Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | amyotrophic lateral sclerosis type 1 | | ISO | GBX2 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:11796754 | |
|
Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | amyotrophic lateral sclerosis type 1 | | ISO | GBX2 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:11796754 | |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
# | Reference Title | Reference Citation |
1. | MGDs mouse GO annotations | MGD data from the GO Consortium |
2. | MGD IEA | MGD IEA |
3. | Mouse MP Annotation Import Pipeline | RGD automated import pipeline |
4. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
PMID:1720547 | PMID:7649373 | PMID:7687285 | PMID:7758585 | PMID:8601031 | PMID:8838315 | PMID:9022055 | PMID:9232602 | PMID:9247335 | PMID:9342056 | PMID:9389446 | PMID:9417909 |
PMID:9486536 | PMID:9521907 | PMID:9570771 | PMID:9700206 | PMID:9811592 | PMID:10021340 | PMID:10349636 | PMID:10354469 | PMID:10421635 | PMID:10436162 | PMID:10490024 | PMID:10518499 |
PMID:10727869 | PMID:10764649 | PMID:10887078 | PMID:11042159 | PMID:11076861 | PMID:11124114 | PMID:11217851 | PMID:11290295 | PMID:11306624 | PMID:11412024 | PMID:11493561 | PMID:11500373 |
PMID:11532921 | PMID:11704761 | PMID:11731459 | PMID:11731460 | PMID:11748135 | PMID:11820816 | PMID:11863370 | PMID:11900984 | PMID:11967891 | PMID:12118102 | PMID:12194867 | PMID:12231626 |
PMID:12367504 | PMID:12421703 | PMID:12466851 | PMID:12477932 | PMID:12682014 | PMID:12736208 | PMID:12799077 | PMID:12810586 | PMID:12855770 | PMID:12874124 | PMID:12895419 | PMID:12915318 |
PMID:14568100 | PMID:14597661 | PMID:14643680 | PMID:14651936 | PMID:14681479 | PMID:14745958 | PMID:15105370 | PMID:15121182 | PMID:15142971 | PMID:15163631 | PMID:15201223 | PMID:15207855 |
PMID:15217369 | PMID:15242798 | PMID:15294144 | PMID:15342729 | PMID:15483110 | PMID:15580630 | PMID:15618518 | PMID:15652707 | PMID:15729686 | PMID:15741321 | PMID:15745951 | PMID:15761950 |
PMID:15782199 | PMID:15790971 | PMID:15829521 | PMID:15857914 | PMID:15917450 | PMID:15961523 | PMID:15996652 | PMID:16109395 | PMID:16141072 | PMID:16141073 | PMID:16166377 | PMID:16325169 |
PMID:16339193 | PMID:16452098 | PMID:16481355 | PMID:16530751 | PMID:16537572 | PMID:16571633 | PMID:16602821 | PMID:16651541 | PMID:16678814 | PMID:16728479 | PMID:16806848 | PMID:16847871 |
PMID:16900517 | PMID:16971467 | PMID:17060451 | PMID:17150206 | PMID:17151600 | PMID:17166916 | PMID:17241623 | PMID:17366625 | PMID:17450135 | PMID:17493606 | PMID:17507393 | PMID:17537797 |
PMID:17687036 | PMID:17729296 | PMID:17855431 | PMID:17980036 | PMID:18094027 | PMID:18216176 | PMID:18241853 | PMID:18304314 | PMID:18429041 | PMID:18479186 | PMID:18480159 | PMID:18495817 |
PMID:18694563 | PMID:18697905 | PMID:18794329 | PMID:18799476 | PMID:18799693 | PMID:18929642 | PMID:18930042 | PMID:19020049 | PMID:19030180 | PMID:19122665 | PMID:19244520 | PMID:19279136 |
PMID:19357274 | PMID:19386638 | PMID:19474326 | PMID:19540218 | PMID:19603509 | PMID:19615442 | PMID:19700621 | PMID:19793884 | PMID:19846726 | PMID:19855134 | PMID:19913004 | PMID:19968985 |
PMID:20059953 | PMID:20206242 | PMID:20412781 | PMID:20457670 | PMID:20532162 | PMID:20702562 | PMID:20816794 | PMID:20826531 | PMID:20932939 | PMID:20943929 | PMID:21048141 | PMID:21177346 |
PMID:21192082 | PMID:21205797 | PMID:21246658 | PMID:21266408 | PMID:21360792 | PMID:21625468 | PMID:21677750 | PMID:21693512 | PMID:21698205 | PMID:21731673 | PMID:21831920 | PMID:21873635 |
PMID:21925158 | PMID:21925604 | PMID:21930923 | PMID:22007134 | PMID:22102609 | PMID:22182523 | PMID:22371696 | PMID:22457488 | PMID:22566684 | PMID:22627282 | PMID:22705977 | PMID:22718343 |
PMID:22745311 | PMID:22821687 | PMID:22920256 | PMID:22991444 | PMID:22992956 | PMID:22993445 | PMID:23041116 | PMID:23056596 | PMID:23136391 | PMID:23144817 | PMID:23312518 | PMID:23345404 |
PMID:23400959 | PMID:23444360 | PMID:23536097 | PMID:23623550 | PMID:23658181 | PMID:23664552 | PMID:24014668 | PMID:24146773 | PMID:24157949 | PMID:24335253 | PMID:24368733 | PMID:24528677 |
PMID:24560577 | PMID:24583262 | PMID:24705356 | PMID:24952961 | PMID:25176648 | PMID:25178196 | PMID:25197075 | PMID:25366972 | PMID:25592224 | PMID:25631876 | PMID:25977363 | PMID:26189100 |
PMID:26212322 | PMID:26297811 | PMID:26400936 | PMID:26490861 | PMID:26534985 | PMID:26577899 | PMID:26718003 | PMID:26879466 | PMID:27100196 | PMID:27302397 | PMID:27349434 | PMID:27384060 |
PMID:27416760 | PMID:27578777 | PMID:27600842 | PMID:27655933 | PMID:27657450 | PMID:27760115 | PMID:27770010 | PMID:27793834 | PMID:27847324 | PMID:27889578 | PMID:27935475 | PMID:28155854 |
PMID:28165338 | PMID:28219675 | PMID:28467430 | PMID:28489004 | PMID:28538174 | PMID:28663494 | PMID:28694260 | PMID:28839193 | PMID:28848051 | PMID:28893947 | PMID:29732603 | PMID:30377227 |
PMID:30470704 | PMID:30470893 | PMID:30504125 | PMID:30581079 | PMID:30687002 | PMID:30692221 | PMID:30735127 | PMID:30868103 | PMID:30872278 | PMID:31048552 | PMID:31340933 | PMID:31444215 |
PMID:31872525 | PMID:32244588 | PMID:32466118 | PMID:32553121 | PMID:32675279 | PMID:32703236 | PMID:32792512 | PMID:33207201 | PMID:33322598 | PMID:33328221 | PMID:33469032 | PMID:33711282 |
PMID:33795231 | PMID:33821423 | PMID:33827819 | PMID:33851097 | PMID:34292881 | PMID:34321999 | PMID:34851821 | PMID:35027568 | PMID:35377797 | PMID:35417707 | PMID:35590075 | PMID:35690356 |
PMID:35793630 | PMID:36476860 | PMID:36819097 | PMID:37017267 | PMID:38345254 |
Gbx2 (Mus musculus - house mouse) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GBX2 (Homo sapiens - human) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gbx2 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gbx2 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GBX2 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GBX2 (Canis lupus familiaris - dog) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gbx2 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GBX2 (Sus scrofa - pig) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GBX2 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gbx2 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
|
.
Variants in Gbx2
111 total Variants |
The detailed report is available here: | Full Report | CSV | TAB | Printer | ||||
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
The following QTLs overlap with this region. | Full Report | CSV | TAB | Printer | Gviewer |
L39770 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U74300 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gbx2 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
fd52b08.x1 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gbx2 |
|
RefSeq Transcripts | NM_010262 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
GenBank Nucleotide | AB221564 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
AC124227 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK138361 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK141657 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BC050989 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BC116965 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BC120492 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
CH466520 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
L39770 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
M81661 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
U74300 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
Z48800 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSMUST00000036954 ⟹ ENSMUSP00000048508 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSMUST00000187633 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NM_010262 ⟹ NP_034392 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||||||||||
Sequence: |
Protein RefSeqs | NP_034392 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
GenBank Protein | AAA63314 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
AAA65185 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
AAC61877 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
AAI16966 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
AAI20493 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAE23632 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAE24788 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
CAA88737 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
EDL40099 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
Ensembl Protein | ENSMUSP00000048508 | ||
ENSMUSP00000048508.8 | |||
GenBank Protein | P48031 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_034392 ⟸ NM_010262 |
- UniProtKB: | Q14A66 (UniProtKB/Swiss-Prot), P48031 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSMUSP00000048508 ⟸ ENSMUST00000036954 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-P48031-F1-model_v2 | AlphaFold | P48031 | 1-348 | view protein structure |
RGD ID: | 15092163 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEWNC_M69 | ||||||||
Type: | single initiation site | ||||||||
Name: | D130058E05Rik_1 | ||||||||
Description: | RIKEN cDNA D130058E05 gene [Source:MGISymbol;Acc:MGI:2444614] | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEWNC (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 6874446 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_M674 | ||||||||
Type: | initiation region | ||||||||
Name: | Gbx2_1 | ||||||||
Description: | Mus musculus gastrulation brain homeobox 2 , mRNA. | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 6817748 | ||||||||
Promoter ID: | MM_KWN:1588 | ||||||||
Type: | CpG-Island | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | MPROMDB | ||||||||
Tissues & Cell Lines: | BoneMarrow_0Hour, ES_Cell, Lung | ||||||||
Transcripts: | AK051578_D130058E05RIK, NM_010262 | ||||||||
Position: |
|
Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | MGI:95668 | AgrOrtholog |
Ensembl Genes | ENSMUSG00000034486 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Ensembl Transcript | ENSMUST00000036954 | ENTREZGENE |
ENSMUST00000036954.9 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
Gene3D-CATH | Homeodomain-like | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
InterPro | GBX-1/2 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
Homeobox-like_sf | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
Homeobox_CS | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
Homeobox_dom | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
Homeobox_metazoa | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
KEGG Report | mmu:14472 | UniProtKB/Swiss-Prot |
MGD | MGI:95668 | ENTREZGENE |
NCBI Gene | 14472 | ENTREZGENE |
PANTHER | PTHR24334 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
PTHR24334:SF3 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
Pfam | Homeodomain | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
PhenoGen | Gbx2 | PhenoGen |
PRINTS | HOMEOBOX | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
PROSITE | HOMEOBOX_1 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
HOMEOBOX_2 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
SMART | HOX | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
Superfamily-SCOP | SSF46689 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
UniProt | GBX2_MOUSE | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE |
Q14A66 | ENTREZGENE | |
Q3URA0_MOUSE | UniProtKB/TrEMBL | |
Q3UUJ3_MOUSE | UniProtKB/TrEMBL | |
UniProt Secondary | Q14A66 | UniProtKB/Swiss-Prot |