Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Slc39a12 | Rat | melanoma | | ISO | SLC39A12 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:22535842 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Slc39a12 | Rat | melanoma | | ISO | SLC39A12 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:22535842 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 3. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 4. | The zinc transporter ZIP12 regulates the pulmonary vascular response to chronic hypoxia. | Zhao L, etal., Nature. 2015 Aug 20;524(7565):356-60. doi: 10.1038/nature14620. Epub 2015 Aug 10. |
| PMID:23716681 | PMID:24769233 | PMID:34347342 | PMID:34635097 | PMID:35346134 |
| Slc39a12 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| SLC39A12 (Homo sapiens - human) |
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| Slc39a12 (Mus musculus - house mouse) |
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| Slc39a12 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| SLC39A12 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| SLC39A12 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Slc39a12 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| SLC39A12 (Sus scrofa - pig) |
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| SLC39A12 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Slc39a12 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Slc39a12 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Slc39a12
742 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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respiratory system
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sensory system
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visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4 | 5 | 5 | 120 | 16 | 9 | 4 | 1 | 4 | 3 | 83 | 11 | 2 | 117 | 59 | 47 | 5 | 1 | 1 |
| RefSeq Transcripts | NM_001106124 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_017600498 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017600499 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017600500 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039095559 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039095560 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039095561 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_005495258 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_005495259 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | CH473990 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| JAXUCZ010000017 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000044313 ⟹ ENSRNOP00000042204 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000111559 ⟹ ENSRNOP00000083440 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000121215 ⟹ ENSRNOP00000101449 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001106124 ⟹ NP_001099594 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_017600498 ⟹ XP_017455987 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_039095559 ⟹ XP_038951487 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | XM_039095560 ⟹ XP_038951488 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_039095561 ⟹ XP_038951489 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XR_005495258 | ||||||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | XR_005495259 | ||||||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| Protein RefSeqs | NP_001099594 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_017455987 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038951487 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038951488 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038951489 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDL78735 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000042204 | ||
| ENSRNOP00000042204.5 | |||
| ENSRNOP00000083440 | |||
| ENSRNOP00000083440.2 | |||
| ENSRNOP00000101449 | |||
| ENSRNOP00000101449.1 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001099594 ⟸ NM_001106124 |
| - Peptide Label: | precursor |
| - UniProtKB: | A6JM58 (UniProtKB/TrEMBL), D4A8R5 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_017455987 ⟸ XM_017600498 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| - UniProtKB: | A0A8I6A003 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000042204 ⟸ ENSRNOT00000044313 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038951487 ⟸ XM_039095559 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038951488 ⟸ XM_039095560 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038951489 ⟸ XM_039095561 |
| - Peptide Label: | isoform X4 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000083440 ⟸ ENSRNOT00000111559 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000101449 ⟸ ENSRNOT00000121215 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-D4A8R5-F1-model_v2 | AlphaFold | D4A8R5 | 1-688 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1309305 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-8598 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000025639 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000044313 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000044313.7 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000111559 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000111559.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000121215 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000121215.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| InterPro | ZIP | UniProtKB/TrEMBL |
| ZIP4_12_EF-hand | UniProtKB/TrEMBL | |
| ZIP4_N | UniProtKB/TrEMBL | |
| ZIP_Transporter | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:291328 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 291328 | ENTREZGENE |
| PANTHER | SOLUTE CARRIER FAMILY 39 | UniProtKB/TrEMBL |
| ZINC TRANSPORTER ZIP12 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | EF-hand_Zip | UniProtKB/TrEMBL |
| Zip | UniProtKB/TrEMBL | |
| ZIP4_domain | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Slc39a12 | PhenoGen |
| RatGTEx | ENSRNOG00000025639 | RatGTEx |
| UniProt | A0A8I6A003 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A0ABK0LAK9_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A6JM58 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| D4A8R5 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2008-04-30 | Slc39a12 | solute carrier family 39 (zinc transporter), member 12 | Slc39a12_predicted | solute carrier family 39 (zinc transporter), member 12 (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Slc39a12_predicted | solute carrier family 39 (zinc transporter), member 12 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |