Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Scube3 | Rat | Desbuquois dysplasia | | ISO | SCUBE3 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Scube3 | Rat | Desbuquois dysplasia | | ISO | SCUBE3 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 3. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 4. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| Scube3 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| SCUBE3 (Homo sapiens - human) |
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| Scube3 (Mus musculus - house mouse) |
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| Scube3 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| SCUBE3 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| SCUBE3 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Scube3 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| SCUBE3 (Sus scrofa - pig) |
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| SCUBE3 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Scube3 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Scube3 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Scube3
124 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| D20Uia2 |
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| D20Cebr1 |
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| RH128263 |
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| RH132917 |
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| RH143313 |
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| RH144156 |
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| BF411261 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
|
mesenchyme
|
mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
|
renal system
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reproductive system
|
respiratory system
|
sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 161 | 91 | 90 | 59 | 78 | 59 | 6 | 342 | 178 | 11 | 140 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001271362 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_008772802 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008772803 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008772804 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008772805 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008772806 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017601592 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017601593 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039098519 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AC132760 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| JAXUCZ010000020 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000000593 ⟹ ENSRNOP00000000593 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000100675 ⟹ ENSRNOP00000085593 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000135925 ⟹ ENSRNOP00000101114 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000163443 ⟹ ENSRNOP00000101043 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001271362 ⟹ NP_001258291 | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_008772805 ⟹ XP_008771027 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_008772806 ⟹ XP_008771028 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_017601593 ⟹ XP_017457082 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_039098519 ⟹ XP_038954447 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Protein RefSeqs | NP_001258291 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_008771027 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_008771028 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_017457082 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038954447 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000000593.8 | ||
| ENSRNOP00000085593.2 | |||
| ENSRNOP00000101043 | |||
| ENSRNOP00000101043.1 | |||
| ENSRNOP00000101114.1 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001258291 ⟸ NM_001271362 |
| - Peptide Label: | precursor |
| - UniProtKB: | F1LV96 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_008771027 ⟸ XM_008772805 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_008771028 ⟸ XM_008772806 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_017457082 ⟸ XM_017601593 |
| - Peptide Label: | isoform X4 |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000000593 ⟸ ENSRNOT00000000593 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038954447 ⟸ XM_039098519 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - UniProtKB: | A0A8I6A3P6 (UniProtKB/TrEMBL) |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000085593 ⟸ ENSRNOT00000100675 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000101043 ⟸ ENSRNOT00000163443 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000101114 ⟸ ENSRNOT00000135925 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-F1LV96-F1-model_v2 | AlphaFold | F1LV96 | 1-994 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1304880 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-4432 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000000500 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000000593.10 | UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000100675.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000135925.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000163443 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000163443.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 2.60.120.290 | UniProtKB/TrEMBL |
| Laminin | UniProtKB/TrEMBL | |
| Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| InterPro | cEGF | UniProtKB/TrEMBL |
| CUB | UniProtKB/TrEMBL | |
| EG-like_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
| EGF-like_Ca-bd | UniProtKB/TrEMBL | |
| EGF-type_Asp/Asn_hydroxyl_site | UniProtKB/TrEMBL | |
| EGF_Ca-bd_CS | UniProtKB/TrEMBL | |
| EGF_dom_MSP1-like | UniProtKB/TrEMBL | |
| Growth_fac_rcpt | UniProtKB/TrEMBL | |
| NOTCH1_EGF-like | UniProtKB/TrEMBL | |
| SCUB_EGF-like_domain | UniProtKB/TrEMBL | |
| sperma_CUB_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
| Tyr-kin_ephrin_A/B_rcpt-like | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:294297 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 294297 | ENTREZGENE |
| PANTHER | SIGNAL PEPTIDE, CUB AND EGF-LIKE DOMAIN-CONTAINING | UniProtKB/TrEMBL |
| SIGNAL PEPTIDE, CUB AND EGF-LIKE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | cEGF | UniProtKB/TrEMBL |
| CUB | UniProtKB/TrEMBL | |
| EGF_3 | UniProtKB/TrEMBL | |
| EGF_CA | UniProtKB/TrEMBL | |
| FXa_inhibition | UniProtKB/TrEMBL | |
| GCC2_GCC3 | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Scube3 | PhenoGen |
| PRINTS | THRMBOMODULN | UniProtKB/TrEMBL |
| PROSITE | ASX_HYDROXYL | UniProtKB/TrEMBL |
| CUB | UniProtKB/TrEMBL | |
| EGF_2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| EGF_3 | UniProtKB/TrEMBL | |
| EGF_CA | UniProtKB/TrEMBL | |
| RatGTEx | ENSRNOG00000000500 | RatGTEx |
| SMART | CUB | UniProtKB/TrEMBL |
| EGF | UniProtKB/TrEMBL | |
| EGF_CA | UniProtKB/TrEMBL | |
| Ephrin_rec_like | UniProtKB/TrEMBL | |
| Superfamily-SCOP | CUB | UniProtKB/TrEMBL |
| EGF/Laminin | UniProtKB/TrEMBL | |
| Grow_fac_recept | UniProtKB/TrEMBL | |
| UniProt | A0A8I6A3P6 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A0ABK0KZT3_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A0ABK0LIT7_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| F1LV96 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2016-01-27 | Scube3 | signal peptide, CUB domain and EGF like domain containing 3 | Scube3 | signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-04-30 | Scube3 | signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 | Scube3_predicted | signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Scube3_predicted | signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |