Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Cst7 | Rat | Stomach Neoplasms | | ISO | CST7 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:16367923 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Cst7 | Rat | Stomach Neoplasms | | ISO | CST7 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:16367923 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | Rat ISS GO annotations from GOA human gene data--August 2006 | GOA data from the GO Consortium |
| 3. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
| 4. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 5. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| PMID:12423348 | PMID:15212960 | PMID:15752368 | PMID:18256700 | PMID:22365146 | PMID:28178353 | PMID:28251676 |
| Cst7 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| CST7 (Homo sapiens - human) |
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| Cst7 (Mus musculus - house mouse) |
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| Cst7 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| CST7 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| CST7 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Cst7 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| CST7 (Sus scrofa - pig) |
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| CST7 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cst7 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Cst7 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Cst7
125 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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respiratory system
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sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 13 | 60 | 124 | 91 | 90 | 59 | 149 | 59 | 6 | 428 | 249 | 19 | 102 | 96 | 97 | 31 | 22 | 22 |
| RefSeq Transcripts | NM_001106523 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| NM_001431528 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| NM_001431529 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006235213 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008762305 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008762306 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039104598 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | CH474050 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| JAXUCZ010000003 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000008865 ⟹ ENSRNOP00000008865 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000114658 ⟹ ENSRNOP00000092435 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | NM_001106523 ⟹ NP_001099993 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_006235213 ⟹ XP_006235275 | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_039104598 ⟹ XP_038960526 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Protein RefSeqs | NP_001099993 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| NP_001418457 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| NP_001418458 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006235275 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038960526 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDL86153 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDL86154 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000008865 | ||
| ENSRNOP00000008865.4 | |||
| ENSRNOP00000092435 | |||
| ENSRNOP00000092435.1 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001099993 ⟸ NM_001106523 |
| - Peptide Label: | precursor |
| - UniProtKB: | D3ZCV2 (UniProtKB/TrEMBL), A6KHF1 (UniProtKB/TrEMBL), A6KHF2 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_006235275 ⟸ XM_006235213 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000008865 ⟸ ENSRNOT00000008865 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038960526 ⟸ XM_039104598 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000092435 ⟸ ENSRNOT00000114658 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-D3ZCV2-F1-model_v2 | AlphaFold | D3ZCV2 | 1-148 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13692513 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R3038 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Cst7_1 | ||||||||
| Description: | cystatin F | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1309154 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-47351 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000006767 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000008865 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000008865.6 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000114658 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000114658.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 3.10.450.10 | UniProtKB/TrEMBL |
| InterPro | Cystatin-F | UniProtKB/TrEMBL |
| Cystatin_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| Prot_inh_cystat | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:296257 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 296257 | ENTREZGENE |
| PANTHER | CYSTATIN-F | UniProtKB/TrEMBL |
| PTHR47141 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | Cystatin | UniProtKB/TrEMBL |
| PharmGKB | CST7 | RGD |
| PhenoGen | Cst7 | PhenoGen |
| RatGTEx | ENSRNOG00000006767 | RatGTEx |
| SMART | SM00043 | UniProtKB/TrEMBL |
| Superfamily-SCOP | SSF54403 | UniProtKB/TrEMBL |
| UniProt | A0A8I6ADY1 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A6KHF1 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| A6KHF2 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| D3ZCV2 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2015-12-23 | Cst7 | cystatin F | Cst7 | cystatin F (leukocystatin) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-04-30 | Cst7 | cystatin F (leukocystatin) | Cst7_predicted | cystatin F (leukocystatin) (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Cst7_predicted | cystatin F (leukocystatin) (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |