Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Mib1 | Rat | Left Ventricular Noncompaction 7 | | ISO | MIB1 (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - OMIMObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Mib1 | Rat | Left Ventricular Noncompaction 7 | | ISO | MIB1 (Homo sapiens) | 7240710 | | OMIM | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Neuronal morphogenesis is regulated by the interplay between cyclin-dependent kinase 5 and the ubiquitin ligase mind bomb 1. | Choe EA, etal., J Neurosci. 2007 Aug 29;27(35):9503-12. |
| 2. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 3. | Mind bomb is a ubiquitin ligase that is essential for efficient activation of Notch signaling by Delta. | Itoh M, etal., Dev Cell 2003 Jan;4(1):67-82. |
| 4. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
| 5. | OMIM Disease Annotation Pipeline | OMIM Disease Annotation Pipeline |
| 6. | PID Annotation Import Pipeline | Pipeline to import Pathway Interaction Database annotations from NCI into RGD |
| 7. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 8. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 9. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 10. | Comprehensive gene review and curation | RGD comprehensive gene curation |
| PMID:16000382 | PMID:21399614 | PMID:22871113 | PMID:23615451 | PMID:25931508 | PMID:34954392 |
| Mib1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| MIB1 (Homo sapiens - human) |
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| Mib1 (Mus musculus - house mouse) |
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| Mib1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| MIB1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| MIB1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Mib1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| MIB1 (Sus scrofa - pig) |
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| MIB1 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Mib1 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Mib1 (Rattus rattus - black rat) |
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Variants in Mib1
1098 total Variants
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| RH36400 |
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| RH132484 |
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| RH143840 |
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| RH139837 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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endocrine system
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endoderm
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exocrine system
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hemolymphoid system
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hepatobiliary system
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integumental system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
|
respiratory system
|
sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16 | 12 | 67 | 165 | 91 | 90 | 59 | 92 | 59 | 6 | 356 | 192 | 11 | 144 | 81 | 92 | 31 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_001107405 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_039096931 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | CH474073 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| JAXUCZ010000018 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000018025 ⟹ ENSRNOP00000018025 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000092027 ⟹ ENSRNOP00000069977 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | NM_001107405 ⟹ NP_001100875 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_039096931 ⟹ XP_038952859 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
| Protein RefSeqs | NP_001100875 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_038952859 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDL86675 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000018025 | ||
| ENSRNOP00000018025.6 |
| RefSeq Acc Id: | NP_001100875 ⟸ NM_001107405 |
| - UniProtKB: | D3ZUV2 (UniProtKB/TrEMBL), A6KNF0 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000069977 ⟸ ENSRNOT00000092027 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000018025 ⟸ ENSRNOT00000018025 |
| RefSeq Acc Id: | XP_038952859 ⟸ XM_039096931 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | D3ZUV2 (UniProtKB/TrEMBL), A6KNF0 (UniProtKB/TrEMBL) |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-D3ZUV2-F1-model_v2 | AlphaFold | D3ZUV2 | 1-1006 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| RGD ID: | 13700634 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R11156 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Mib1_1 | ||||||||
| Description: | mindbomb E3 ubiquitin protein ligase 1 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1307195 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-8408 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000013281 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000018025 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000018025.8 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 1.25.40.20 | UniProtKB/TrEMBL |
| 3.30.40.10 | UniProtKB/TrEMBL | |
| 3.30.60.90 | UniProtKB/TrEMBL | |
| SH3 Domains | UniProtKB/TrEMBL | |
| InterPro | Ankyrin_rpt | UniProtKB/TrEMBL |
| Ankyrin_rpt-contain_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| MIB1/2_ZZ | UniProtKB/TrEMBL | |
| Mib_Herc2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Mib_Herc2_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| SH3_15 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Znf_RING | UniProtKB/TrEMBL | |
| Znf_RING/FYVE/PHD | UniProtKB/TrEMBL | |
| Znf_ZZ | UniProtKB/TrEMBL | |
| Znf_ZZ_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:307594 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 307594 | ENTREZGENE |
| PANTHER | E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE MIB1 | UniProtKB/TrEMBL |
| E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE MIB2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | Ank | UniProtKB/TrEMBL |
| Ank_2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| MIB_HERC2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| PF00569 | UniProtKB/TrEMBL | |
| SH3_15 | UniProtKB/TrEMBL | |
| zf-C3HC4_3 | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Mib1 | PhenoGen |
| PRINTS | ANKYRIN | UniProtKB/TrEMBL |
| PROSITE | ANK_REP_REGION | UniProtKB/TrEMBL |
| ANK_REPEAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| MIB_HERC2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ZF_RING_2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ZF_ZZ_1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ZF_ZZ_2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| RatGTEx | ENSRNOG00000013281 | RatGTEx |
| SMART | ANK | UniProtKB/TrEMBL |
| RING | UniProtKB/TrEMBL | |
| ZnF_ZZ | UniProtKB/TrEMBL | |
| Superfamily-SCOP | ANK | UniProtKB/TrEMBL |
| RING/U-box | UniProtKB/TrEMBL | |
| SSF159034 | UniProtKB/TrEMBL | |
| UniProt | A6KNF0 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| D3ZUV2 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2020-11-12 | Mib1 | MIB E3 ubiquitin protein ligase 1 | Mib1 | mindbomb E3 ubiquitin protein ligase 1 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2012-10-05 | Mib1 | mindbomb E3 ubiquitin protein ligase 1 | Mib1 | mindbomb homolog 1 (Drosophila) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-04-30 | Mib1 | mindbomb homolog 1 (Drosophila) | Mib1_predicted | mindbomb homolog 1 (Drosophila) (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Mib1_predicted | mindbomb homolog 1 (Drosophila) (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |