 Gene Ontology Annotations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cellular Component
Molecular Function
 |
Welcome {{ username}}
Message Center
{{ messageCount }} Messages
Watched Genes
{{$index + 1}}. {{ watchedObject.symbol }} (RGD ID:{{watchedObject.rgdId}})
Watched Ontology Terms
{{gene.symbol}}: {{ gene.description }}
Save List to My RGD
| Create Name: | |
| Description: |
|
| Save what matters to you |
| {{ loginError }} |
| Sign in with your RGD account |
| Create New Account | Recover Password |
{{ watchLinkText }}
Select categories you would like to watch. Updates to this gene will be send to {{ username }}
Analyze GeneStrainQTL List |
 Gene Annotator (Functional Annotation) unavailable |
 Gene Annotator (Annotation Distribution) unavailable |
 Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailble Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailable |
Gene Annotator (Functional Annotation) |
Gene Annotator (Annotation Distribution) |
Variant Visualizer (Genomic Variants) |
 InterViewer (Protein-Protein Interactions) unavailable |
 Gviewer (Genome Viewer) unavailable |
 Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailble Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailable |
InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
GViewer (Genome Viewer) |
Variant Visualizer (Damaging Variants) |
 Gene Annotator (Annotation Comparison) unavailable |
 OLGA (Gene List Generator) unavailable |
 |
Gene Annotator (Annotation Comparison) |
OLGA (Gene List Generator) |
Excel (Download) |
 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
|
MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Cellular Component
Molecular Function
Gene-Chemical Interaction Annotations
|
|
|
Gene Ontology AnnotationsBiological Process
|
|
Cellular Component
|
|
Molecular Function
|
|
References - curatedReferences - uncuratedGenomics
Comparative Map Data| Naa80 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NAA80 (Homo sapiens - human) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Naa80 (Mus musculus - house mouse) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Naa80 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NAA80 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NAA80 (Canis lupus familiaris - dog) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Naa80 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NAA80 (Sus scrofa - pig) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Naa80 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position Markers| RH139126 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BF387601 |
|
QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
Expression
RNA-SEQ ExpressionHigh: > 1000 TPM value Medium: Between 11 and 1000 TPM
Low: Between 0.5 and 10 TPM Below Cutoff: < 0.5 TPM
| alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
| High | |||||||||||||
| Medium | 3 | 38 | 48 | 32 | 19 | 32 | 4 | 7 | 74 | 35 | 41 | 11 | 4 |
| Low | 5 | 9 | 9 | 9 | 4 | 4 | 4 | ||||||
| Below cutoff |
View RNA-SEQ Expression Data
Sequence
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_001304776 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| GenBank Nucleotide | AAHX01056978 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AC139927 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC083769 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC105845 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
Reference Sequences
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000090123 ⟹ ENSRNOP00000069333 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001304776 ⟹ NP_001291705 | ||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||
| Sequence: |
GTGTCTAGGTGGTGACATTCCGGGCACTGAGAACATAGGAGGAGGTGCGCTGTCTCCTGCAAAGhide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001291705 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| GenBank Protein | AAI05846 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
Reference Sequences
| RefSeq Acc Id: | NP_001291705 ⟸ NM_001304776 |
| - UniProtKB: | A0A0G2JV35 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MELILSTSPAKLTLDPACQPELTLRFNLTKLTLDPARQSELSLSPRLAELTLDSTCHPEMSLSPhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000069333 ⟸ ENSRNOT00000090123 |
Protein Domains
N-acetyltransferase
TranscriptomePromoters| RGD ID: | 13696275 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R6800 | ||||||||
| Type: | initiation region | ||||||||
| Name: | Nat6_1 | ||||||||
| Description: | N-acetyltransferase 6 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
|
Strain Variation
Strain Sequence Variants (Rnor 6.0)
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
Additional Information
External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:6496422 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000054063 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000069333 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000090123 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| InterPro | Acyl_CoA_acyltransferase | UniProtKB/TrEMBL |
| GNAT_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
| NAT6 | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:100910872 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | LOC100910872 | ENTREZGENE |
| PANTHER | PTHR13538:SF4 | UniProtKB/TrEMBL |
| Pfam | Acetyltransf_1 | UniProtKB/TrEMBL |
| PhenoGen | Naa80 | PhenoGen |
| PROSITE | GNAT | UniProtKB/TrEMBL |
| Superfamily-SCOP | SSF55729 | UniProtKB/TrEMBL |
| UniGene | Rn.229321 | ENTREZGENE |
| UniProt | A0A0G2JV35 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2018-04-27 | Naa80 | N(alpha)-acetyltransferase 80, NatH catalytic subunit | Nat6 | N-acetyltransferase 6 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2016-02-17 | Nat6 | N-acetyltransferase 6 | Nat6 | N-acetyltransferase 6 (GCN5-related) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2015-06-12 | Nat6 | N-acetyltransferase 6 (GCN5-related) | LOC100910872 | N-acetyltransferase 6-like | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2012-07-05 | LOC100910872 | N-acetyltransferase 6-like | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |
 |
| More on Naa80 | |
|
Alliance Gene |
|
NCBI Gene |
|
Ensembl Gene |
|
|
JBrowse: rn5 rn6 |
|
NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 6496422 |
| Created: | 2012-07-05 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2020-08-20 |
| Status: | ACTIVE |
