Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Polr3f | Rat | immunodeficiency 101 | | ISO | POLR3F (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Polr3f | Rat | immunodeficiency 101 | | ISO | POLR3F (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Cell growth- and differentiation-dependent regulation of RNA polymerase III transcription. | Dumay-Odelot H, etal., Cell Cycle. 2010 Sep 15;9(18):3687-99. Epub 2010 Sep 1. |
| 2. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 3. | Rat ISS GO annotations from GOA human gene data--August 2006 | GOA data from the GO Consortium |
| 4. | Characterization of human RNA polymerase III identifies orthologues for Saccharomyces cerevisiae RNA polymerase III subunits. | Hu P, etal., Mol Cell Biol. 2002 Nov;22(22):8044-55. |
| 5. | KEGG Annotation Import Pipeline | Pipeline to import KEGG annotations from KEGG into RGD |
| 6. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 7. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 8. | Comprehensive gene review and curation | RGD comprehensive gene curation |
| Polr3f (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| POLR3F (Homo sapiens - human) |
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| Polr3f (Mus musculus - house mouse) |
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| Polr3f (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| POLR3F (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| POLR3F (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Polr3f (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| POLR3F (Sus scrofa - pig) |
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| POLR3F (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Polr3f (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Polr3f (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Polr3f
35 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| RH142609 |
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| RH138968 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
|
mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
|
renal system
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reproductive system
|
respiratory system
|
sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 164 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 143 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001107784 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_039105045 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | CH474026 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| JAXUCZ010000003 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000010468 ⟹ ENSRNOP00000010468 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000117005 ⟹ ENSRNOP00000078624 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | NM_001107784 ⟹ NP_001101254 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_039105045 ⟹ XP_038960973 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| Protein RefSeqs | NP_001101254 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_038960973 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDL95158 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDL95159 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL95160 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL95161 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000010468 | ||
| ENSRNOP00000010468.4 | |||
| ENSRNOP00000078624.2 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001101254 ⟸ NM_001107784 |
| - UniProtKB: | D3ZQ56 (UniProtKB/TrEMBL), A6K758 (UniProtKB/TrEMBL), A0A8I6G3H2 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000010468 ⟸ ENSRNOT00000010468 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038960973 ⟸ XM_039105045 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000078624 ⟸ ENSRNOT00000117005 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-D3ZQ56-F1-model_v2 | AlphaFold | D3ZQ56 | 1-371 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13692483 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R3008 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Polr3f_1 | ||||||||
| Description: | RNA polymerase III subunit F | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1306428 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-47598 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000007548 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000010468 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000010468.7 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000117005.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 1.10.10.10 | UniProtKB/TrEMBL |
| InterPro | RNA_pol_Rpc34 | UniProtKB/TrEMBL |
| RNA_pol_Rpc34-like | UniProtKB/TrEMBL | |
| WH-like_DNA-bd_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| WH_DNA-bd_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:311487 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 311487 | ENTREZGENE |
| PANTHER | RNA_pol_Rpc34 | UniProtKB/TrEMBL |
| Pfam | RNA_pol_Rpc34 | UniProtKB/TrEMBL |
| PhenoGen | Polr3f | PhenoGen |
| PIRSF | RNA_pol_Rpc34 | UniProtKB/TrEMBL |
| RatGTEx | ENSRNOG00000007548 | RatGTEx |
| Superfamily-SCOP | SSF46785 | UniProtKB/TrEMBL |
| UniProt | A0A8I6G3H2 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A6K758 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| D3ZQ56 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2016-07-21 | Polr3f | RNA polymerase III subunit F | Polr3f | polymerase (RNA) III subunit F | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2016-03-16 | Polr3f | polymerase (RNA) III subunit F | Polr3f | polymerase (RNA) III (DNA directed) polypeptide F | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2009-10-22 | Polr3f | polymerase (RNA) III (DNA directed) polypeptide F | Polr3f | polymerase (RNA) III (DNA directed) polypeptide F, 39 kDa | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-09-24 | Polr3f | polymerase (RNA) III (DNA directed) polypeptide F, 39 kDa | Polr3f | polymerase (RNA) III (DNA directed) polypeptide F | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-04-30 | Polr3f | polymerase (RNA) III (DNA directed) polypeptide F | Polr3f_predicted | polymerase (RNA) III (DNA directed) polypeptide F (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2006-03-30 | Polr3f_predicted | polymerase (RNA) III (DNA directed) polypeptide F (predicted) | polymerase (RNA) III (DNA directed) polypeptide F, 39 kDa (predicted) | Name updated | 1299863 | APPROVED | |
| 2005-01-12 | Polr3f_predicted | polymerase (RNA) III (DNA directed) polypeptide F, 39 kDa (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |