Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Arhgef18 | Rat | retinitis pigmentosa 1 | | ISO | ARHGEF18 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Arhgef18 | Rat | retinitis pigmentosa 1 | | ISO | ARHGEF18 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Rat ISS GO annotations from GOA human gene data--August 2006 | GOA data from the GO Consortium |
| 2. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 3. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 4. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| Arhgef18 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| ARHGEF18 (Homo sapiens - human) |
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| Arhgef18 (Mus musculus - house mouse) |
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| Arhgef18 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| ARHGEF18 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| ARHGEF18 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Arhgef18 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| ARHGEF18 (Sus scrofa - pig) |
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| ARHGEF18 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Arhgef18 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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Variants in Arhgef18
1001 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| D12Got218 |
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| RH131614 |
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| RH131442 |
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| RH143508 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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respiratory system
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sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19 | 12 | 68 | 168 | 91 | 90 | 59 | 152 | 59 | 6 | 427 | 254 | 12 | 146 | 87 | 101 | 31 | 18 | 18 |
| RefSeq Transcripts | NM_001395655 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| NM_001429753 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008768951 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008768952 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017598310 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039089307 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_063271243 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_063271244 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_063271245 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | CH474084 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| JAXUCZ010000012 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000066281 ⟹ ENSRNOP00000062255 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000100968 ⟹ ENSRNOP00000089688 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000110862 ⟹ ENSRNOP00000078753 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000148939 ⟹ ENSRNOP00000099512 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000168177 ⟹ ENSRNOP00000108312 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001395655 ⟹ NP_001382584 | ||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | XM_039089307 ⟹ XP_038945235 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_063271243 ⟹ XP_063127313 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_063271244 ⟹ XP_063127314 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_063271245 ⟹ XP_063127315 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
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| Protein RefSeqs | NP_001382584 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| NP_001416682 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038945235 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_063127313 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_063127314 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_063127315 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDL74926 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000062255 | ||
| ENSRNOP00000062255.3 | |||
| ENSRNOP00000078753.2 | |||
| ENSRNOP00000089688.2 | |||
| ENSRNOP00000099512 | |||
| ENSRNOP00000099512.1 | |||
| ENSRNOP00000108312.1 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000062255 ⟸ ENSRNOT00000066281 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038945235 ⟸ XM_039089307 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| - UniProtKB: | A0A8I5ZLL3 (UniProtKB/TrEMBL) |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000078753 ⟸ ENSRNOT00000110862 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000089688 ⟸ ENSRNOT00000100968 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001382584 ⟸ NM_001395655 |
| - UniProtKB: | A0A8I5ZLL3 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | XP_063127313 ⟸ XM_063271243 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A0A8I5ZLL3 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | XP_063127314 ⟸ XM_063271244 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - UniProtKB: | A0A8I5ZLL3 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | XP_063127315 ⟸ XM_063271245 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000108312 ⟸ ENSRNOT00000168177 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000099512 ⟸ ENSRNOT00000148939 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-F1LT94-F1-model_v2 | AlphaFold | F1LT94 | 1-1184 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13698364 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R8889 | ||||||||
| Type: | multiple initiation site | ||||||||
| Name: | Arhgef18_1 | ||||||||
| Description: | Rho/Rac guanine nucleotide exchange factor 18 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1311448 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-20405 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000028090 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000066281 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000066281.4 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000100968.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000110862.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000148939 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000148939.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000168177.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 1.20.900.10 | UniProtKB/TrEMBL |
| 2.30.29.30 | UniProtKB/TrEMBL | |
| InterPro | ARHGEF18_PH | UniProtKB/TrEMBL |
| DBL_dom_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| DH-domain | UniProtKB/TrEMBL | |
| PH_16 | UniProtKB/TrEMBL | |
| PH_type | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pleckstrin_homology | UniProtKB/TrEMBL | |
| Rho_GEF18 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Znf_C2H2_type | UniProtKB/TrEMBL | |
| NCBI Gene | 304193 | ENTREZGENE |
| PANTHER | RHO/RAC GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 18 | UniProtKB/TrEMBL |
| RIKEN CDNA A430078G23 GENE | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | PH_16 | UniProtKB/TrEMBL |
| RhoGEF | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Arhgef18 | PhenoGen |
| PROSITE | DH_2 | UniProtKB/TrEMBL |
| PH_DOMAIN | UniProtKB/TrEMBL | |
| ZINC_FINGER_C2H2_2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| RatGTEx | ENSRNOG00000028090 | RatGTEx |
| SMART | RhoGEF | UniProtKB/TrEMBL |
| SM00233 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Superfamily-SCOP | DH-domain | UniProtKB/TrEMBL |
| PH domain-like | UniProtKB/TrEMBL | |
| UniProt | A0A8I5ZLL3 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A0A8I6ALJ4_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A0ABK0L5B4_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A0ABK0M095_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| F1LT94_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2015-11-19 | Arhgef18 | Rho/Rac guanine nucleotide exchange factor 18 | Arhgef18 | rho/rac guanine nucleotide exchange factor (GEF) 18 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-04-30 | Arhgef18 | rho/rac guanine nucleotide exchange factor (GEF) 18 | Arhgef18_predicted | rho/rac guanine nucleotide exchange factor (GEF) 18 (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Arhgef18_predicted | rho/rac guanine nucleotide exchange factor (GEF) 18 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |