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Protein-Protein Interactions |
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Annotation Comparison |
OLGA |
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 Gene Enrichment unavailable |
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Gene Enrichment |
Imported Annotations - CTD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Neoplasm Invasiveness | ISO | RGD:734022 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:19700239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Spontaneous Abortion | ISO | RGD:734022 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:18539642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsMolecular Pathway AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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Molecular Pathway AnnotationsReferences - curated| 1. | Arai M, etal., Biol Psychiatry 2004 Apr 15;55(8):804-10. |
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| 11. | GOA data from the GO Consortium |
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| 21. | MGD data from the GO Consortium |
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| 26. | Perl AK, etal., Nat Med. 1999 Mar;5(3):286-91. |
| 27. | Pipeline to import KEGG annotations from KEGG into RGD |
| 28. | Pipeline to import Pathway Interaction Database annotations from NCI into RGD |
| 29. | RGD automated data pipeline |
| 30. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 31. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 32. | Sakai A, etal., Pain. 2008 Jul 15;137(2):378-88. Epub 2007 Oct 29. |
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RGD Disease Portals| Ncam1 has been annotated in the following RGD Disease Portals. |
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Comparative Map Data| Ncam1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| NCAM1 (Homo sapiens - human) |
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| Ncam1 (Mus musculus - house mouse) |
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| Ncam1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| NCAM1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| NCAM1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Ncam1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| NCAM1 (Sus scrofa - pig) |
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Position Markers| D8Mit2 |
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| D8Rat44 |
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| D8Rat215 |
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| D8Arb10 |
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| D8Arb23 |
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| RH134243 |
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| RH142318 |
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| BF400138 |
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| RH132569 |
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| RH143130 |
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| BF402045 |
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| RH138949 |
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| BF388149 |
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| D1S2854 |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_031521 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_006242986 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006242988 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006242994 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008766192 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008766193 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017595460 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017595461 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017595462 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017595463 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017595464 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017595465 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AABR07070131 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AABR07070132 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01054567 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01054568 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01054569 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01054570 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01054571 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01054572 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC101924 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473975 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| M32611 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| M32612 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| M63970 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| X06564 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | NM_031521 ⟹ NP_113709 | ||||||||||||||||||||||||
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Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_113709 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
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| XP_017450954 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAA41679 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
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| AAI01925 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| CAA29809 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL95446 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL95447 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL95448 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
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| - Peptide Label: | precursor |
| - UniProtKB: | P13596 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
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| - Peptide Label: | isoform X8 |
| - UniProtKB: | Q3T1H3 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
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| - Sequence: |
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| RefSeq Acc Id: | XP_008764414 ⟸ XM_008766192 |
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| - Peptide Label: | isoform X6 |
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| RefSeq Acc Id: | XP_017450949 ⟸ XM_017595460 |
| - Peptide Label: | isoform X5 |
| - Sequence: |
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| RefSeq Acc Id: | XP_017450951 ⟸ XM_017595462 |
| - Peptide Label: | isoform X7 |
| - Sequence: |
MLRTKDLIWTLFFLGTAVSLQVDIVPSQGEISVGESKFFLCQVAGDAKDKDISWFSPNGEKLSPhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017450954 ⟸ XM_017595465 |
| - Peptide Label: | isoform X11 |
| - Sequence: |
MLRTKDLIWTLFFLGTAVSLQVDIVPSQGEISVGESKFFLCQVAGDAKDKDISWFSPNGEKLSPhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017450953 ⟸ XM_017595464 |
| - Peptide Label: | isoform X10 |
| - Sequence: |
MLRTKDLIWTLFFLGTAVSLQVDIVPSQGEISVGESKFFLCQVAGDAKDKDISWFSPNGEKLSPhide sequence |
TranscriptomeStrain Sequence Variants (Rnor 5.0)
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Damaging Variants| Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
| 8 | 52460515 | 52460516 | C | T | snv | HWY/Slc (KyushuU) |
| 8 | 52461295 | 52461296 | T | G | snv | SR/JrHsd (MCW), ACI/EurMcwi (MCW) |
External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:67378 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000031890 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000046828 | UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOP00000048442 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOP00000064969 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOP00000071509 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000042281 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000047666 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000072184 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000082257 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 2.60.40.10 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7936825 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | FN3_dom | UniProtKB/Swiss-Prot |
| FN3_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig-like_dom | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig-like_dom_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig-like_fold | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig_I-set | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig_sub | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig_sub2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ig_V-set | UniProtKB/TrEMBL | |
| Ncam1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Neural_cell_adh | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:24586 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| MGC_CLONE | MGC:124601 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 24586 | ENTREZGENE |
| PANTHER | PTHR12231:SF239 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Pfam | fn3 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| I-set | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PhenoGen | Ncam1 | PhenoGen |
| PRINTS | NCAMFAMILY | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PROSITE | FN3 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| IG_LIKE | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| SMART | FN3 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| IGc2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| IGv | UniProtKB/TrEMBL | |
| SM00409 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Superfamily-SCOP | SSF48726 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| SSF49265 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| UniGene | Rn.11283 | ENTREZGENE |
| Rn.214248 | ENTREZGENE | |
| UniProt | A0A0G2K0M8_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| F1LNY3_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| F1LUV9_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| M0R6C2_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| NCAM1_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE | |
| Q3T1H3 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2003-04-09 | Ncam1 | neural cell adhesion molecule 1 | Symbol and Name updated | 629477 | APPROVED | ||
| 2003-03-06 | Ncam1 | neural cell adhesion molecule 1 | Ncam | neural cell adhesion molecule | Data Merged | 628472 | PROVISIONAL |
| 2002-06-10 | Ncam1 | Symbol and Name status set to approved | 70586 | APPROVED | |||
| 2001-10-23 | Ncam | neural cell adhesion molecule | Name updated to reflect Human and Mouse nomenclature | 68913 | APPROVED |
RGD Curation Notes| Note Type | Note | Reference |
|---|---|---|
| gene_protein | three isoforms exist of of apparent molecular masses 180, 140, and 120 kD | 728977 |
| More on Ncam1 | |
|
Alliance Gene |
|
NCBI Gene |
|
Ensembl Gene |
|
|
JBrowse: rn5 rn6 |
|
NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 67378 |
| Created: | 2001-06-01 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2019-06-11 |
| Status: | ACTIVE |
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 |
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 |
RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
