Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Dcbld1 | Rat | melanoma | | ISO | DCBLD1 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:22535842 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Dcbld1 | Rat | melanoma | | ISO | DCBLD1 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:22535842 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
| 3. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 4. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| Dcbld1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| DCBLD1 (Homo sapiens - human) |
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| Dcbld1 (Mus musculus - house mouse) |
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| Dcbld1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| DCBLD1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| DCBLD1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Dcbld1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| DCBLD1 (Sus scrofa - pig) |
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| DCBLD1 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Dcbld1 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Dcbld1 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Dcbld1
871 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| D20Rat22 |
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| D20Got32 |
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| AI008992 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
|
respiratory system
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sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 163 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 142 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001432026 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| NM_001432027 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_001058071 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017588069 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017601807 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039099381 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_039099382 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_063279672 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_228172 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | CH474016 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| JAXUCZ010000020 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000000462 ⟹ ENSRNOP00000000462 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000111886 ⟹ ENSRNOP00000094049 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000147515 ⟹ ENSRNOP00000105636 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000169257 ⟹ ENSRNOP00000107288 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | NM_001432026 ⟹ NP_001418955 | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | NM_001432027 ⟹ NP_001418956 | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | XM_039099381 ⟹ XP_038955309 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_039099382 ⟹ XP_038955310 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | XM_063279672 ⟹ XP_063135742 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XM_228172 ⟹ XP_228172 | ||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
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| Sequence: |
| Protein RefSeqs | NP_001418955 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| NP_001418956 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038955309 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_038955310 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_063135742 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_228172 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDL92941 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000000462 | ||
| ENSRNOP00000000462.4 | |||
| ENSRNOP00000094049.1 | |||
| ENSRNOP00000105636.1 | |||
| ENSRNOP00000107288.1 |
| RefSeq Acc Id: | XP_228172 ⟸ XM_228172 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000000462 ⟸ ENSRNOT00000000462 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038955309 ⟸ XM_039099381 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038955310 ⟸ XM_039099382 |
| - Peptide Label: | isoform X4 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000094049 ⟸ ENSRNOT00000111886 |
| RefSeq Acc Id: | XP_063135742 ⟸ XM_063279672 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000107288 ⟸ ENSRNOT00000169257 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000105636 ⟸ ENSRNOT00000147515 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001418956 ⟸ NM_001432027 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001418955 ⟸ NM_001432026 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-D3ZFM7-F1-model_v2 | AlphaFold | D3ZFM7 | 1-504 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13701630 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R12147 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Dcbld1_1 | ||||||||
| Description: | discoidin, CUB and LCCL domain containing 1 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1307211 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-3647 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000000407 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000000462 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000000462.5 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000111886.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000147515.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000169257.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 2.170.130.20 | UniProtKB/TrEMBL |
| 2.60.120.290 | UniProtKB/TrEMBL | |
| InterPro | CUB_dom | UniProtKB/TrEMBL |
| LCCL | UniProtKB/TrEMBL | |
| LCCL_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| Neuropilin_MCO_CoagFactor | UniProtKB/TrEMBL | |
| sperma_CUB_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
| NCBI Gene | 309773 | ENTREZGENE |
| PANTHER | DISCOIDIN, CUB AND LCCL DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 | UniProtKB/TrEMBL |
| F5/8 TYPE C DOMAIN-CONTAINING PROTEIN | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | CUB | UniProtKB/TrEMBL |
| LCCL | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Dcbld1 | PhenoGen |
| PROSITE | CUB | UniProtKB/TrEMBL |
| LCCL | UniProtKB/TrEMBL | |
| RatGTEx | ENSRNOG00000000407 | RatGTEx |
| SMART | CUB | UniProtKB/TrEMBL |
| LCCL | UniProtKB/TrEMBL | |
| Superfamily-SCOP | CUB | UniProtKB/TrEMBL |
| LCCL | UniProtKB/TrEMBL | |
| UniProt | A0A8I6AKT1_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| A0ABK0L6J8_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A0ABK0LXU6_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A6K481 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| D3ZFM7 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2008-04-30 | Dcbld1 | discoidin, CUB and LCCL domain containing 1 | Dcbld1_predicted | discoidin, CUB and LCCL domain containing 1 (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Dcbld1_predicted | discoidin, CUB and LCCL domain containing 1 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |