Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Trappc11 | Rat | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2S | | ISO | TRAPPC11 (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Trappc11 | Rat | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2S | | ISO | TRAPPC11 (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | OMIM Disease Annotation Pipeline | OMIM Disease Annotation Pipeline |
| 2. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 3. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| Trappc11 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| TRAPPC11 (Homo sapiens - human) |
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| Trappc11 (Mus musculus - house mouse) |
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| Trappc11 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| TRAPPC11 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| TRAPPC11 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Trappc11 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| TRAPPC11 (Sus scrofa - pig) |
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| TRAPPC11 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Trappc11 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Trappc11 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Trappc11
173 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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respiratory system
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sensory system
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visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 165 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 144 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001169115 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_006253134 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006253135 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_063275230 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_063275231 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_063275232 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | CH473995 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| JAXUCZ010000016 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000018969 ⟹ ENSRNOP00000018969 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000079466 ⟹ ENSRNOP00000071879 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000146764 ⟹ ENSRNOP00000101636 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001169115 ⟹ NP_001162586 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_006253134 ⟹ XP_006253196 | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_006253135 ⟹ XP_006253197 | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_063275230 ⟹ XP_063131300 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_063275231 ⟹ XP_063131301 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_063275232 ⟹ XP_063131302 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| Protein RefSeqs | NP_001162586 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_006253196 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006253197 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_063131300 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_063131301 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_063131302 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDL78908 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000018969 | ||
| ENSRNOP00000018969.6 | |||
| ENSRNOP00000071879 | |||
| ENSRNOP00000071879.2 | |||
| ENSRNOP00000101636.1 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001162586 ⟸ NM_001169115 |
| - UniProtKB: | D3ZHI8 (UniProtKB/TrEMBL), A6JPL4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_006253196 ⟸ XM_006253134 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A0A0G2K1K5 (UniProtKB/TrEMBL), A6JPL4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_006253197 ⟸ XM_006253135 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A0A0G2K1K5 (UniProtKB/TrEMBL), A6JPL4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000071879 ⟸ ENSRNOT00000079466 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000018969 ⟸ ENSRNOT00000018969 |
| RefSeq Acc Id: | XP_063131300 ⟸ XM_063275230 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - UniProtKB: | D3ZHI8 (UniProtKB/TrEMBL), A6JPL4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | XP_063131302 ⟸ XM_063275232 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| - UniProtKB: | A6JPL4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| RefSeq Acc Id: | XP_063131301 ⟸ XM_063275231 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - UniProtKB: | D3ZHI8 (UniProtKB/TrEMBL), A6JPL4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000101636 ⟸ ENSRNOT00000146764 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-A0A0G2K1K5-F1-model_v2 | AlphaFold | A0A0G2K1K5 | 1-1193 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13700094 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R10616 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Trappc11_1 | ||||||||
| Description: | trafficking protein particle complex 11 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1309765 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-11406 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000022482 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000018969 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000018969.9 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000079466 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000079466.3 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000146764.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| InterPro | Foie-gras_1 | UniProtKB/TrEMBL |
| TRAPPC11_C | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:290746 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 290746 | ENTREZGENE |
| PANTHER | FOIE GRAS | UniProtKB/TrEMBL |
| TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 11 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | Foie-gras_1 | UniProtKB/TrEMBL |
| Gryzun-like | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Trappc11 | PhenoGen |
| RatGTEx | ENSRNOG00000022482 | RatGTEx |
| UniProt | A0A0G2K1K5 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A0ABK0LKY8_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A6JPL4 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| D3ZHI8 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2021-02-18 | Trappc11 | trafficking protein particle complex subunit 11 | Trappc11 | trafficking protein particle complex 11 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2012-10-10 | Trappc11 | trafficking protein particle complex 11 | RGD1309765 | similar to hypothetical protein | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-04-30 | RGD1309765 | similar to hypothetical protein | RGD1309765_predicted | similar to hypothetical protein (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2005-01-20 | RGD1309765_predicted | similar to hypothetical protein (predicted) | LOC290746_predicted | Symbol and Name status set to approved | 1331353 | APPROVED | |
| 2005-01-12 | LOC290746_predicted | similar to hypothetical protein (predicted) | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |