Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Rrp7a | Rat | primary autosomal recessive microcephaly 28 | | ISO | RRP7A (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Rrp7a | Rat | primary autosomal recessive microcephaly 28 | | ISO | RRP7A (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | KEGG Annotation Import Pipeline | Pipeline to import KEGG annotations from KEGG into RGD |
| 3. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 4. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| Rrp7a (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| RRP7A (Homo sapiens - human) |
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| Rrp7a (Mus musculus - house mouse) |
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| Rrp7a (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| LOC100985019 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| RRP7 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Rrp7a (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| RRP7A (Sus scrofa - pig) |
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| LOC119627361 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Rrp7a (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Rrp7a (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Rrp7a
47 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| RH130857 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
|
respiratory system
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sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 66 | 160 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 355 | 191 | 11 | 139 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001130568 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_063263931 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AC135486 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| BC079405 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473950 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| JAXUCZ010000007 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000034983 ⟹ ENSRNOP00000033462 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000094520 ⟹ ENSRNOP00000087592 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | NM_001130568 ⟹ NP_001124040 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_063263931 ⟹ XP_063120001 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
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| Protein RefSeqs | NP_001124040 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_063120001 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDM15640 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000033462 | ||
| ENSRNOP00000033462.4 | |||
| ENSRNOP00000087592.1 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001124040 ⟸ NM_001130568 |
| - UniProtKB: | D4AE65 (UniProtKB/TrEMBL), A6HT82 (UniProtKB/TrEMBL), A0A8I6A4N9 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000033462 ⟸ ENSRNOT00000034983 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000087592 ⟸ ENSRNOT00000094520 |
| RefSeq Acc Id: | XP_063120001 ⟸ XM_063263931 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-D4AE65-F1-model_v2 | AlphaFold | D4AE65 | 1-280 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13695542 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R6067 | ||||||||
| Type: | multiple initiation site | ||||||||
| Name: | Rrp7a_1 | ||||||||
| Description: | ribosomal RNA processing 7 homolog A | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1311547 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-32612 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000022896 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000034983 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000034983.6 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000094520.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 3.30.70.330 | UniProtKB/TrEMBL |
| 6.10.250.1770 | UniProtKB/TrEMBL | |
| InterPro | Nucleotide-bd_a/b_plait_sf | UniProtKB/TrEMBL |
| RBD_domain_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| RRM_Rrp7 | UniProtKB/TrEMBL | |
| RRP7 | UniProtKB/TrEMBL | |
| RRP7 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Rrp7A_RRM | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:362967 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 362967 | ENTREZGENE |
| PANTHER | PTHR13191 | UniProtKB/TrEMBL |
| RIBOSOMAL RNA-PROCESSING PROTEIN 7 HOMOLOG A-RELATED | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | RRM_Rrp7 | UniProtKB/TrEMBL |
| RRP7 | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Rrp7a | PhenoGen |
| RatGTEx | ENSRNOG00000022896 | RatGTEx |
| Superfamily-SCOP | SSF54928 | UniProtKB/TrEMBL |
| UniProt | A0A8I6A4N9 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A6HT82 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| D4AE65 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2015-07-30 | Rrp7a | ribosomal RNA processing 7 homolog A | Rrp7a | ribosomal RNA processing 7 homolog A (S. cerevisiae) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-09-29 | Rrp7a | ribosomal RNA processing 7 homolog A (S. cerevisiae) | Cgi-96 | CGI-96 protein | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-03-18 | Cgi-96 | CGI-96 protein | RGD1311547 | similar to CGI-96 protein; gastric cancer antigen Zg14 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2005-12-06 | RGD1311547 | similar to CGI-96 protein; gastric cancer antigen Zg14 | RGD1311547_predicted | similar to CGI-96 protein; gastric cancer antigen Zg14 (predicted) | Symbol and Name updated | 1559027 | APPROVED |
| 2005-01-20 | RGD1311547_predicted | similar to CGI-96 protein; gastric cancer antigen Zg14 (predicted) | LOC362967_predicted | Symbol and Name status set to approved | 1331353 | APPROVED | |
| 2005-01-12 | LOC362967_predicted | similar to CGI-96 protein; gastric cancer antigen Zg14 (predicted) | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |