Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Sucla2 | Rat | obesity | | ISO | SUCLA2 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:20882379 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Sucla2 | Rat | obesity | | ISO | SUCLA2 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:20882379 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | Rat ISS GO annotations from GOA human gene data--August 2006 | GOA data from the GO Consortium |
| 3. | Mitochondrial GTP regulates glucose-stimulated insulin secretion. | Kibbey RG, etal., Cell Metab. 2007 Apr;5(4):253-64. |
| 4. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
| 5. | OMIM Disease Annotation Pipeline | OMIM Disease Annotation Pipeline |
| 6. | KEGG Annotation Import Pipeline | Pipeline to import KEGG annotations from KEGG into RGD |
| 7. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 8. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| PMID:8889548 | PMID:10727444 | PMID:11596118 | PMID:12477932 | PMID:12947022 | PMID:14651853 | PMID:17634366 | PMID:18614015 | PMID:19056867 | PMID:20833797 | PMID:25931508 |
| Sucla2 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SUCLA2 (Homo sapiens - human) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sucla2 (Mus musculus - house mouse) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sucla2 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SUCLA2 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SUCLA2 (Canis lupus familiaris - dog) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sucla2 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SUCLA2 (Sus scrofa - pig) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SUCLA2 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sucla2 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sucla2 (Rattus rattus - black rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
.
Variants in Sucla2
424 total Variants
|
| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
||||||||
| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| RH141159 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BE101893 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH139628 |
|
|
alimentary part of gastrointestinal system
|
appendage
|
circulatory system
|
ectoderm
|
endocrine system
|
endoderm
|
exocrine system
|
hemolymphoid system
|
hepatobiliary system
|
integumental system
|
mesenchyme
|
mesoderm
|
musculoskeletal system
|
nervous system
|
renal system
|
reproductive system
|
respiratory system
|
sensory system
|
visual system
|
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 165 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 144 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001108387 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| GenBank Nucleotide | BC166998 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| BF408124 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BF412750 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CF110427 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473951 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CO399305 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CR755094 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ216292 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| JAXUCZ010000015 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000065195 ⟹ ENSRNOP00000060229 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000094835 ⟹ ENSRNOP00000084737 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001108387 ⟹ NP_001101857 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| Protein RefSeqs | NP_001101857 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| GenBank Protein | AAI66998 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDM02272 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000060229.2 | ||
| ENSRNOP00000084737 | |||
| ENSRNOP00000084737.2 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001101857 ⟸ NM_001108387 |
| - UniProtKB: | F1LM47 (UniProtKB/TrEMBL), B2RZ24 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000060229 ⟸ ENSRNOT00000065195 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000084737 ⟸ ENSRNOT00000094835 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-F1LM47-F1-model_v2 | AlphaFold | F1LM47 | 1-465 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13699825 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R10349 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Sucla2_1 | ||||||||
| Description: | succinate-CoA ligase ADP-forming beta subunit | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
|
| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1309397 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-13159 | BioCyc |
| BioCyc Pathway | PWY-5690 [TCA cycle II (plants and fungi)] | BioCyc |
| BioCyc Pathway Image | PWY-5690 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000017481 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000065195.5 | UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000094835 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000094835.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 3.30.1490.20 | UniProtKB/TrEMBL |
| 3.40.50.261 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ATP-grasp fold, B domain | UniProtKB/TrEMBL | |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7126990 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | ATP-grasp | UniProtKB/TrEMBL |
| ATP-grasp_succ-CoA_synth-type | UniProtKB/TrEMBL | |
| ATP_grasp_subdomain_1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| CoA_ligase | UniProtKB/TrEMBL | |
| Succ-CoA_synthase_bsu_CS | UniProtKB/TrEMBL | |
| Succ_CoA_betaA_euk | UniProtKB/TrEMBL | |
| Succ_CoA_synthase_bsu | UniProtKB/TrEMBL | |
| Succinyl-CoA_synth-like | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:361071 | UniProtKB/TrEMBL |
| MGC_CLONE | MGC:189157 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 361071 | ENTREZGENE |
| PANTHER | CoA_lig_beta | UniProtKB/TrEMBL |
| SUCCINATE--COA LIGASE [ADP-FORMING] SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | ATP-grasp_2 | UniProtKB/TrEMBL |
| Ligase_CoA | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Sucla2 | PhenoGen |
| PIRSF | SucCS_beta | UniProtKB/TrEMBL |
| PROSITE | ATP_GRASP | UniProtKB/TrEMBL |
| SUCCINYL_COA_LIG_3 | UniProtKB/TrEMBL | |
| RatGTEx | ENSRNOG00000017481 | RatGTEx |
| Superfamily-SCOP | CoA_ligase | UniProtKB/TrEMBL |
| Glutathione synthetase ATP-binding domain-like | UniProtKB/TrEMBL | |
| UniProt | A0A8I6A1U8_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| B2RZ24 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| F1LM47 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2019-12-06 | Sucla2 | succinate-CoA ligase ADP-forming subunit beta | Sucla2 | succinate-CoA ligase ADP-forming beta subunit | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2016-05-05 | Sucla2 | succinate-CoA ligase ADP-forming beta subunit | Sucla2 | succinate-CoA ligase beta subunit | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2016-04-13 | Sucla2 | succinate-CoA ligase beta subunit | Sucla2 | succinate-CoA ligase, ADP-forming, beta subunit | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-10-23 | Sucla2 | succinate-CoA ligase, ADP-forming, beta subunit | Sucla2 | succinate-Coenzyme A ligase, ADP-forming, beta subunit | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-04-30 | Sucla2 | succinate-Coenzyme A ligase, ADP-forming, beta subunit | Sucla2_predicted | succinate-Coenzyme A ligase, ADP-forming, beta subunit (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Sucla2_predicted | succinate-Coenzyme A ligase, ADP-forming, beta subunit (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |