Strain Report - Rat Genome Database

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Strain: SS-Mylipem1Mcwi

Symbol: SS-Mylipem1Mcwi
Strain: SS-Mylipem1
Substrain: Mcwi
RGD ID: 6484578
Citation ID: RRID:RGD_6484578
Ontology ID: RS:0003272
Alleles: Mylipem1Mcwi
Also Known As: SS-Mylipem1Mcwi; SS-Mylip^[em1Mcwi]
Type: mutant
Available Source: Not Available
Origination: PhysGen Knockouts
Description: This strain was produced by injecting ZFNs targeting the sequence CTGATGGGCAGCACCATGgaccccCCGGGGGGTGCA into SS/JrHsdMcwi rat embryos. The resulting mutation is a 47-bp frameshift deletion in exon 1.
Last Known Status: Cryopreserved Sperm (as of 2017-01-26)
Position
Rat AssemblyChrPosition (strand)SourceJBrowse
mRatBN7.21719,286,649 - 19,308,295RGD_MAPPER_PIPELINEmRatBN7.2
Rnor_6.01719,682,040 - 19,703,681RGD_MAPPER_PIPELINERnor6.0
Rnor_5.01721,703,590 - 21,725,205RGD_MAPPER_PIPELINERnor5.0
RGSC_v3.41725,308,147 - 25,329,887RGD_MAPPER_PIPELINERGSC3.4






References

References - curated
# Reference Title Reference Citation
1. Knockout rats via embryo microinjection of zinc-finger nucleases. Geurts AM, etal., Science. 2009 Jul 24;325(5939):433.
2. PhysGen Knockouts PhysGen Knockout strains
3. RGD Strain RSO annotation pipeline RGD Automated Pipelines

Region

Allelic Variants
Name Chromosome Start Pos End Pos Reference Nucleotide Variant Nucleotide Variant Type Assembly
Mylipem1Mcwi-var1 chr17 19682040 19703681 CCAGTTTGCTTTAAAGTCTTTATTATCCTGAATATAAAAGACAGAAGTCCTCTAGGATATAACAGAGTTGATTTTTTTTTAAATGTGGAAACATTATTTTTTTTTACAAGTGAAAAAATAAATACCTCTTGGAATAAAGGCTTATATGCTAATATGTGCCATAAAAAAGTAGAGTTTTAATATCTGACAAAATGTCTGTGCAAAGAAACAAATGCATAAACACATTACTGCTACATTAAGGCAATATGAAACGTAGACTCAGAGCTCAGTAAAGTGACAGTGTAGGTTTCTAGCTTTAATGTAGCTAGTATTGCACCCGATGAGGTCAGCTAGGCTTCCGGACACCCTAGAAAACCCCCTAGCTCACTAGCTTCCAAAATGCCCAAGTGGGGGTGAAATTATGACGAAGAATATAGAAACATAATGAAGTGGCCCCACCTCTGGAAGATGCCGAGGAGGCAGTACAATGAATACGGAAGCACTGACCTAAGAAAACACCAACAAAGGGAATTAAGACAGACACAAAGAGGAGATACAACCTAGAAACCTATAAGGCTGTAGAAAGTTTGATCTTCAAGCACGGCGACACCCATGGGTGCTGCTGGAGTGAGTGCTTGGGGGAAGTGAAAACTCACTCTGGCTCTCTGGCTCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCCCCCCCCCTTCCCTTCCAAGGAAGCCTCTCTGCCACTCTCCCTTTCCGATCTGCAAATAGTCCACTAGCTCCAAAGCCCAGGGAGTGCTTGACCATGCCATGTATGTAACCAAACTGGTAGCATTTTTATCAGTGAAAGGCATGGGATGTGGAGTGAGGGAAACAGGGGAGCTAGGAGCGAAGTCACCCACGGTGGGTTACCTGTTGACTCTCAGCCAGACTGGTTCCAATCTGACCACGTTGCTCTCAACCCTTGAGAAGTCACGGGATTGCTTTCCAAACTACCAGCTTTCCAGTTGTTCTTGAATGAGTTATAAAGACAGAAATGACTTTCTAATGAGGACTATTTCTTTAAGACAAAAAAAAAAAAATCCTATTAAAAATGTTCAGCGCTCCATGACCATACAAAAAGAACCAAGGAAATCCTTAAAACTCTTACAAAATCTGCTGCCTCGGGACAAGTGAAGGAGACATATGACATCATTTCCTTAAAGGTGCCCACGGTTGGGCCATGTTGCCACTTGACTGACAGAGACAATTTTATCTACTCCTTTACTTGATCATTAAAAAAACCCCAAAGCCCAAGGAATGTGTCCATGTTCCAGATCTCTTCCTGGTTGCCATGGGAACTGTTGCTTCTCCTCACAGAAGAGGTGTGGTCGCATTCTTTCCTTTCCTCCTCGTTTCTGGAAACGTCTCATGGCAAATGGGTGTTGAGAGTGAACTATTTCTTCACAGAGTTACTCTTCTTCTAGTTTACAATACTGCAGCTTGTGGGGACATGGCATGCCCAGTAAGCACAGGACGCATTAGATGACAGTCAGATTGAGAAGACTGGTGTGGGTGGGCAGGTAGACGTGCTGGACATGTTCCACACGTGATCTGCAGACGGGACATGACTGCAAAAGAAGCCACCTCTGGTTAGGACATTTGCGGGACCTGGGAGTTCTGTCTTGGTGCCTCACCAGCAGTTTTCTAGATAAGATCCATTGTGATCCAGTTCTAAGCTTTTAGGTGCTCTGGAACAGGCTTGAATATTTACACTTTACAAGGATTAACAGTGAGTGTTAGGAAAAGATACCCACTGAAGAAAATTGCATTTTCTGTCTAACTCTGCATGCCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCATACACACCTCACTCAGAGACCAGTGGTCATCTACATGCCTGTTCTCAGACACCTCAAACTCTTTTGGAGACAGGTCTCTCACATGGAGAATACTGATTAAGCTAGTCTGGCTGGTATGTGAGGCCTGGGGTTCCTCTCTCTGCCTGCCTAGGGCGAGGATTAAGAATTCCTGCAACTGTTCCAACCCCTGAACCCCTCCCACACAGCTTTTGACAGGTTCTAGGGACTGAATTCAGGTCCCTGTGCCCTGCAACACAGAGCAGGAAGTTTATTGGTCCAGCCATCTTCCCAACCCTTCTGTTAGCTTCAGCCTTCCTTCTTTCCAGGCGGAGCCATGCATACAGGAGGAGGTCACTGCACCTCTGGCCACCATGTTGGAGATAATGTCTGTAGGCAGACCTTGGGTCAGCTATCTTGGGGTCAGTATAAGTGGGTAGATGCCCTTGTGGCCAGGGGCAACAAGCCTCTAGTGTTTTTTTGGCTAGCACACACCCTTCATTGGCTATTAGGGAAACAGGCAACAGGGTCAGAATCCGTGGGGAGGAAAAGATGAGCCCAGGACTCTGGAGGGGAACCCCTCGTGGCATCAGCAGAGGCTGTGTTCCGAGAAGGTGCAGGTGTCTTGAGCTCACTGTACAATCCTAACACTAGCTACGTAATTGTAGCTTGTGAGGAGTAGGTGACATGCAAGGCTGGGTTTACATACACCCAGGTGATATTTAGCAGACATTTCTGAGAGGTGAAACCAAATAAAAGCTTACTGTATGAGAAATGTAAGGAGAAATGCTATATGTGAGTTGTTTTTATTTTTCGTATGAAAATTAGTTTGACTTGCTAGCAAGTAACAGCCAATAGAAGAGACCTCAAAAGAGTATCAACAGTAATAAAAGGAAATTAAGGGGCTGGTGAGATTGCTCAGTGGGTAAGGACGCTTGCCACCAAGCCTGACAACCCAAGTTTGATTCCCAGCACCACATGATGAAAGGAAAGAGTTGACTCCTGCAAATTGTCCTCTGACCTTCCACATGTGTACTATAGTGCATGTACTCCACCCACCACACTCACACACACAACACAGCACACATACATCACTCACATACACACTCACACACACAAACACTCACTCTCACACACACACACTCCCACTCAGTCTCACACACACGTATACACACATACACACTCACACACACTCTCTCACACACACACACACACTCTCACACACACTCATACACACACACTCACACACACATACTCACACACACTCATACACACTCACACACACAAACACTCTCACACACACTCACACACATACAAACACTCTCTCACACACACACACTCACACACAAACACTCACTCTCAAACACTCACTCTCACACTCACACAGTCTCACACACACATTCACATTCTCTCACACACACACTCATACACACACTCACTTTCACACACACATACACACACTCACACACACATACGCACACACTCACACACTCACACACATATACACACACACTCACACACACTCACACACACACTCACACACACGCTCACACACACTCACACACACACTCACACATACACACCCATAAATGCAAACATAGAGAAAAAGATAAATTAATGACAAATATGGTAAATAAGTCACCATTAACAATAATATAAAAATTTATGCATTCTTTAGCTTGAATTTTGGGCAAAAATACAGATATTCCTAGTAAGAGGTACCAGAAATCAGGAGGCAACAGAAAACGGAAGAATCAAGCTGAGATTCTAATTCTTGGTTTATGTTCAAGATATATTACCTTATCGGTCTGGACCTCATATCCAAAACTAAATGGTGACAAGAGTTGCTGATCCACTTTCCTAAAGGGTGCAGTGATGTCAGTCACAGAGCGCACAGACCTCTCCAAGTGGAGATGGGTGCTTTGTGCTCTGGGTATCACACACTTATAGACCCTGAACGGACAGGAGGGTAAGTGAATCCTTACCTGCAGCTGGGCTGCACAGCTCTCACAGCACACAGTATGGCCACAGGGGCAAAAGGTAGAGTTGATCTCCTCCTCGCAGCACACCATGCACAGCATGGCTTCCTTCAGTTTGCGCAGCTTCTCCTGCAGCACTCTGGTCTGCTGGCAGCTGAGGCCCTCGCAGCTGCTGCAGCTCATGCTGCTGTCAGAGGACTTCAGAGGCGAGCTGGGAGGGCTCTGGTCATTTCGAGAGACAAGGTCCACAACACCGGCGTTGTACAGAGCCCTCCTGGCATGGTCATATACCTCTTTGGATGTTCTTTTAATATCAAAGACATATTTCTTGCCAAGATTAATGTTCTCATTCAGAAACAGAGACGCCAAGTGGCCCTTCAAGTCACGACTGTACTGCATCATGACGGCACTGGTGACTGTGTCACACCTAAATGTGGGACAGAGTGAACATCTGACTTAGTATTGAAAAGCCTAGGAGGCCTAATAATTCAGACTATCAGAGGCTGCTATCAATACAAACAGCCCAGCAACAGATATTTAGTACTCTATCTTGTCTCTCTCTTATCTATATCCTCCATCTATCAATCTATCTTCTACCTCTTATCTGCTATAATCCATCTATCCGTCATCTGTCTGTCCCTCTGCCATCCATCTGTCTCCCCACTCATTTGCTTTTTGAGATAATATACCCCAGGCTGGCCTGAAACTTATGGTCCTTCTGCTTGTCGGGATTACAGTTCTATGCCACCATGCCTGGCTTAAAAGACATTCAATATTACTGCTGCTCTTTTCTTGAGACAAGATCTCACTATGTAGGTCCTGAAACTCACCATGAAGAACACCATGGCTTTTAACTCACAGAGACCCACCTGCCTCTGTCTCTGGAGTGCAGTGATTAAAGACATATGCCGCCAAACCCAGCTTTTTTTTTTTTTTCCCACTTGAGATAAGGTCTCACGTGACACAGGCTGTTCTTGAACTATGCTGCCAAGGATGTCTTGGAACTTCGAGATCCTCCTCGTTCTACAACCCCTAGTGCTGCTGGGATTATAGACACGTATGTGTACTGTGCTCAGCTCATGTGGGCTTCATGCACGTTAGGCAAGCATTCCATGGACGGAGCCAGTTACTATTCTTTTGTGCATGTCTGAGGGTA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