Imported Annotations - CTD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
substance-related disorder | ISO | RGD:737220 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:20098672 |


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InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
GViewer (Genome Viewer) |
Variant Visualizer (Damaging Variants) |
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Gene Annotator (Annotation Comparison) |
OLGA (Gene List Generator) |
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![]() GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - CTD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
substance-related disorder | ISO | RGD:737220 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:20098672 |
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1. | Bulvik B, etal., Mech Ageing Dev. 2009 Mar;130(3):139-44. Epub 2008 Oct 17. |
2. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
3. | GOA data from the GO Consortium |
4. | Haenold R, etal., Free Radic Res. 2007 Nov;41(11):1233-45. |
5. | MGD Curation, June 12, 2002 |
6. | MGD data from the GO Consortium |
7. | NCBI rat LocusLink and RefSeq merged data July 26, 2002 |
8. | Petropoulos I, etal., Biochem J 2001 May 1;355(Pt 3):819-25. |
9. | RGD automated data pipeline |
10. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
11. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
PubMed | 11606777 12477932 14745014 15489334 18083115 18614015 19056867 19085252 19646993 20368336 21726174 23036869 23376485 24120970 24315642 25602783 |
Msra (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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MSRA (Homo sapiens - human) |
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Msra (Mus musculus - house mouse) |
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Msra (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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MSRA (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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MSRA (Canis lupus familiaris - dog) |
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Msra (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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MSRA (Sus scrofa - pig) |
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D15Got43 |
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D15Got44 |
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D15Got227 |
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RH137586 |
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AU048707 |
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AU049139 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
testis | heart | brain | ovary | uterus | skeletal muscle tissue | colon | gastrocnemius | forebrain | hindbrain | lung | spleen | liver | kidney | adrenal gland | thymus | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
High | ||||||||||||||||
Medium | 3 | 28 | 17 | 8 | 4 | 2 | 3 | 1 | 26 | 25 | 11 | 25 | 35 | 8 | 7 | |
Low | 19 | 15 | 6 | 7 | 1 | 7 | 11 | 16 | 1 | |||||||
Below cutoff |
RefSeq Transcripts | NM_053307 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_008770745 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | AABR07018222 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
AABR07018223 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AAHX01083431 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AAHX01083432 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AAHX01083433 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AAHX01083434 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AAHX01083435 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AAHX01083436 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AAHX01083437 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AAHX01083438 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AY005464 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BC087009 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
CH474023 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
DQ989019 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
DQ989020 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
DQ989021 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | NM_053307 ⟹ NP_445759 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
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Sequence: |
CACGCTGTCCATGCTCTCCGCCTCCAGAAGGACTCTCCAGCTCCTCTCCAGCTCCATCCCGGTAhide sequence |
RefSeq Acc Id: | XM_008770745 ⟹ XP_008768967 | |||||||||
RefSeq Status: | ||||||||||
Type: | CODING | |||||||||
Position: |
|
|||||||||
Sequence: |
GTGGGTGCTAATCCTTAGTTCCTTCCTTCATATGAAACTATCCGCCCATTTTGGCAGTGTGTAAhide sequence |
Protein RefSeqs | NP_445759 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
XP_008768967 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | AAF99392 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
AAH87009 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
ABL73891 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
ABL73892 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
ABL73893 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
EDL85337 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
Q923M1 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_445759 ⟸ NM_053307 |
- UniProtKB: | Q923M1 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
- Sequence: |
MLSASRRTLQLLSSSIPVRMMGDSSSKVISAEEALPGRTESIPVAAKHHVSGNRTVEPFPEGTQhide sequence |
RefSeq Acc Id: | XP_008768967 ⟸ XM_008770745 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
- UniProtKB: | Q923M1 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
- Sequence: |
MLSASRRTLQLLSSSIPVRMMGDSSSKVISAEEALPGRTESIPVAAKHHVSGNRTVEPFPEGTQhide sequence |
RGD ID: | 13699784 | |||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_R10308 | |||||||||
Type: | initiation region | |||||||||
Name: | Msra_1 | |||||||||
Description: | methionine sulfoxide reductase A | |||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
Position: |
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Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:70979 | AgrOrtholog |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000012440 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000016616 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
ENSRNOP00000067242 | UniProtKB/TrEMBL | |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000016616 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
ENSRNOT00000072997 | UniProtKB/TrEMBL | |
Gene3D-CATH | 3.30.1060.10 | UniProtKB/Swiss-Prot |
IMAGE_CLONE | IMAGE:7107102 | IMAGE-MGC_LOAD |
InterPro | Met_Sox_Rdtase_MsrA | UniProtKB/Swiss-Prot |
Met_Sox_Rdtase_MsrA_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
KEGG Report | rno:29447 | UniProtKB/Swiss-Prot |
MGC_CLONE | MGC:93315 | IMAGE-MGC_LOAD |
NCBI Gene | 29447 | ENTREZGENE |
Pfam | PMSR | UniProtKB/Swiss-Prot |
PhenoGen | Msra | PhenoGen |
Superfamily-SCOP | SSF55068 | UniProtKB/Swiss-Prot |
TIGRFAMs | msrA | UniProtKB/Swiss-Prot |
UniGene | Rn.163306 | ENTREZGENE |
UniProt | F1LSJ6_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
M0RCC8_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
MSRA_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE | |
UniProt Secondary | A9LAT3 | UniProtKB/Swiss-Prot |
A9LAT4 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2002-07-09 | Msra | methionine sulfoxide reductase A | Symbol and Name updated to reflect Human and Mouse nomenclature | 70877 | APPROVED |
Note Type | Note | Reference |
---|---|---|
gene_expression | expression may decrease with age | 70794 |
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More on Msra | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
![]() |
Ensembl Gene |
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JBrowse: rn5 rn6 |
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NCBI Genome Data Viewer |
RGD Object Information | |
RGD ID: | 70979 |
Created: | 2002-07-09 |
Species: | Rattus norvegicus |
Last Modified: | 2019-11-27 |
Status: | ACTIVE |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.