Imported Disease Annotations - ClinVarObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Gopc | Rat | epilepsy | | ISO | GOPC (Homo sapiens) | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Epilepsy | ClinVar | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - ClinVarObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Gopc | Rat | epilepsy | | ISO | GOPC (Homo sapiens) | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Epilepsy | ClinVar | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
| 3. | OMIM Disease Annotation Pipeline | OMIM Disease Annotation Pipeline |
| 4. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 5. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 6. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 7. | Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator-associated ligand protects dopaminergic neurons by differentially regulating metabotropic glutamate receptor 5 in the progression of neurotoxin 6-hydroxydopamine-induced Parkinson's disease model. | Wang Y, etal., Neurotoxicology. 2021 May;84:14-29. doi: 10.1016/j.neuro.2021.02.003. Epub 2021 Feb 8. |
| PMID:11162552 | PMID:11384996 | PMID:11520064 | PMID:11707463 | PMID:12372286 | PMID:12477932 | PMID:15458844 | PMID:16765935 | PMID:18468998 | PMID:19860857 | PMID:21953547 | PMID:34383253 |
| Gopc (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| GOPC (Homo sapiens - human) |
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| Gopc (Mus musculus - house mouse) |
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| Gopc (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| GOPC (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| GOPC (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Gopc (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| GOPC (Sus scrofa - pig) |
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| GOPC (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Gopc (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Gopc (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Gopc
651 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| BE108698 |
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| RH134823 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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respiratory system
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sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 164 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 143 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001107631 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| NM_001393720 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_010060701 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | BC168160 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| CH474016 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| JAXUCZ010000020 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000057476 ⟹ ENSRNOP00000054286 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000083295 ⟹ ENSRNOP00000070262 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000102347 ⟹ ENSRNOP00000079115 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000110578 ⟹ ENSRNOP00000082400 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | NM_001107631 ⟹ NP_001101101 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | NM_001393720 ⟹ NP_001380649 | ||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | XR_010060701 | ||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||
| Position: |
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| Protein RefSeqs | NP_001101101 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| NP_001380649 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAI68160 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDL92940 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000054286 | ||
| ENSRNOP00000054286.4 | |||
| ENSRNOP00000082400 | |||
| ENSRNOP00000082400.1 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001101101 ⟸ NM_001107631 |
| - Peptide Label: | isoform 2 |
| - UniProtKB: | A0A8J8YNI6 (UniProtKB/TrEMBL), A0A8I5ZTW6 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000054286 ⟸ ENSRNOT00000057476 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000079115 ⟸ ENSRNOT00000102347 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000070262 ⟸ ENSRNOT00000083295 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000082400 ⟸ ENSRNOT00000110578 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001380649 ⟸ NM_001393720 |
| - Peptide Label: | isoform 1 |
| - UniProtKB: | A0A8I5ZTW6 (UniProtKB/TrEMBL) |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-B4F775-F1-model_v2 | AlphaFold | B4F775 | 1-308 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13701624 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R12148 | ||||||||
| Type: | multiple initiation site | ||||||||
| Name: | Gopc_1 | ||||||||
| Description: | golgi associated PDZ and coiled-coil motif containing | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1309512 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-3646 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000000408 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000057476 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000057476.5 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000110578 | ENTREZGENE | |
| ENSRNOT00000110578.2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 2.30.42.10 | UniProtKB/TrEMBL |
| InterPro | GOPC | UniProtKB/TrEMBL |
| PDZ/DHR/GLGF | UniProtKB/TrEMBL | |
| PDZ_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:309774 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 309774 | ENTREZGENE |
| PANTHER | GOLGI-ASSOCIATED PDZ AND COILED-COIL MOTIF-CONTAINING PROTEIN | UniProtKB/TrEMBL |
| PTHR16528 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | PDZ | UniProtKB/TrEMBL |
| PhenoGen | Gopc | PhenoGen |
| PROSITE | PDZ | UniProtKB/TrEMBL |
| RatGTEx | ENSRNOG00000000408 | RatGTEx |
| SMART | PDZ | UniProtKB/TrEMBL |
| Superfamily-SCOP | PDZ | UniProtKB/TrEMBL |
| UniProt | A0A8I5ZTW6 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A0A8J8YNI6 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| B4F775_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| UniProt Secondary | F1LSN7 | UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2008-04-30 | Gopc | golgi associated PDZ and coiled-coil motif containing | Gopc_predicted | golgi associated PDZ and coiled-coil motif containing (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Gopc_predicted | golgi associated PDZ and coiled-coil motif containing (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |