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 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - ClinVar | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| prostate cancer | ISO | RGD:1353483 | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Prostate cancer | ClinVar | PMID:23265383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsMolecular Pathway AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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Molecular Pathway AnnotationsReferences - curated| 1. | Cheng MC, etal., Int J Neuropsychopharmacol. 2007 Sep 17;:1-10. |
| 2. | Chubb D, etal., Nat Genet. 2013 Oct;45(10):1221-5. doi: 10.1038/ng.2733. Epub 2013 Aug 18. |
| 3. | Crea F, etal., Epigenomics. 2015 Aug;7(5):757-65. doi: 10.2217/epi.15.35. Epub 2015 Sep 7. |
| 4. | Federico A, etal., Cancer Res. 2009 Sep 1;69(17):7079-87. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-09-1542. Epub 2009 Aug 25. |
| 5. | Forzati F, etal., J Clin Invest. 2012 Feb 1;122(2):612-23. doi: 10.1172/JCI58620. Epub 2012 Jan 3. |
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| 7. | Gil J, etal., Nat Cell Biol 2004 Jan;6(1):67-72. Epub 2003 Nov 30. |
| 8. | Guan ZP, etal., Zhonghua Yu Fang Yi Xue Za Zhi. 2011 Jul;45(7):597-600. |
| 9. | Hinz S, etal., Tumour Biol. 2008;29(5):323-9. doi: 10.1159/000170879. Epub 2008 Nov 5. |
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| 12. | Klauke K, etal., Stem Cell Reports. 2015 Jan 13;4(1):74-89. doi: 10.1016/j.stemcr.2014.10.012. Epub 2014 Nov 26. |
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| 16. | MGD data from the GO Consortium |
| 17. | Monaco M, etal., Eur Thyroid J. 2014 Dec;3(4):211-6. doi: 10.1159/000367989. Epub 2014 Oct 15. |
| 18. | Pallante P, etal., Cancer Res. 2008 Aug 15;68(16):6770-8. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-08-0695. |
| 19. | RGD automated data pipeline |
| 20. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 21. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 22. | RGD comprehensive gene curation |
| 23. | Scott CL, etal., Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Mar 27;104(13):5389-94. Epub 2007 Mar 20. |
| 24. | Shinjo K, etal., Int J Cancer. 2014 Jul 15;135(2):308-18. doi: 10.1002/ijc.28692. Epub 2014 Jan 10. |
| 25. | Simon JA and Kingston RE, Mol Cell. 2013 Mar 7;49(5):808-24. doi: 10.1016/j.molcel.2013.02.013. |
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| 27. | Zhang XW, etal., J Exp Clin Cancer Res. 2010 Aug 19;29:114. doi: 10.1186/1756-9966-29-114. |
References - uncuratedComparative Map Data| Cbx7 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| CBX7 (Homo sapiens - human) |
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| Cbx7 (Mus musculus - house mouse) |
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| Cbx7 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| CBX7 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| CBX7 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Cbx7 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| CBX7 (Sus scrofa - pig) |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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RNA-SEQ Expression| testis | heart | brain | ovary | uterus | skeletal muscle tissue | colon | gastrocnemius | forebrain | hindbrain | lung | spleen | liver | kidney | adrenal gland | thymus | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| High | ||||||||||||||||
| Medium | 8 | 4 | 9 | 1 | 3 | 2 | 3 | 4 | 4 | 10 | 11 | 18 | 4 | 3 | ||
| Low | 14 | 39 | 14 | 14 | 1 | 1 | 8 | 22 | 21 | 1 | 41 | 17 | 4 | 5 | ||
| Below cutoff |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_199117 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_006242020 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006242021 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006242022 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006242025 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_355830 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AAHX01051768 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AAHX01051769 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AC128476 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AC134056 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC062392 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473950 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | NM_199117 ⟹ NP_954548 | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
GCGCTGGGGAAAACGTTGCGCAGGTTCAAAAATGGAACGTCGGCGGCGTGAGGGAGCACTAGAAhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006242020 ⟹ XP_006242082 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
GCAGGCGGGGTTAAGGAGAGGGGCGTGGCTCCGGCAGCGAGGGGGCGGAGCTGACCCTCTGGGChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006242021 ⟹ XP_006242083 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
AGCAGGCGGGGTTAAGGAGAGGGGCGTGGCTCCGGCAGCGAGGGGGCGGAGCTGACCCTCTGGGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006242022 ⟹ XP_006242084 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
GCCCAATTTGGCCAGCAGGCGGGGTTAAGGAGAGGGGCGTGGCTCCGGCAGCGAGGGGGCGGAGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006242025 ⟹ XP_006242087 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
GGGCGGAGCTGACCCTCTGGGCGCTCTCAGAAGCACGCGCGCGCGCGCGCGCACCCGCTCTCTGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XR_355830 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
GCAGGCGGGGTTAAGGAGAGGGGCGTGGCTCCGGCAGCGAGGGGGCGGAGCTGACCCTCTGGGChide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_954548 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_006242082 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006242083 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006242084 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006242087 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAH62392 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDM15771 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM15772 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| P60889 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_954548 ⟸ NM_199117 |
| - UniProtKB: | P60889 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MELSAIGEQVFAVESIRKKRVRKGKVEYLVKWKGWPPKYSTWEPEEHILDPRLVMAYEEKEEKDhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006242082 ⟸ XM_006242020 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - Sequence: |
MELSAIGEQVFAVESIRKKRVRKGKVEYLVKWKGWPPKYSTWEPEEHILDPRLVMAYEEKEEKDhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006242087 ⟸ XM_006242025 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| - UniProtKB: | P60889 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MELSAIGEQVFAVESIRKKRVRKGKVEYLVKWKGWPPKYSTWEPEEHILDPRLVMAYEEKEEKDhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006242083 ⟸ XM_006242021 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - Sequence: |
MELSAIGEQVFAVESIRKKRVRKGKVEYLVKWKGWPPKYSTWEPEEHILDPRLVMAYEEKEEKDhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006242084 ⟸ XM_006242022 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - Sequence: |
MELSAIGEQVFAVESIRKKRVRKGKVEYLVKWKGWPPKYSTWEPEEHILDPRLVMAYEEKEEKDhide sequence |
TranscriptomePromoters| RGD ID: | 13695491 | |||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R6016 | |||||||||
| Type: | single initiation site | |||||||||
| Name: | Cbx7_1 | |||||||||
| Description: | chromobox 7 | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
| Position: |
|
Strain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:735027 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000016875 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000022631 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| ENSRNOP00000074584 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000022631 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| ENSRNOT00000077731 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot | |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:5621139 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | CBX7 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| CBX7_C | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Chromo-like_dom_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Chromo/chromo_shadow_dom | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Chromo_dom_subgr | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Chromo_domain | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Chromodomain_CS | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:362962 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| MGC_CLONE | MGC:72633 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 362962 | ENTREZGENE |
| PANTHER | PTHR47277 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Pfam | CBX7_C | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Chromo | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PhenoGen | Cbx7 | PhenoGen |
| PRINTS | CHROMODOMAIN | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PROSITE | CHROMO_1 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| CHROMO_2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| SMART | CHROMO | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Superfamily-SCOP | SSF54160 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| UniGene | Rn.12512 | ENTREZGENE |
| UniProt | CBX7_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2015-12-02 | Cbx7 | chromobox 7 | Cbx7 | chromobox homolog 7 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2004-09-10 | Cbx7 | chromobox homolog 7 | chromobox 7 | Name updated | 1299863 | APPROVED |
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| More on Cbx7 | |
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Alliance Gene |
|
NCBI Gene |
|
Ensembl Gene |
|
|
JBrowse: rn5 rn6 |
|
NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 735027 |
| Created: | 2004-02-05 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2019-11-27 |
| Status: | ACTIVE |
 |
 |
 |
 |
RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
