 ⟹ NP_116008 | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
ATGTCGCGGAGGCTGCTGCCCCGGGCGGAGAAGCGGCGTCGGCGGCTCGAGCAGAGGCAGCAGChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006228691 ⟹ XP_006228753 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
TGGTCCCTTTAAGGTCCGCCCCTCCCTCCCCCAAAACTTCCCAGTGTCTGCTCTTTTCGATCCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006228692 ⟹ XP_006228754 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
GGTCCCTTTAAGGTCCGCCCCTCCCTCCCCCAAAACTTCCCAGTGTCTGCTCTTTTCGATCCCGhide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001128232 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| NP_116008 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006228753 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006228754 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAG01405 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| AAH86392 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| AAI69048 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| BAG72209 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM07872 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_116008 ⟸ NM_032619 |
| - Peptide Label: | isoform b |
| - UniProtKB: | F2Z3R2 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MSRRLLPRAEKRRRRLEQRQQPDEQLRRAGAMVKMAAAGGGGGGGRYYGGGNEGGRAPKRLKTEhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NP_001128232 ⟸ NM_001134760 |
| - Peptide Label: | isoform a |
| - UniProtKB: | F1LQ48 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MSRRLLPRAEKRRRRLEQRQQPDEQLRRAGAMVKMAAAGGGGGGGRYYGGGNEGGRAPKRLKTEhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006228753 ⟸ XM_006228691 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - Sequence: |
MPKKRQALVEFEDVLGACNAVNYAADNQIYIAGHPAFVNYSTSQKISRPGDSDDSRSVNSVLLFhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006228754 ⟸ XM_006228692 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - Sequence: |
MPKKRQALVEFEDVLGACNAVNYAADNQIYIAGHPAFVNYSTSQKISRPGDSDDSRSVNSVLLFhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000053867 ⟸ ENSRNOT00000057034 |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000027494 ⟸ ENSRNOT00000027494 |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000027425 ⟸ ENSRNOT00000027425 |
TranscriptomePromoters| RGD ID: | 13689886 | |||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R410 | |||||||||
| Type: | initiation region | |||||||||
| Name: | Hnrnpl_1 | |||||||||
| Description: | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
| Position: |
|
Strain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:71059 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000020235 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000027425 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| ENSRNOP00000027494 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOP00000053867 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000027425 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| ENSRNOT00000027494 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000057034 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Gene3D-CATH | 3.30.70.330 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| InterPro | HnRNP-L/PTB | UniProtKB/Swiss-Prot |
| hnRNP-L_RRM3 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| hnRNPL_RRM1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| hnRNPL_RRM2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| hnRNPL_RRM4 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Nucleotide-bd_a/b_plait_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PTBP1_RRM | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| RBD_domain_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| RRM_dom | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:80846 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| NCBI Gene | 80846 | ENTREZGENE |
| Pfam | RRM_1 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| RRM_8 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PhenoGen | Hnrnpl | PhenoGen |
| PROSITE | RRM | UniProtKB/Swiss-Prot |
| SMART | RRM | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Superfamily-SCOP | SSF54928 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| TIGRFAMs | hnRNP-L_PTB | UniProtKB/Swiss-Prot |
| UniGene | Rn.33873 | ENTREZGENE |
| UniProt | B5DFG2_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| F1LQ48 | ENTREZGENE | |
| F2Z3R2 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| HNRPL_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| UniProt Secondary | F1LPP9 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Q5U1Y5 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2008-02-18 | Hnrnpl | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L | Hnrpl | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2002-07-09 | Hnrpl | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L | Symbol and Name updated to reflect Human and Mouse nomenclature | 70877 | APPROVED |
RGD Curation Notes| Note Type | Note | Reference |
|---|
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| More on Hnrnpl | |
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Alliance Gene |
|
NCBI Gene |
|
Ensembl Gene |
|
|
JBrowse: rn5 rn6 |
|
NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 71059 |
| Created: | 2002-07-09 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2019-11-27 |
| Status: | ACTIVE |
 |
 |
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 |
RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
