Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly RGSC_v3.4
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 862,973 (bp)   Positions: 293
Conservation 
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Rnor 5.0  
GH/OmrMcwi (MCW) 
.002
.001
.003
.004
.002
.0
.05
.673
.01
.05
.056
.009
.004
.02
--
--
.011
.002
.001
.026
.009
.032
.001
.421
--
--
.297
--
--
.493
.203
.275
.228
.444
.41
.018
.028
.005
--
--
--
--
--
--
--
.057
.014
.051
--
--
--
--
--
.003
.021
.003
.001
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.031
.016
.017
.242
.027
.048
.036
.118
.347
.019
.356
.003
.002
.019
.09
.003
.005
.333
.315
.01
.057
.036
.061
.013
.005
--
.002
.001
.081
.0
.0
.001
.169
.001
.117
.008
.001
.022
--
.162
.174
.19
.001
1.0
.0
.0
.034
.005
.008
.006
.026
.04
.018
.084
.001
.267
.304
.539
.041
.0
.122
.0
.007
.012
.0
.183
.685
.0
.001
.512
.003
.081
.139
.322
.064
.407
--
.013
.061
--
.011
--
--
--
.058
--
.044
.014
.01
.043
.048
.002
.002
.12
.001
.045
.023
.045
.005
.09
.004
.005
.002
.004
.001
.002
.015
.012
.001
.0
.121
.0
.0
.112
.391
.484
.226
.001
.106
.795
.209
.339
.072
.105
.024
.059
.002
.0
.025
.071
.085
.093
.041
--
.015
.009
.027
.155
.032
.071
--
.001
.002
--
--
--
.045
.408
.004
--
.379
--
.029
.302
--
.004
.002
--
--
--
--
--
--
.113
.112
.018
.029
.241
.02
.268
.267
.006
--
--
--
.004
.003
.004
.006
.002
.007
.015
.012
.004
.053
.01
--
--
.034
.0
.178
.141
--
.155
.035
.002
.044
.014
.041
.771
.449
.032
.018
.006
.004
.014
.069
--
.182
.14
.067
.058
--
.058
--
.001
.004
.01
.007
.026
.001
.0
.008
.213
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
Nell1
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
G
A
3
2
C
T
G
12
C
C
2
6
2
G
C
G
A
G
C
T
A
C
C
T
G
2
2
G
C
A
G
G
G
G
T
2
2
A
A
C
C
C
C
3
2
G
2
C
A
C
C
T
C
C
C
2
G
2
C
C
C
C
G
G
G
A
A
A
G
T
G
2
G
G
G
G
A
T
T
A
G
T
C
G
T
C
C
A
A
A
C
A
C
T
C
T
G
G
A
C
T
G
G
C
T
G
T
C
G
T
T
A
A
T
T
A
C
T
G
A
A
C
C
C
8
C
T
G
C
G
T
T
G
C
G
G
G
G
A
A
4
A
A
G
A
T
10
T
C
G
A
A
A
G
T
C
T
C
T
A
C
A
A
C
G
C
A
A
T
T
C
C
A
C
C
A
G
T
T
T
T
A
T
C
C
3
C
C
G
A
12
G
A
G
A
G
G
2
T
G
A
C
G
2
2
3
4
C
T
4
2
G
2
G
T
C
G
T
G
T
A
T
3
G
G
2
G
T
2
T
G
T
2
T
A
2
2
C
A
2
4
T
T
C
2
2
T
C
G
T
G
C
G
2
2
T
G
G
C
3
T
G
2
G
G
A
A
C
A
2
G
2
A
A
A
2
C
2
T
C
A
T
A
C
A
G
C
C
A
G
G
G
4
  106,398,315
  106,398,484
  106,398,647
  106,398,896
  106,398,990
  106,399,021
  106,399,606
  106,399,715
  106,399,756
  106,399,821
  106,399,824
  106,399,834
  106,399,840
  106,399,897
  106,400,059
  106,400,061
  106,400,573
  106,400,903
  106,401,299
  106,401,434
  106,401,818
  106,402,189
  106,402,403
  106,403,372
  106,409,594
  106,409,819
  106,418,975
  106,434,575
  106,435,864
  106,450,423
  106,450,478
  106,450,518
  106,450,538
  106,450,580
  106,450,689
  106,456,849
  106,466,186
  106,474,031
  106,479,842
  106,479,862
  106,479,866
  106,479,868
  106,479,873
  106,479,883
  106,486,717
  106,490,051
  106,490,388
  106,517,483
  106,532,410
  106,532,457
  106,532,470
  106,532,476
  106,532,488
  106,539,370
  106,546,821
  106,548,291
  106,552,931
  106,553,922
  106,553,964
  106,553,975
  106,553,981
  106,553,989
  106,554,011
  106,554,275
  106,554,277
  106,564,158
  106,564,167
  106,566,861
  106,566,871
  106,595,045
  106,596,153
  106,596,923
  106,597,192
  106,598,104
  106,598,273
  106,598,283
  106,598,616
  106,598,832
  106,599,860
  106,600,208
  106,605,092
  106,605,095
  106,605,174
  106,605,421
  106,605,520
  106,605,537
  106,605,676
  106,605,679
  106,606,508
  106,606,573
  106,607,015
  106,607,609
  106,607,652
