Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Stx16 | Rat | pseudohypoparathyroidism type 1B | | ISO | STX16 (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Stx16 | Rat | pseudohypoparathyroidism type 1B | | ISO | STX16 (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | Rat ISS GO annotations from GOA human gene data--August 2006 | GOA data from the GO Consortium |
| 3. | The SNAREs vti1a and vti1b have distinct localization and SNARE complex partners. | Kreykenbohm V, etal., Eur J Cell Biol 2002 May;81(5):273-80. |
| 4. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
| 5. | OMIM Disease Annotation Pipeline | OMIM Disease Annotation Pipeline |
| 6. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 7. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 8. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 9. | Molecular anatomy of a trafficking organelle. | Takamori S, etal., Cell. 2006 Nov 17;127(4):831-46. |
| PMID:9464276 | PMID:9587053 | PMID:12477932 | PMID:15215310 | PMID:16154903 | PMID:17389686 | PMID:18195106 | PMID:18321981 | PMID:19620288 | PMID:21423176 | PMID:23677696 |
| Stx16 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| STX16 (Homo sapiens - human) |
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| Stx16 (Mus musculus - house mouse) |
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| Stx16 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| NPEPL1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| STX16 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| STX16 (Sus scrofa - pig) |
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| STX16 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Stx16 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Stx16 (Rattus rattus - black rat) |
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| RH132344 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
|
respiratory system
|
sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 165 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 144 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001401893 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| NM_001401894 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006235694 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006235695 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_005501944 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | BC168980 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| CH474062 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| JAXUCZ010000003 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000066279 ⟹ ENSRNOP00000062099 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000088286 ⟹ ENSRNOP00000073268 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000095901 ⟹ ENSRNOP00000096219 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000106302 ⟹ ENSRNOP00000083230 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001401893 ⟹ NP_001388822 | ||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001401894 ⟹ NP_001388823 | ||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_006235694 ⟹ XP_006235756 | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
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||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_006235695 ⟹ XP_006235757 | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
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||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XR_005501944 | ||||||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| Protein RefSeqs | NP_001388822 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| NP_001388823 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006235756 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006235757 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAI68980 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDL85097 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL85098 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000062099 | ||
| ENSRNOP00000062099.3 | |||
| ENSRNOP00000073268 | |||
| ENSRNOP00000073268.3 | |||
| ENSRNOP00000096219.1 |
| RefSeq Acc Id: | XP_006235756 ⟸ XM_006235694 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | D3Z9R7 (UniProtKB/TrEMBL), A0A8I6AQ84 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_006235757 ⟸ XM_006235695 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - UniProtKB: | A0A8I5ZW54 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000062099 ⟸ ENSRNOT00000066279 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000073268 ⟸ ENSRNOT00000088286 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000096219 ⟸ ENSRNOT00000095901 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000083230 ⟸ ENSRNOT00000106302 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001388822 ⟸ NM_001401893 |
| - Peptide Label: | isoform 1 |
| - UniProtKB: | A0A0G2K528 (UniProtKB/TrEMBL), A0A8I5ZW54 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | NP_001388823 ⟸ NM_001401894 |
| - Peptide Label: | isoform 2 |
| - UniProtKB: | A0A8I6AQ84 (UniProtKB/TrEMBL) |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-A0A0G2K528-F1-model_v2 | AlphaFold | A0A0G2K528 | 1-309 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13692725 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R3242 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Stx16_1 | ||||||||
| Description: | syntaxin 16 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1309423 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-46480 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000005281 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000066279 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000066279.3 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000088286 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000088286.3 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000095901.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 1.20.58.70 | UniProtKB/TrEMBL |
| InterPro | Syntaxin | UniProtKB/TrEMBL |
| Syntaxin/epimorphin_CS | UniProtKB/TrEMBL | |
| t-SNARE | UniProtKB/TrEMBL | |
| T_SNARE_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
| NCBI Gene | 362283 | ENTREZGENE |
| PANTHER | PTHR19957 | UniProtKB/TrEMBL |
| PTHR19957:SF83 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | SNARE | UniProtKB/TrEMBL |
| PhenoGen | Stx16 | PhenoGen |
| PROSITE | SYNTAXIN | UniProtKB/TrEMBL |
| T_SNARE | UniProtKB/TrEMBL | |
| RatGTEx | ENSRNOG00000005281 | RatGTEx |
| SMART | t_SNARE | UniProtKB/TrEMBL |
| Superfamily-SCOP | t-snare | UniProtKB/TrEMBL |
| UniProt | A0A0G2K528 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A0A8I5ZW54 | ENTREZGENE | |
| A0A8I6AQ84 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| B5DF99_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| D3Z9R7 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2013-05-24 | Stx16 | syntaxin 16 | LOC679159 | similar to Syntaxin-16 (Syn16) | Data merged from RGD:1591838 | 1643240 | APPROVED |
| 2008-04-30 | Stx16 | syntaxin 16 | Stx16_predicted | syntaxin 16 (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2006-11-20 | LOC679159 | similar to Syntaxin-16 (Syn16) | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL | ||
| 2005-01-12 | Stx16_predicted | syntaxin 16 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |