Gene-Chemical Interaction Annotations
Click to see Annotation Detail View
References
References - curated
Genomics
Clinical Variants
miRNA Target Status
Predicted Target Of
Summary Value | Count of predictions: | 1117 | Count of miRNA genes: | 639 | Interacting mature miRNAs: | 746 | Transcripts: | ENST00000455039, ENST00000603624, ENST00000603893, ENST00000605260 | Prediction methods: | Miranda, Rnahybrid | Result types: | miRGate_prediction | |
The detailed report is available here: | Full Report | CSV | TAB | Printer | ||||
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
Markers in Region
L17971 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
G35510 |
|
Expression
RNA-SEQ Expression
High: > 1000 TPM value
Medium: Between 11 and 1000 TPMLow: Between 0.5 and 10 TPM Below Cutoff: < 0.5 TPM
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | sensory system | adipose tissue | appendage | entire extraembryonic component | |
High | ||||||||||||||||
Medium | 21 | 1 | 4 | 1 | 6 | 14 | 11 | 51 | 9 | 1 | ||||||
Low | 2086 | 1294 | 1539 | 456 | 567 | 304 | 2875 | 783 | 2510 | 392 | 1372 | 1517 | 162 | 741 | 1684 | 1 |
Below cutoff | 325 | 1537 | 179 | 162 | 1113 | 155 | 1440 | 1360 | 1181 | 15 | 25 | 82 | 7 | 462 | 1064 | 3 |
Sequence
Nucleotide Sequences
RefSeq Acc Id: | ENST00000455039 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENST00000603624 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENST00000603893 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENST00000605260 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENST00000655118 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENST00000660718 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NR_038969 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||
Type: | NON-CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||||||||||
Sequence: |
Promoters
RGD ID: | 15096361 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEWNC_H1185 | ||||||||
Type: | initiation region | ||||||||
Name: | PPP1R26-AS1_1 | ||||||||
Description: | PPP1R26 antisense RNA 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:48717] | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEWNC (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing.; Paired-end sequencing. | ||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 15096345 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEWNC_H1186 | ||||||||
Type: | initiation region | ||||||||
Name: | PPP1R26-AS1_2 | ||||||||
Description: | PPP1R26 antisense RNA 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:48717] | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEWNC (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing.; Paired-end sequencing. | ||||||||
Position: |
|
Additional Information
External Database Links
Database | Acc Id | Source(s) |
COSMIC | PPP1R26-AS1 | COSMIC |
Ensembl Genes | ENSG00000225361 | Ensembl, ENTREZGENE |
Ensembl Transcript | ENST00000603624 | ENTREZGENE |
GTEx | ENSG00000225361 | GTEx |
HGNC ID | HGNC:48717 | ENTREZGENE |
Human Proteome Map | PPP1R26-AS1 | Human Proteome Map |
NCBI Gene | PPP1R26-AS1 | ENTREZGENE |
RNAcentral | URS000075C8DA | RNACentral |