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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Spinocerebellar Ataxias | | ISO | RGD:1626546 | 11554173 | CTD Direct Evidence: therapeutic | CTD | PMID:17322884 | |
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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Spinocerebellar Ataxias | | ISO | RGD:1626546 | 11554173 | CTD Direct Evidence: therapeutic | CTD | PMID:17322884 | |
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1. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
2. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
PMID:12477932 | PMID:15632090 | PMID:20628574 | PMID:22014525 | PMID:23555280 | PMID:28288114 |
Atxn1l (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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ATXN1L (Homo sapiens - human) |
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Atxn1l (Mus musculus - house mouse) |
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Atxn1l (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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ATXN1L (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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ATXN1L (Canis lupus familiaris - dog) |
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Atxn1l (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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ATXN1L (Sus scrofa - pig) |
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ATXN1L (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Atxn1l (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 26 | 35 | 19 | 18 | 19 | 1 | 1 | 72 | 35 | 39 | 11 | 1 | |
Low | 3 | 16 | 22 | 22 | 1 | 22 | 7 | 10 | 2 | 2 | 7 | ||
Below cutoff | 1 |
RefSeq Transcripts | NM_001401111 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_001077096 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006222716 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006222717 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006255606 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006255607 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_008772563 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_008772564 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_008772565 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_008774232 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_008774233 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_008774234 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_226598 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | AC123500 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
BC098774 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
CH473972 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
FQ231124 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
JACYVU010000313 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000059225 ⟹ ENSRNOP00000055994 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
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RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000097735 ⟹ ENSRNOP00000084033 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | XM_008772563 ⟹ XP_008770785 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_008772564 ⟹ XP_008770786 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
Protein RefSeqs | NP_001388040 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
XP_008770785 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_008770786 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | EDL92512 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | XP_008770786 ⟸ XM_008772564 |
- UniProtKB: | D3ZBC4 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_008770785 ⟸ XM_008772563 |
- UniProtKB: | D3ZBC4 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000055994 ⟸ ENSRNOT00000059225 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000084033 ⟸ ENSRNOT00000097735 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-D3ZBC4-F1-model_v2 | AlphaFold | D3ZBC4 | 1-679 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
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Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:9319286 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-5715 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000038766 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000055994 | UniProtKB/TrEMBL |
ENSRNOP00000084033 | ENTREZGENE | |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000059225 | UniProtKB/TrEMBL |
ENSRNOT00000097735 | ENTREZGENE | |
InterPro | Ataxin-1_N | UniProtKB/TrEMBL |
ATAXIN1-like | UniProtKB/TrEMBL | |
Ataxin_AXH_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
Ataxin_AXH_dom_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
KEGG Report | rno:103694328 | UniProtKB/TrEMBL |
NCBI Gene | LOC103694328 | ENTREZGENE |
PANTHER | PTHR13392 | UniProtKB/TrEMBL |
Pfam | ATXN-1_C | UniProtKB/TrEMBL |
AXH | UniProtKB/TrEMBL | |
PhenoGen | Atxn1l | PhenoGen |
PROSITE | AXH | UniProtKB/TrEMBL |
SMART | AXH | UniProtKB/TrEMBL |
Superfamily-SCOP | SSF102031 | UniProtKB/TrEMBL |
UniProt | D3ZBC4 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2022-03-10 | Atxn1l | ataxin 1-like | LOC103694328 | alanine and glycine-rich protein-like | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2022-03-10 | LOC103694328 | alanine and glycine-rich protein-like | Atxn1l | ataxin 1-like | Data Merged | 737654 | PROVISIONAL |
2014-08-25 | LOC103694328 | alanine and glycine-rich protein-like | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL | ||
2010-05-07 | Atxn1l | ataxin 1-like | RGD1561758 | similar to Ataxin-1 (Spinocerebellar ataxia type 1 protein homolog) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2008-04-30 | RGD1561758 | similar to Ataxin-1 (Spinocerebellar ataxia type 1 protein homolog) | RGD1561758_predicted | similar to Ataxin-1 (Spinocerebellar ataxia type 1 protein homolog) (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
2006-03-07 | RGD1561758_predicted | similar to Ataxin-1 (Spinocerebellar ataxia type 1 protein homolog) (predicted) | LOC307970 | similar to Ataxin-1 (Spinocerebellar ataxia type 1 protein homolog) | Symbol and Name status set to approved | 1299863 | APPROVED |
2006-02-09 | LOC307970 | similar to Ataxin-1 (Spinocerebellar ataxia type 1 protein homolog) | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |