Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Nup160 | Rat | nephrotic syndrome type 19 | | ISO | NUP160 (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Nup160 | Rat | nephrotic syndrome type 19 | | ISO | NUP160 (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Regulation of mRNA trafficking by nuclear pore complexes. | Bonnet A and Palancade B, Genes (Basel). 2014 Sep 2;5(3):767-91. doi: 10.3390/genes5030767. |
| 2. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 3. | Rat ISS GO annotations from GOA human gene data--August 2006 | GOA data from the GO Consortium |
| 4. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
| 5. | KEGG Annotation Import Pipeline | Pipeline to import KEGG annotations from KEGG into RGD |
| 6. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 7. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 8. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 9. | Comprehensive gene review and curation | RGD comprehensive gene curation |
| PMID:11564755 | PMID:11684705 | PMID:15146057 | PMID:17098863 | PMID:17360435 | PMID:30179222 |
| Nup160 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| NUP160 (Homo sapiens - human) |
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| Nup160 (Mus musculus - house mouse) |
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| Nup160 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| NUP160 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| NUP160 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Nup160 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| NUP160 (Sus scrofa - pig) |
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| NUP160 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Nup160 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Nup160 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Nup160
298 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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respiratory system
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sensory system
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visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 164 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 143 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001107744 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_039104889 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039104890 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039104891 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | CH473949 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| JAXUCZ010000003 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000030750 ⟹ ENSRNOP00000036307 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000112842 ⟹ ENSRNOP00000083879 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | NM_001107744 ⟹ NP_001101214 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_039104889 ⟹ XP_038960817 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | XM_039104890 ⟹ XP_038960818 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_039104891 ⟹ XP_038960819 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| Protein RefSeqs | NP_001101214 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_038960817 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038960818 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038960819 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDL79469 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000036307.8 | ||
| ENSRNOP00000083879 | |||
| ENSRNOP00000083879.1 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001101214 ⟸ NM_001107744 |
| - UniProtKB: | A0A8I5ZXX5 (UniProtKB/TrEMBL), A6HN68 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000036307 ⟸ ENSRNOT00000030750 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038960817 ⟸ XM_039104889 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | D3ZBL6 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | XP_038960818 ⟸ XM_039104890 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | D3ZBL6 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | XP_038960819 ⟸ XM_039104891 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000083879 ⟸ ENSRNOT00000112842 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-D3ZBL6-F1-model_v2 | AlphaFold | D3ZBL6 | 1-1226 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13692197 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R2721 | ||||||||
| Type: | multiple initiation site | ||||||||
| Name: | Nup160_1 | ||||||||
| Description: | nucleoporin 160 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1311052 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-48766 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000028215 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000030750.8 | UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000112842 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000112842.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| InterPro | Nucleoporin_Nup160 | UniProtKB/TrEMBL |
| NUP160_helical | UniProtKB/TrEMBL | |
| TPR_NUP160_C | UniProtKB/TrEMBL | |
| TPR_NUP160_M | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:311182 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 311182 | ENTREZGENE |
| PANTHER | NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP160 | UniProtKB/TrEMBL |
| PTHR21286 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | Nup160 | UniProtKB/TrEMBL |
| NUP160_helical | UniProtKB/TrEMBL | |
| TPR_NUP160_120_M | UniProtKB/TrEMBL | |
| TPR_Nup160_C | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Nup160 | PhenoGen |
| RatGTEx | ENSRNOG00000028215 | RatGTEx |
| UniProt | A0A8I5ZXX5 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A6HN68 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| D3ZBL6 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2008-04-30 | Nup160 | nucleoporin 160 | Nup160_predicted | nucleoporin 160 (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Nup160_predicted | nucleoporin 160 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |