Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | autosomal recessive intellectual developmental disorder 43 | | ISO | WASHC4 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | | |
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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | autosomal recessive intellectual developmental disorder 43 | | ISO | WASHC4 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | | |
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# | Reference Title | Reference Citation |
1. | Retromer and sorting nexins in endosomal sorting. | Gallon M and Cullen PJ, Biochem Soc Trans. 2015 Feb;43(1):33-47. doi: 10.1042/BST20140290. |
2. | OMIM Disease Annotation Pipeline | OMIM Disease Annotation Pipeline |
3. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
4. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
PMID:10349636 | PMID:10725249 | PMID:10922068 | PMID:11042159 | PMID:11076861 | PMID:11217851 | PMID:12466305 | PMID:12466851 | PMID:12477932 | PMID:12520002 | PMID:14610273 | PMID:14621295 |
PMID:15489334 | PMID:16141072 | PMID:16141073 | PMID:19463158 | PMID:19922874 | PMID:19922875 | PMID:20923837 | PMID:21267068 | PMID:21873635 | PMID:24457600 | PMID:27390154 | PMID:32325033 |
PMID:33749590 |
Washc4 (Mus musculus - house mouse) |
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WASHC4 (Homo sapiens - human) |
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Washc4 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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Washc4 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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WASHC4 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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WASHC4 (Canis lupus familiaris - dog) |
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Washc4 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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WASHC4 (Sus scrofa - pig) |
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WASHC4 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Washc4 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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Variants in Washc4
830 total Variants |
The detailed report is available here: | Full Report | CSV | TAB | Printer | ||||
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
The following QTLs overlap with this region. | Full Report | CSV | TAB | Printer | Gviewer |
D9Mit34.1 |
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RH124990 |
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D11Bhm20 |
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RefSeq Transcripts | NM_001033375 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_006513737 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006513738 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006513739 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_017313963 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_030245113 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_036155807 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XR_004936201 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | AC153508 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
AI605037 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK038582 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK043911 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK089097 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK129269 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK145000 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK161247 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK166233 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BC020314 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BC026467 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BC145215 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BQ561687 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSMUST00000038388 ⟹ ENSMUSP00000039322 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSMUST00000217842 ⟹ ENSMUSP00000151417 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSMUST00000218570 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSMUST00000219582 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NM_001033375 ⟹ NP_001028547 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006513737 ⟹ XP_006513800 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006513738 ⟹ XP_006513801 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006513739 ⟹ XP_006513802 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_017313963 ⟹ XP_017169452 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_030245113 ⟹ XP_030100973 | ||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_036155807 ⟹ XP_036011700 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XR_004936201 | ||||||||
Type: | NON-CODING | ||||||||
Position: |
|
||||||||
Sequence: |
Protein RefSeqs | NP_001028547 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
XP_006513800 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_006513801 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_006513802 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_017169452 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_030100973 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_036011700 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | AAH20314 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
BAC30055 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAC98079 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAE26179 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAE36266 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAE38648 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
Ensembl Protein | ENSMUSP00000039322 | ||
ENSMUSP00000039322.6 | |||
ENSMUSP00000151417.2 | |||
GenBank Protein | Q3UMB9 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_001028547 ⟸ NM_001033375 |
- UniProtKB: | Q8CAK8 (UniProtKB/Swiss-Prot), Q6ZPZ7 (UniProtKB/Swiss-Prot), Q3TTQ9 (UniProtKB/Swiss-Prot), Q8CGK0 (UniProtKB/Swiss-Prot), Q3UMB9 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_006513800 ⟸ XM_006513737 |
- Peptide Label: | isoform X2 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_006513801 ⟸ XM_006513738 |
- Peptide Label: | isoform X4 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_006513802 ⟸ XM_006513739 |
- Peptide Label: | isoform X5 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_017169452 ⟸ XM_017313963 |
- Peptide Label: | isoform X3 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_030100973 ⟸ XM_030245113 |
- Peptide Label: | isoform X5 |
RefSeq Acc Id: | ENSMUSP00000151417 ⟸ ENSMUST00000217842 |
RefSeq Acc Id: | ENSMUSP00000039322 ⟸ ENSMUST00000038388 |
RefSeq Acc Id: | XP_036011700 ⟸ XM_036155807 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-Q3UMB9-F1-model_v2 | AlphaFold | Q3UMB9 | 1-1173 | view protein structure |
RGD ID: | 6818832 | ||||||||
Promoter ID: | MM_KWN:5126 | ||||||||
Type: | CpG-Island | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | MPROMDB | ||||||||
Tissues & Cell Lines: | 3T3L1_Day0, 3T3L1_Day1, 3T3L1_Day2, 3T3L1_Day3, BoneMarrow_0Hour, BoneMarrow_2Hour, BoneMarrow_4Hour, Brain, ES_Cell, Kidney, Liver, Lung, MEF_B4, MEF_B6, Spleen | ||||||||
Transcripts: | NM_001033375 | ||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 8672882 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_M14472 | ||||||||
Type: | initiation region | ||||||||
Name: | Washc4_1 | ||||||||
Description: | Mus musculus WASH complex subunit 4 , mRNA. | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
|
Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | MGI:2441787 | AgrOrtholog |
Ensembl Genes | ENSMUSG00000034560 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Transcript | ENSMUST00000038388 | ENTREZGENE |
ENSMUST00000038388.7 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
ENSMUST00000217842.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
InterPro | WASH-7_C | UniProtKB/Swiss-Prot |
WASH-7_central | UniProtKB/Swiss-Prot | |
WASH-7_N | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
WASH7 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
KEGG Report | mmu:319277 | UniProtKB/Swiss-Prot |
MGD | MGI:2441787 | ENTREZGENE |
NCBI Gene | 319277 | ENTREZGENE |
PANTHER | PTHR31409 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
WASH COMPLEX SUBUNIT 4 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
Pfam | WASH-7_C | UniProtKB/Swiss-Prot |
WASH-7_mid | UniProtKB/Swiss-Prot | |
WASH-7_N | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
PhenoGen | Washc4 | PhenoGen |
UniProt | A0A1W2P6V9_MOUSE | UniProtKB/TrEMBL |
Q3TTQ9 | ENTREZGENE | |
Q3UMB9 | ENTREZGENE | |
Q6ZPZ7 | ENTREZGENE | |
Q8CAK8 | ENTREZGENE | |
Q8CGK0 | ENTREZGENE | |
WASC4_MOUSE | UniProtKB/Swiss-Prot | |
UniProt Secondary | Q3TTQ9 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Q6ZPZ7 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
Q8CAK8 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
Q8CGK0 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2016-11-29 | Washc4 | WASH complex subunit 4 | A230046K03Rik | RIKEN cDNA A230046K03 gene | Symbol and/or name change | 5135510 | APPROVED |