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Gene Annotator (Functional Annotation) |
Gene Annotator (Annotation Distribution) |
Variant Visualizer (Genomic Variants) |
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 Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailble Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailable |
InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
GViewer (Genome Viewer) |
Variant Visualizer (Damaging Variants) |
 Gene Annotator (Annotation Comparison) unavailable |
 OLGA (Gene List Generator) unavailable |
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Gene Annotator (Annotation Comparison) |
OLGA (Gene List Generator) |
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 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - CTD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| substance-related disorder | ISO | RGD:737220 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:20098672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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References - curated| 1. | Bulvik B, etal., Mech Ageing Dev. 2009 Mar;130(3):139-44. Epub 2008 Oct 17. |
| 2. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 3. | GOA data from the GO Consortium |
| 4. | Haenold R, etal., Free Radic Res. 2007 Nov;41(11):1233-45. |
| 5. | MGD Curation, June 12, 2002 |
| 6. | MGD data from the GO Consortium |
| 7. | NCBI rat LocusLink and RefSeq merged data July 26, 2002 |
| 8. | Petropoulos I, etal., Biochem J 2001 May 1;355(Pt 3):819-25. |
| 9. | RGD automated data pipeline |
| 10. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 11. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
References - uncurated| PubMed | 11606777 12477932 14745014 15489334 18083115 18614015 19056867 19085252 19646993 20368336 21726174 23036869 23376485 24120970 24315642 25602783 |
Comparative Map Data| Msra (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| MSRA (Homo sapiens - human) |
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| Msra (Mus musculus - house mouse) |
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| Msra (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| MSRA (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| MSRA (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Msra (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| MSRA (Sus scrofa - pig) |
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Position Markers| D15Got43 |
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| D15Got44 |
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| D15Got227 |
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| RH137586 |
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| AU048707 |
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| AU049139 |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
Genetic ModelsmiRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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RNA-SEQ Expression| testis | heart | brain | ovary | uterus | skeletal muscle tissue | colon | gastrocnemius | forebrain | hindbrain | lung | spleen | liver | kidney | adrenal gland | thymus | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| High | ||||||||||||||||
| Medium | 3 | 28 | 17 | 8 | 4 | 2 | 3 | 1 | 26 | 25 | 11 | 25 | 35 | 8 | 7 | |
| Low | 19 | 15 | 6 | 7 | 1 | 7 | 11 | 16 | 1 | |||||||
| Below cutoff |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_053307 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_008770745 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AABR07018222 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AABR07018223 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01083431 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01083432 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01083433 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01083434 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01083435 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01083436 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01083437 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01083438 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AY005464 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC087009 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH474023 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| DQ989019 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| DQ989020 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| DQ989021 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | NM_053307 ⟹ NP_445759 | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
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| Sequence: |
CACGCTGTCCATGCTCTCCGCCTCCAGAAGGACTCTCCAGCTCCTCTCCAGCTCCATCCCGGTAhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_008770745 ⟹ XP_008768967 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
GTGGGTGCTAATCCTTAGTTCCTTCCTTCATATGAAACTATCCGCCCATTTTGGCAGTGTGTAAhide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_445759 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_008768967 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAF99392 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| AAH87009 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| ABL73891 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| ABL73892 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| ABL73893 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL85337 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Q923M1 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_445759 ⟸ NM_053307 |
| - UniProtKB: | Q923M1 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MLSASRRTLQLLSSSIPVRMMGDSSSKVISAEEALPGRTESIPVAAKHHVSGNRTVEPFPEGTQhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_008768967 ⟸ XM_008770745 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | Q923M1 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MLSASRRTLQLLSSSIPVRMMGDSSSKVISAEEALPGRTESIPVAAKHHVSGNRTVEPFPEGTQhide sequence |
TranscriptomePromoters| RGD ID: | 13699784 | |||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R10308 | |||||||||
| Type: | initiation region | |||||||||
| Name: | Msra_1 | |||||||||
| Description: | methionine sulfoxide reductase A | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
| Position: |
|
Strain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:70979 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000012440 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000016616 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOP00000067242 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000016616 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000072997 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 3.30.1060.10 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7107102 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | Met_Sox_Rdtase_MsrA | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Met_Sox_Rdtase_MsrA_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:29447 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| MGC_CLONE | MGC:93315 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 29447 | ENTREZGENE |
| Pfam | PMSR | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PhenoGen | Msra | PhenoGen |
| Superfamily-SCOP | SSF55068 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| TIGRFAMs | msrA | UniProtKB/Swiss-Prot |
| UniGene | Rn.163306 | ENTREZGENE |
| UniProt | F1LSJ6_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| M0RCC8_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| MSRA_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE | |
| UniProt Secondary | A9LAT3 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| A9LAT4 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2002-07-09 | Msra | methionine sulfoxide reductase A | Symbol and Name updated to reflect Human and Mouse nomenclature | 70877 | APPROVED |
RGD Curation Notes| Note Type | Note | Reference |
|---|---|---|
| gene_expression | expression may decrease with age | 70794 |
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| More on Msra | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
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Ensembl Gene |
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|
JBrowse: rn5 rn6 |
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NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 70979 |
| Created: | 2002-07-09 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2019-11-27 |
| Status: | ACTIVE |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
