Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 181,158 (bp)   Positions: 420
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
LH/MavRrrcAek (2020) 
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
Cald1
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
LOC120102254
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
T
A
C
G
C
T
A
2
8
4
-
T
G
T
C
T
A
G
A
3
A
T
G
G
-
-
G
4
109
A
2
G
A
A
-
A
A
T
A
4
T
G
A
A
A
G
A
-
G
T
T
T
C
A
C
A
A
-
5
T
A
T
G
A
G
C
T
A
T
T
C
C
C
C
C
A
A
C
A
-
3
C
-
T
-
G
C
C
C
G
-
4
A
G
-
T
C
-
C
C
G
6
-
C
T
T
A
A
C
A
A
T
G
G
C
A
T
T
A
T
T
C
C
A
G
C
G
G
G
G
G
G
G
6
-
C
6
10
6
A
A
T
A
G
A
G
T
G
T
A
T
T
T
G
C
T
-
G
C
C
A
4
T
C
G
T
T
A
G
A
G
3
G
3
A
-
G
G
G
A
C
77
C
T
A
-
T
G
C
A
T
A
C
T
T
A
A
C
-
A
G
G
T
A
A
A
A
A
A
C
G
G
G
G
G
G
C
T
A
-
3
4
C
C
C
G
G
C
T
C
C
C
A
G
-
G
C
T
G
A
C
T
-
-
G
-
T
-
-
T
C
-
G
A
A
A
A
G
G
G
A
C
A
C
T
A
A
T
T
T
C
A
G
C
A
C
C
A
A
G
G
C
-
A
-
T
G
T
G
A
C
A
T
T
G
C
T
17
T
G
T
G
A
T
T
T
T
C
G
T
C
G
T
T
T
C
C
C
2
-
A
C
T
G
C
A
A
G
C
G
G
C
C
G
-
T
A
G
C
G
-
A
C
T
G
C
A
C
G
T
C
C
4
A
C
C
-
-
G
A
C
T
A
A
-
A
A
T
C
A
G
-
A
T
A
G
C
A
C
A
A
T
-
G
A
3
C
C
A
A
C
T
C
T
T
C
A
T
A
T
T
C
A
C
A
T
G
-
-
G
A
A
A
G
G
-
C
G
A
A
  63,268,036
  63,270,485
  63,270,500
  63,274,253
  63,274,456
  63,275,595
  63,278,541
  63,278,717
  63,278,760
  63,280,201
  63,280,206
  63,281,780
  63,282,026
  63,282,076
  63,282,496
  63,283,330
  63,283,487
  63,283,639
  63,283,642
  63,283,649
  63,283,727
  63,283,761
  63,283,777
  63,283,810
  63,283,841
  63,283,842
  63,283,862
  63,283,924
  63,283,929
  63,284,076
  63,284,217
  63,284,418
  63,284,435
  63,284,462
  63,284,464
  63,284,512
  63,284,545
  63,284,769
  63,284,815
  63,284,949
  63,285,009
  63,286,010
  63,286,104
  63,286,107
  63,286,110
  63,286,503
  63,286,856
  63,288,124
  63,288,897
  63,289,422
  63,289,423
  63,289,978
  63,290,081
  63,290,177
  63,290,362
  63,290,443
  63,291,212
  63,291,571
  63,291,572
  63,291,678
  63,291,822
  63,291,997
  63,292,161
  63,292,205
  63,292,671
  63,292,727
  63,292,909
  63,293,658
  63,294,018
  63,294,656
  63,295,405
  63,295,434
  63,295,486
  63,295,937
  63,296,299
  63,296,384
  63,296,766
  63,296,783
  63,297,409
  63,297,644
  63,297,645
  63,297,649
  63,299,625
  63,299,749
  63,299,755
  63,301,112
  63,301,411
  63,302,292
  63,302,904
  63,304,613
  63,304,919
  63,305,149
  63,307,102
  63,308,159
  63,308,166
  63,308,421
  63,311,585
  63,312,409
  63,312,410
  63,312,412
  63,312,844
  63,312,847
  63,313,272
  63,313,353
  63,313,465
  63,313,661
  63,313,753
  63,314,852
  63,315,207
  63,315,544
  63,315,847
  63,318,233
  63,318,234
  63,319,930
  63,320,100
  63,320,455
  63,321,234
  63,322,742
  63,322,916
  63,323,258
  63,323,859
  63,324,112
  63,324,153
  63,324,173
  63,326,718
  63,326,875
  63,328,187
  63,328,189
  63,328,191
  63,328,193
  63,328,195
  63,328,197
  63,328,199
  63,328,236
  63,328,270
  63,328,603
  63,329,930
  63,329,938
  63,329,950
  63,331,046
  63,332,011
  63,333,193
  63,333,345
  63,333,454
  63,333,742
  63,333,932
  63,333,979
  63,333,990
  63,334,101
  63,334,185
  63,334,235
  63,334,386
  63,335,084
  63,335,603
  63,335,645
  63,335,665
  63,335,949
  63,336,360
  63,336,496
  63,336,629
  63,336,767
  63,337,739
  63,337,954
  63,338,801
  63,339,242
  63,339,376
  63,339,963
  63,343,756
  63,344,332
  63,344,602
  63,344,640
  63,345,061
  63,345,815
  63,346,026
  63,346,473
  63,346,674
  63,346,715
  63,346,984
  63,348,055
  63,348,283
  63,349,052
  63,349,280
  63,350,329
  63,351,719
  63,353,554
  63,355,555
  63,356,581
  63,357,359
  63,357,471
  63,358,094
  63,358,518
  63,359,202
  63,360,417
  63,360,871
  63,360,887
  63,360,908
  63,361,012
  63,361,100
  63,361,215
  63,361,972
  63,362,316
  63,362,525
  63,363,355
  63,363,519
  63,363,686
  63,363,689
  63,363,690
  63,363,691
  63,363,692
  63,365,002
  63,365,774
  63,365,777
  63,365,780
  63,365,783
  63,365,786
  63,365,789
  63,365,797
  63,366,680
  63,366,803
  63,366,850
  63,369,171
  63,369,175
  63,369,440
  63,370,139
  63,370,353
  63,370,578
  63,370,681
  63,370,708
  63,371,369
  63,371,376
  63,371,452
  63,372,071
  63,372,648
  63,373,694
  63,374,769
  63,375,738
  63,375,965
  63,375,998
  63,376,209
  63,376,957
  63,377,911
  63,378,607
  63,378,899
  63,378,914
  63,379,263
  63,379,607
  63,379,799
  63,379,941
  63,380,137
  63,380,245
  63,381,438
  63,381,931
  63,382,007
  63,382,403
  63,382,555
  63,382,608
  63,383,120
  63,383,146
  63,383,616
  63,383,652
  63,383,938
  63,385,024
  63,385,225
  63,386,108
  63,386,742
  63,386,804
  63,386,843
  63,387,308
  63,387,380
  63,387,621
  63,387,925
  63,388,593
  63,388,799
  63,388,842
  63,389,089
  63,389,172
  63,389,341
  63,389,789
  63,389,842
  63,390,165
  63,390,506
  63,390,745
  63,390,841
  63,391,055
  63,391,419
  63,391,469
  63,391,557
  63,391,757
  63,392,089
  63,392,495
  63,392,573
  63,392,706
  63,392,710
  63,392,719
  63,392,781
  63,392,812
  63,392,864
  63,393,043
  63,393,100
  63,393,148
  63,393,456
  63,393,600
  63,394,133
  63,394,136
  63,394,145
  63,394,287
  63,394,288
  63,394,337
  63,394,475
  63,394,517
  63,394,744
  63,394,822
  63,395,203
  63,395,298
  63,395,304
  63,395,428
  63,395,451
  63,395,469
  63,395,662
  63,395,667
  63,396,022
  63,396,101
  63,396,531
  63,396,599
  63,397,518
  63,397,813
  63,398,671
  63,399,854
  63,400,036
  63,400,612
  63,400,761
  63,401,382
  63,403,108
  63,404,259
  63,408,455
  63,408,863
  63,409,124
  63,410,031
  63,410,390
  63,411,646
  63,414,146
  63,415,001
  63,415,753
  63,416,562
  63,416,581
  63,416,865
  63,416,931
  63,417,188
  63,417,529
  63,417,931
  63,417,939
  63,418,203
  63,418,377
  63,418,386
  63,419,652
  63,420,517
  63,422,700
  63,422,811
  63,423,452
  63,423,471
  63,423,858
  63,424,296
  63,426,007
  63,426,614
  63,426,712
  63,427,425
  63,427,919
  63,429,917
  63,430,172
  63,430,259
  63,430,330
  63,430,504
  63,430,666
  63,430,739
  63,430,769
  63,430,786
  63,430,791
  63,430,988
  63,432,225
  63,432,747
  63,433,426
  63,434,162
  63,434,243
  63,435,012
  63,435,461
  63,435,630
  63,435,632
  63,435,725
  63,436,099
  63,437,061
  63,437,351
  63,437,455
  63,437,480
  63,437,860
  63,437,918
  63,437,919
  63,438,253
  63,438,353
  63,438,455
  63,438,467
  63,438,468
  63,438,711
  63,439,281
  63,439,333
  63,439,939
  63,439,975
  63,439,976
  63,440,059
  63,440,064
  63,440,183
  63,440,297
  63,440,454
  63,441,077
  63,441,583
  63,441,748
  63,443,736
  63,444,119
  63,444,146
  63,444,337
  63,444,770
C
G
T
T
T
C
C
-
-
-
3
C
A
A
T
C
-
A
G
-
G
A
A
T
G
4
T
-
-
-
-
C
T
C
3
T/G
T
G
G
-
C
C
-/G
-/G
-/G
A
G
3
A
C
G
-
T
G
T
G
-
6
-
C
T
C
A
C
A
T
C
-
C
A
T
G
T
G
G
G
G
-/A
C
7
-
A
T
C
4
A
T
T
A
A
T
-
T
A
A
C
T
2
A
A
A
6/-
4
A
C
C
C
G
-
G
G
C
A
A
-
G
C
A
G
C
C
T
T
C
A
T
-/C
C/-
C
C
C
C
C
-
4
T
-
-
-
G
G
C
-
A
T
A
A
T
C
G
C
C
C
A
T
C
3
A
-
A
-/G
-
-
T
C
C
C
G
C
G
A
-
T
-
T/C
4
A
A
A
G
G
-
-/A
C
G
A
A
A
T
G
A
G
-
G
A
T
G
T
2
G
A
A
C
G
-/C
-/C
C/-
C/-
C/-
T
A
A
A
A
A
A
T
C
G
T
-
-
T
T
T
A
A
T
G
G
T
T
G
A
T
A
T
C
A
G
A
-
4
4
A
A
C
A
13
C
T
2
C/14
G
G
G
C
T
A
C
G
A
G
T
A
-
G
C
C
A
T
G
A
T
G
T
T
C
G
T
T
T
A
G
3
G
A
G
A
G
T
G
C
C
A
T
G
-
C
A
C
-
G
C
C
-/G
G/-
T
A
C
T
T
C
G
A
T
T
T
-
11
T
T
C
A
T
T
G
A
T
-
A
T
T
A
T
C
G
C
T
A
42
-
T
C/-
-
T
G
A
A
-/C
T/-
T
-
-
T
T
A
2
T
G
T
C
T
T
A
G
G
C
T
G
A
T
G
G
T
A
T
T
T
-
G
C
2
A
G
-
-/G
T
G
G
T
C
T
C
G
A
G
C
T
C
G
T
T
A
C
A
T
3
C
A
-
G
T/-
T
A
T
T
A
-/T
G