Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | substance-related disorder | | ISO | PARVA (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:20098672 | |
|
Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | substance-related disorder | | ISO | PARVA (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:20098672 | |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
# | Reference Title | Reference Citation |
1. | Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection. | Kawai J, etal., Nature. 2001 Feb 8;409(6821):685-90. |
2. | Large-scale cDNA analysis reveals phased gene expression patterns during preimplantation mouse development. | Ko MS, etal., Development 2000 Apr;127(8):1737-49. |
3. | ILK, PINCH and parvin: the tIPP of integrin signalling. | Legate KR, etal., Nat Rev Mol Cell Biol. 2006 Jan;7(1):20-31. |
4. | Electronic Transfer of Homolog Data | MGD and Homologene mouse data transfer |
5. | MGDs mouse GO annotations | MGD data from the GO Consortium |
6. | Actopaxin, a new focal adhesion protein that binds paxillin LD motifs and actin and regulates cell adhesion. | Nikolopoulos SN and Turner CE, J Cell Biol 2000 Dec 25;151(7):1435-48. |
7. | Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs. | Okazaki Y, etal., Nature. 2002 Dec 5;420(6915):563-73. |
8. | Mouse MP Annotation Import Pipeline | RGD automated import pipeline |
9. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
PMID:8889548 | PMID:10349636 | PMID:11042159 | PMID:11076861 | PMID:11171322 | PMID:11331308 | PMID:11722847 | PMID:12432066 | PMID:12477932 | PMID:12490950 | PMID:14610273 | PMID:14681479 |
PMID:15353548 | PMID:15489334 | PMID:15782199 | PMID:15872073 | PMID:16141072 | PMID:16141073 | PMID:16984773 | PMID:18799693 | PMID:19349584 | PMID:19435803 | PMID:19798050 | PMID:19829382 |
PMID:21677750 | PMID:21873635 | PMID:23236519 | PMID:23612611 | PMID:23658024 | PMID:25925587 | PMID:27019299 | PMID:28546219 | PMID:29162887 | PMID:29567677 | PMID:31748531 | PMID:32163511 |
PMID:32325033 | PMID:35260418 | PMID:35688156 | PMID:37607905 | PMID:38355793 |
Parva (Mus musculus - house mouse) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PARVA (Homo sapiens - human) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Parva (Rattus norvegicus - Norway rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Parva (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PARVA (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PARVA (Canis lupus familiaris - dog) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Parva (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PARVA (Sus scrofa - pig) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PARVA (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Parva (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
|
.
Variants in Parva
4684 total Variants |
The detailed report is available here: | Full Report | CSV | TAB | Printer | ||||
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
The following QTLs overlap with this region. | Full Report | CSV | TAB | Printer | Gviewer |
RH136007 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RH129506 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RH130233 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Avpr1b |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AU042898 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RH125274 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Parva |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniSTS:235748 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
px-31f3 |
|
RefSeq Transcripts | NM_020606 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_006508050 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006508051 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | AB045321 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
AC127694 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AC132392 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AF237774 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AF264766 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK008197 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK076473 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK077368 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK148878 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK162796 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK183843 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK184522 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK185286 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK193636 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK203213 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK205666 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK205750 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK206347 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK206579 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK210087 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK212638 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK212791 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK212930 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK214830 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK214854 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BC039750 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BC059236 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
CH466531 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSMUST00000033030 ⟹ ENSMUSP00000033030 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSMUST00000106640 ⟹ ENSMUSP00000102251 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSMUST00000106643 ⟹ ENSMUSP00000102254 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSMUST00000126047 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSMUST00000139720 ⟹ ENSMUSP00000118587 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NM_020606 ⟹ NP_065631 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006508050 ⟹ XP_006508113 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006508051 ⟹ XP_006508114 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
Protein RefSeqs | NP_065631 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
XP_006508113 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_006508114 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | AAG09803 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
AAG27175 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
AAH59236 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAA97981 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAC36771 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAE28686 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
EDL17031 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
Ensembl Protein | ENSMUSP00000033030 | ||
ENSMUSP00000033030.8 | |||
ENSMUSP00000102251 | |||
ENSMUSP00000102251.2 | |||
ENSMUSP00000102254.2 | |||
ENSMUSP00000118587.2 | |||
GenBank Protein | Q9EPC1 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_065631 ⟸ NM_020606 |
- UniProtKB: | Q9JJ65 (UniProtKB/Swiss-Prot), Q9EPC1 (UniProtKB/Swiss-Prot), Q8C5R4 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_006508114 ⟸ XM_006508051 |
- Peptide Label: | isoform X2 |
- UniProtKB: | Q8C5R4 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_006508113 ⟸ XM_006508050 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
- UniProtKB: | Q3UF75 (UniProtKB/TrEMBL), Q8C5R4 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSMUSP00000118587 ⟸ ENSMUST00000139720 |
RefSeq Acc Id: | ENSMUSP00000033030 ⟸ ENSMUST00000033030 |
RefSeq Acc Id: | ENSMUSP00000102251 ⟸ ENSMUST00000106640 |
RefSeq Acc Id: | ENSMUSP00000102254 ⟸ ENSMUST00000106643 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-Q9EPC1-F1-model_v2 | AlphaFold | Q9EPC1 | 1-372 | view protein structure |
RGD ID: | 8665259 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_M10660 | ||||||||
Type: | initiation region | ||||||||
Name: | Parva_2 | ||||||||
Description: | Mus musculus parvin, alpha , mRNA. | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Alternative Promoters: | null; see alsoEPDNEW_M10661 | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 8665261 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_M10661 | ||||||||
Type: | initiation region | ||||||||
Name: | Parva_1 | ||||||||
Description: | Mus musculus parvin, alpha , mRNA. | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Alternative Promoters: | null; see alsoEPDNEW_M10660 | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 6841708 | ||||||||
Promoter ID: | MM_KWN:52331 | ||||||||
Type: | CpG-Island | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | MPROMDB | ||||||||
Tissues & Cell Lines: | 3T3L1_Day0, 3T3L1_Day1, 3T3L1_Day2, 3T3L1_Day3, Brain, Lung, MEF_B4, MEF_B6 | ||||||||
Transcripts: | OTTMUST00000061108, OTTMUST00000061110, UC009JGS.1 | ||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 6841706 | ||||||||
Promoter ID: | MM_KWN:52335 | ||||||||
Type: | Non-CpG | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | MPROMDB | ||||||||
Tissues & Cell Lines: | Spleen | ||||||||
Transcripts: | OTTMUST00000061113 | ||||||||
Position: |
|
Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | MGI:1931144 | AgrOrtholog |
Ensembl Genes | ENSMUSG00000030770 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Transcript | ENSMUST00000033030 | ENTREZGENE |
ENSMUST00000033030.14 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
ENSMUST00000106640 | ENTREZGENE | |
ENSMUST00000106640.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
ENSMUST00000106643.8 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
ENSMUST00000139720.8 | UniProtKB/TrEMBL | |
Gene3D-CATH | 1.10.418.10 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
InterPro | CH-domain | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
CH_dom_sf | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
Parvin | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
KEGG Report | mmu:57342 | UniProtKB/Swiss-Prot |
MGD | MGI:1931144 | ENTREZGENE |
NCBI Gene | 57342 | ENTREZGENE |
PANTHER | ALPHA-PARVIN | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
PTHR12114 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
Pfam | PF00307 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
PhenoGen | Parva | PhenoGen |
PIRSF | Parvin | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
PROSITE | PS50021 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
SMART | SM00033 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
Superfamily-SCOP | SSF47576 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
UniProt | D6RHM9_MOUSE | UniProtKB/TrEMBL |
PARVA_MOUSE | UniProtKB/Swiss-Prot | |
Q3UF75 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
Q8C5R4 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
Q9EPC1 | ENTREZGENE | |
Q9JJ65 | ENTREZGENE | |
UniProt Secondary | Q9JJ65 | UniProtKB/Swiss-Prot |