  106,607,814
  106,614,118
  106,628,331
  106,628,334
  106,629,898
  106,632,360
  106,632,368
  106,632,694
  106,632,870
  106,632,894
  106,633,125
  106,633,369
  106,633,373
  106,633,685
  106,633,757
  106,634,098
  106,634,103
  106,634,116
  106,635,290
  106,635,642
  106,635,956
  106,636,153
  106,636,421
  106,636,456
  106,636,582
  106,636,602
  106,636,627
  106,636,912
  106,637,179
  106,637,427
  106,637,608
  106,637,679
  106,637,804
  106,637,817
  106,638,065
  106,639,199
  106,639,370
  106,639,432
  106,639,564
  106,639,696
  106,639,788
  106,640,578
  106,640,682
  106,640,959
  106,641,111
  106,641,442
  106,641,701
  106,641,759
  106,641,762
  106,641,766
  106,641,987
  106,643,054
  106,643,607
  106,644,202
  106,644,230
  106,646,490
  106,647,153
  106,648,967
  106,648,968
  106,649,036
  106,649,493
  106,650,180
  106,651,607
  106,651,618
  106,651,959
  106,651,995
  106,652,155
  106,652,550
  106,652,775
  106,652,824
  106,653,167
  106,653,721
  106,654,048
  106,654,109
  106,654,862
  106,654,940
  106,655,200
  106,655,260
  106,655,599
  106,656,539
  106,656,600
  106,656,601
  106,656,604
  106,656,806
  106,657,351
  106,657,389
  106,657,583
  106,658,269
  106,658,816
  106,659,405
  106,659,418
  106,659,427
  106,659,447
  106,659,652
  106,661,205
  106,661,273
  106,661,456
  106,661,851
  106,661,903
  106,661,944
  106,662,019
  106,662,164
  106,662,352
  106,662,450
  106,666,047
  106,684,496
  106,685,379
  106,685,380
  106,688,877
  106,693,401
  106,694,328
  106,711,021
  106,711,025
  106,719,420
  106,734,900
  106,734,966
  106,739,951
  106,754,692
  106,765,071
  106,766,216
  106,766,222
  106,766,599
  106,775,168
  106,777,363
  106,778,657
  106,797,368
  106,798,973
  106,810,274
  106,817,721
  106,831,582
  106,842,427
  106,846,446
  106,846,449
  106,854,541
  106,854,546
  106,854,625
  106,854,633
  106,854,891
  106,854,893
  106,870,906
  106,870,907
  106,871,128
  106,871,129
  106,895,466
  106,900,723
  106,913,816
  106,913,817
  106,917,339
  106,919,767
  106,919,773
  106,919,790
  106,935,492
  106,956,708
  107,007,755
  107,007,764
  107,007,771
  107,007,782
  107,007,797
  107,007,800
  107,007,821
  107,042,975
  107,049,892
  107,055,337
  107,055,486
  107,068,253
  107,071,125
  107,088,232
  107,088,234
  107,093,211
  107,104,740
  107,107,565
  107,107,580
  107,109,258
  107,109,268
  107,110,182
  107,110,776
  107,116,197
  107,132,636
  107,134,894
  107,148,950
  107,150,907
  107,150,908
  107,155,432
  107,176,884
  107,185,596
  107,193,404
  107,193,416
  107,193,421
  107,193,435
  107,202,116
  107,202,666
  107,208,013
  107,209,789
  107,209,877
  107,212,988
  107,233,895
  107,233,936
  107,233,940
  107,248,511
  107,250,305
A
G
-
-
T
G
A
-
C/G
C/5
2/-
6/-
2/-
C
C/G
G/3
G
24
T
TG/G
G
T
T
4
2
2/-
2/-
-
C/T
A/G
G/C
G/T
G/T
G/T
T/C
2/-
2/-
2
2
A
A
A
T
-
-
2
2/-
2
G
T
-
A
-
2
C/2
2/-
G/-
2/-
-
C/G
C/T
C/T
G/A
2
T
-
A/G
-
GA/-
A
A
-
A
T
2
A
A/-
C
A
G
C
C
T
A
C
T
A
C
T
G
T
T
T
C
C/A
T/C
G/T
26
G
T
5
A
A
C/G
C
A
C
5/3
-
-
-
T
G
C
C
2
2
C
A
2
G
T
T
T
8/-
T
C
T
T
A
G
C
A
T
A
C
T
A
G
-
-
A/G
A/G
3
G
-
-
C
-
-
2
A/10
-
A
C
C/T
C
T
C
G
T
T
G
T
A
T
G
2
A
A
T
T
G
G
T
G
2
C
C
C
2
-
C
C/T
C/T
3/-
T
T
A
G
-
T
G
-
2
A
A
2/-
T/G
C
T
G
5
2/-
-
-
-
2
-
4/-
2/-
G/T
-
2
2
C/-
2
T/-
2
C
A/T
T/-
-
-
G/3
-
G/T
T/C
-
T/C
G/A
T/G
2/-
T/-
A/3
2/-
2/-
T
A/3
2/-
4/-
T/C
T/G
C/A
2/-
2/-
2
A
-
C
T
-
C
2/-
2/-
T/C
G/T
2
C/3
3/-
T/-
20
2/-
-
-
2
2
2
2
2/-
-
2/-
5
8
3
-
C/T
2/-
A
T
A/C
-
2
8
2
G/3
C/-
C/G
2
T
C
2
-