Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Wdr48 | Rat | cognitive disorder | | ISO | WDR48 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: therapeutic | CTD | PMID:36047109 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - CTDObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Wdr48 | Rat | cognitive disorder | | ISO | WDR48 (Homo sapiens) | 11554173 | CTD Direct Evidence: therapeutic | CTD | PMID:36047109 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| PMID:18082604 | PMID:19075014 | PMID:24001775 | PMID:24145035 | PMID:31253762 |
| Wdr48 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| WDR48 (Homo sapiens - human) |
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| Wdr48 (Mus musculus - house mouse) |
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| Wdr48 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| WDR48 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| WDR48 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Wdr48 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| WDR48 (Sus scrofa - pig) |
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| WDR48 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Wdr48 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Wdr48 (Rattus rattus - black rat) |
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| RH127721 |
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| BE101118 |
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| BE110354 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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respiratory system
|
sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 164 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 143 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001135895 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_017595770 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | CH473954 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| FQ227258 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| JAXUCZ010000008 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000024172 ⟹ ENSRNOP00000024172 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000082356 ⟹ ENSRNOP00000075552 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000114700 ⟹ ENSRNOP00000088537 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000127294 ⟹ ENSRNOP00000110943 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001135895 ⟹ NP_001129367 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_017595770 ⟹ XP_017451259 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||
| Sequence: |
| Protein RefSeqs | NP_001129367 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_017451259 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDL76897 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000024172.6 | ||
| ENSRNOP00000075552 | |||
| ENSRNOP00000075552.2 | |||
| ENSRNOP00000088537 | |||
| ENSRNOP00000088537.2 | |||
| ENSRNOP00000110943.1 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001129367 ⟸ NM_001135895 |
| - UniProtKB: | A6I3Y0 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_017451259 ⟸ XM_017595770 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A0A0G2KAW5 (UniProtKB/TrEMBL), D3Z8C7 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000075552 ⟸ ENSRNOT00000082356 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000024172 ⟸ ENSRNOT00000024172 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000088537 ⟸ ENSRNOT00000114700 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000110943 ⟸ ENSRNOT00000127294 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-A0A0G2KAW5-F1-model_v2 | AlphaFold | A0A0G2KAW5 | 1-691 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13696374 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R6899 | ||||||||
| Type: | multiple initiation site | ||||||||
| Name: | Wdr48_1 | ||||||||
| Description: | WD repeat domain 48 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Alternative Promoters: | null; see alsoEPDNEW_R6900 | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| RGD ID: | 13696376 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R6900 | ||||||||
| Type: | multiple initiation site | ||||||||
| Name: | Wdr48_2 | ||||||||
| Description: | WD repeat domain 48 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Alternative Promoters: | null; see alsoEPDNEW_R6899 | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1309702 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-28777 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000016942 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000024172.9 | UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000082356 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000082356.3 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000114700 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000114700.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000127294.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 2.130.10.10 | UniProtKB/TrEMBL |
| InterPro | DUF3337 | UniProtKB/TrEMBL |
| G-protein_beta_WD-40_rep_reg | UniProtKB/TrEMBL | |
| WD40/YVTN_repeat-like_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
| WD40_repeat | UniProtKB/TrEMBL | |
| WD40_repeat_CS | UniProtKB/TrEMBL | |
| WD40_repeat_dom_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| WDR48 | UniProtKB/TrEMBL | |
| NCBI Gene | 363164 | ENTREZGENE |
| PANTHER | WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN 48 | UniProtKB/TrEMBL |
| WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN 48 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | DUF3337 | UniProtKB/TrEMBL |
| WD40 | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Wdr48 | PhenoGen |
| PRINTS | GPROTEINBRPT | UniProtKB/TrEMBL |
| PROSITE | WD_REPEATS_1 | UniProtKB/TrEMBL |
| WD_REPEATS_2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| WD_REPEATS_REGION | UniProtKB/TrEMBL | |
| RatGTEx | ENSRNOG00000016942 | RatGTEx |
| SMART | WD40 | UniProtKB/TrEMBL |
| Superfamily-SCOP | WD40_like | UniProtKB/TrEMBL |
| UniProt | A0A0G2KAW5 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A0A8I6AA52_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A0ABK0LZE8_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A6I3Y0 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| D3Z8C7 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2008-04-30 | Wdr48 | WD repeat domain 48 | Wdr48_predicted | WD repeat domain 48 (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2006-03-30 | Wdr48_predicted | WD repeat domain 48 (predicted) | RGD1309702_predicted | similar to WD repeat endosomal protein (predicted) | Symbol and Name updated | 1299863 | APPROVED |
| 2005-01-20 | RGD1309702_predicted | similar to WD repeat endosomal protein (predicted) | LOC363164_predicted | Symbol and Name status set to approved | 1331353 | APPROVED | |
| 2005-01-12 | LOC363164_predicted | similar to WD repeat endosomal protein (predicted) | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |