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Gene Annotator (Functional Annotation) |
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InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
GViewer (Genome Viewer) |
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 Gene Annotator (Annotation Comparison) unavailable |
 OLGA (Gene List Generator) unavailable |
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Gene Annotator (Annotation Comparison) |
OLGA (Gene List Generator) |
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 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - CTD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Neoplasm Invasiveness | ISO | RGD:734022 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:19700239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Spontaneous Abortions | ISO | RGD:734022 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:18539642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsMolecular Pathway AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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Molecular Pathway AnnotationsReferences - curated| 1. | Arai M, etal., Biol Psychiatry 2004 Apr 15;55(8):804-10. |
| 2. | Asayama Y, etal., Pathol Int. 2002 Apr;52(4):300-6. |
| 3. | Buttner B, etal., Biochemistry. 2005 May 10;44(18):6938-47. |
| 4. | Chao CC, etal., Neurobiol Aging 2003 Jan-Feb;24(1):105-16. |
| 5. | Chatterjee D, etal., Brain Res. 2007 Jul 16;1158:11-27. Epub 2007 May 3. |
| 6. | Cheung SS, etal., Pancreas. 2005 Mar;30(2):105-14. |
| 7. | Choi YL, etal., J Histochem Cytochem. 2004 May;52(5):591-601. |
| 8. | Christensen C, etal., FEBS Lett. 2006 Jun 12;580(14):3386-90. Epub 2006 May 11. |
| 9. | DiFiglia M, etal., J Neurosci. 1989 Dec;9(12):4158-68. |
| 10. | Faure C, etal., Dev Dyn. 2007 Jan;236(1):44-59. |
| 11. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 12. | GOA data from the GO Consortium |
| 13. | Gong J, etal., BMC Neurosci. 2010 Apr 23;11:50. |
| 14. | Hu Q, etal., Neurotoxicology. 2008 Jul;29(4):675-81. Epub 2008 May 21. |
| 15. | Kameda K, etal., Cancer Lett. 1999 Apr 1;137(2):201-7. |
| 16. | Kwitek AE, etal., Genome Res. 2004 Apr;14(4):750-7 |
| 17. | Li WP, etal., Virchows Arch. 1996 Nov;429(4-5):197-204. |
| 18. | Lüthl A, etal., Nature. 1994 Dec 22-29;372(6508):777-9. doi: 10.1038/372777a0. |
| 19. | Macias M, etal., Neuroreport. 2002 Dec 20;13(18):2527-30. |
| 20. | Mackowiak M, etal., Brain Res. 2005 Sep 7;1055(1-2):149-55. |
| 21. | Mazzetti S, etal., Brain Res Bull. 2007 Mar 30;71(6):578-86. Epub 2006 Dec 22. |
| 22. | MGD data from the GO Consortium |
| 23. | Murphy JA, etal., Invest Ophthalmol Vis Sci. 2009 Feb;50(2):861-9. Epub 2008 Aug 29. |
| 24. | Nagao K, etal., J Mol Cell Cardiol. 2010 Jun;48(6):1157-68. Epub 2009 Oct 22. |
| 25. | Nakatani K, etal., Arch Histol Cytol. 2006 Mar;69(1):61-72. |
| 26. | Pekcec A, etal., J Neurochem. 2008 Apr;105(2):389-400. Epub 2008 Jan 8. |
| 27. | Perl AK, etal., Nat Med. 1999 Mar;5(3):286-91. |
| 28. | Pipeline to import KEGG annotations from KEGG into RGD |
| 29. | Pipeline to import Pathway Interaction Database annotations from NCI into RGD |
| 30. | RGD automated data pipeline |
| 31. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 32. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 33. | Sakai A, etal., Pain. 2008 Jul 15;137(2):378-88. Epub 2007 Oct 29. |
| 34. | Seki H, etal., J Surg Oncol. 1993 Jun;53(2):78-83. |
| 35. | Simonneau L, etal., J Comp Neurol 2003 Apr 28;459(2):113-26. |
| 36. | Small SJ, etal., J Cell Biol 1987 Nov;105(5):2335-45. |
| 37. | Son H, etal., Biochem Biophys Res Commun 2002 Oct 25;298(2):262-8. |
| 38. | Stallcup WB and Beasley L, Proc Natl Acad Sci U S A. 1985 Feb;82(4):1276-80. |
| 39. | Tanaka J, etal., Surg Today. 1998;28(11):1217-20. |
| 40. | Ter Horst JP, etal., Eur J Neurosci. 2008 Aug;28(3):419-27. |
| 41. | Tezel E, etal., Pancreas. 2001 Mar;22(2):122-5. |
| 42. | Thornton MR, etal., J Anat. 2005 Jan;206(1):69-78. |
| 43. | Tsoory M, etal., Neuropsychopharmacology. 2008 Jan;33(2):378-93. Epub 2007 Apr 11. |
| 44. | Varea E, etal., Eur Neuropsychopharmacol. 2007 Jul;17(8):546-57. Epub 2007 Feb 20. |
| 45. | Varea E, etal., Neurobiol Aging. 2009 May;30(5):808-18. Epub 2007 Sep 29. |
| 46. | Varea E, etal., Neuroscience. 2005;136(2):435-43. Epub 2005 Oct 10. |
| 47. | Venero C, etal., Neuroscience 2002;115(4):1211-9. |
| 48. | Zhang M, etal., Toxicology. 2007 Jul 17;236(3):208-16. Epub 2007 Apr 24. |
References - uncurated| PubMed | 1694009 1699951 1996115 2483093 7613634 10766765 11817895 11936192 12477932 12757368 12774308 12786978 12791257 12837245 12937148 13129654 14527396 14550299 14648585 14663363 14741393 14752119 15065125 15169853 15256054 15490465 15738425 15964824 16776666 17064783 17213291 17223582 17336079 17355876 17460068 17513116 17634366 17971410 18307098 18588533 19110037 19251664 19429186 19440374 19546439 19741142 19788570 19946888 20131911 20175207 20598904 20610389 20617137 20622691 20843898 21115007 21389209 21436126 21700703 21708977 21787839 21876469 21887252 22007488 22363206 22419107 22814229 22871113 22998873 23284756 23376485 23462508 23963795 24582971 25002582 27559042 29169663 29476059 30477252 |
Comparative Map Data| Ncam1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| NCAM1 (Homo sapiens - human) |
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| Ncam1 (Mus musculus - house mouse) |
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| Ncam1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| NCAM1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| NCAM1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Ncam1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| NCAM1 (Sus scrofa - pig) |
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| NCAM1 (Chlorocebus sabaeus - African green monkey) |
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| Ncam1 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position Markers| D8Mit2 |
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| D8Rat44 |
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| D8Rat215 |
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| D8Arb10 |
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| D8Arb23 |
|
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| RH134243 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH142318 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BF400138 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH132569 |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH143130 |
|
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| BF402045 |
|
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| RH138949 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BF388149 |
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| D1S2854 |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
||||||||
RNA-SEQ Expression| alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
| High | |||||||||||||
| Medium | 26 | 6 | 4 | 4 | 74 | 22 | 27 | ||||||
| Low | 3 | 17 | 36 | 22 | 19 | 22 | 8 | 11 | 13 | 14 | 11 | 8 | |
| Below cutoff | 15 | 15 | 15 |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_031521 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_006242986 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006242988 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006242994 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008766192 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008766193 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017595460 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017595461 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017595462 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017595463 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017595464 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017595465 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AABR07070131 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AABR07070132 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01054567 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01054568 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01054569 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01054570 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01054571 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01054572 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC101924 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473975 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| M32611 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| M32612 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| M63970 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| X06564 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000042281 ⟹ ENSRNOP00000048442 | ||||||||
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Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_113709 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
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| EDL95448 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
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| P13596 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
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| - Peptide Label: | precursor |
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| - UniProtKB: | Q3T1H3 (UniProtKB/TrEMBL) |
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| - Sequence: |
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| - Peptide Label: | isoform X1 |
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| RefSeq Acc Id: | XP_017450952 ⟸ XM_017595463 |
| - Peptide Label: | isoform X9 |
| - Sequence: |
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| RefSeq Acc Id: | XP_017450950 ⟸ XM_017595461 |
| - Peptide Label: | isoform X6 |
| - Sequence: |
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| RefSeq Acc Id: | XP_017450949 ⟸ XM_017595460 |
| - Peptide Label: | isoform X5 |
| - Sequence: |
MLRTKDLIWTLFFLGTAVSLQVDIVPSQGEISVGESKFFLCQVAGDAKDKDISWFSPNGEKLSPhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017450951 ⟸ XM_017595462 |
| - Peptide Label: | isoform X7 |
| - Sequence: |
MLRTKDLIWTLFFLGTAVSLQVDIVPSQGEISVGESKFFLCQVAGDAKDKDISWFSPNGEKLSPhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017450954 ⟸ XM_017595465 |
| - Peptide Label: | isoform X11 |
| - Sequence: |
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| RefSeq Acc Id: | XP_017450953 ⟸ XM_017595464 |
| - Peptide Label: | isoform X10 |
| - Sequence: |
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| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000046828 ⟸ ENSRNOT00000047666 |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000071509 ⟸ ENSRNOT00000082257 |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000048442 ⟸ ENSRNOT00000042281 |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000064969 ⟸ ENSRNOT00000072184 |
TranscriptomeStrain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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Damaging Variants| Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
| 8 | 52460515 | 52460516 | C | T | snv | HWY/Slc (KyushuU) |
| 8 | 52461295 | 52461296 | T | G | snv | ACI/EurMcwi (MCW), SR/JrHsd (MCW) |
External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:67378 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000031890 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000046828 | UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOP00000048442 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOP00000064969 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOP00000071509 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000042281 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000047666 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000072184 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000082257 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 2.60.40.10 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7936825 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | FN3_dom | UniProtKB/Swiss-Prot |
| FN3_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig-like_dom | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig-like_dom_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig-like_fold | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig_I-set | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig_sub | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig_sub2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig_V-set | UniProtKB/TrEMBL | |
| Ncam1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Neural_cell_adh | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:24586 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| MGC_CLONE | MGC:124601 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 24586 | ENTREZGENE |
| PANTHER | PTHR12231:SF239 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Pfam | fn3 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| I-set | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PhenoGen | Ncam1 | PhenoGen |
| PRINTS | NCAMFAMILY | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PROSITE | FN3 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| IG_LIKE | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| SMART | FN3 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| IGc2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| IGv | UniProtKB/TrEMBL | |
| SM00409 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Superfamily-SCOP | SSF48726 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| SSF49265 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| UniGene | Rn.11283 | ENTREZGENE |
| Rn.214248 | ENTREZGENE | |
| UniProt | A0A0G2K0M8_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| F1LNY3_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| F1LUV9_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| M0R6C2_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| NCAM1_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE | |
| Q04017_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| Q3T1H3 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2003-04-09 | Ncam1 | neural cell adhesion molecule 1 | Symbol and Name updated | 629477 | APPROVED | ||
| 2003-03-06 | Ncam1 | neural cell adhesion molecule 1 | Ncam | neural cell adhesion molecule | Data Merged | 628472 | PROVISIONAL |
| 2002-06-10 | Ncam1 | Symbol and Name status set to approved | 70586 | APPROVED | |||
| 2001-10-23 | Ncam | neural cell adhesion molecule | Name updated to reflect Human and Mouse nomenclature | 68913 | APPROVED |
RGD Curation Notes| Note Type | Note | Reference |
|---|---|---|
| gene_protein | three isoforms exist of of apparent molecular masses 180, 140, and 120 kD | 728977 |
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| More on Ncam1 | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
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Ensembl Gene |
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|
JBrowse: rn5 rn6 |
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NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 67378 |
| Created: | 2001-06-01 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2020-06-09 |
| Status: | ACTIVE |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
