Gene-Chemical Interaction Annotations
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miRNA Target Status
Predicted Target Of
Summary Value | Count of predictions: | 478 | Count of miRNA genes: | 396 | Interacting mature miRNAs: | 427 | Transcripts: | ENST00000400430, ENST00000400431, ENST00000542632 | Prediction methods: | Miranda, Rnahybrid | Result types: | miRGate_prediction | |
The detailed report is available here: | Full Report | CSV | TAB | Printer | ||||
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
Markers in Region
RH70375 |
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RH93071 |
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D13S648 |
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SHGC-111293 |
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SHGC-153427 |
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D10S16 | No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
D10S16 |
|
Expression
RNA-SEQ Expression
High: > 1000 TPM value
Medium: Between 11 and 1000 TPMLow: Between 0.5 and 10 TPM Below Cutoff: < 0.5 TPM
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | sensory system | appendage | entire extraembryonic component | |
High | |||||||||||||||
Medium | 12 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||
Low | 40 | 3 | 76 | 49 | 254 | 51 | 42 | 21 | 21 | 64 | 98 | 71 | 2 | 2 | 1 |
Below cutoff | 133 | 24 | 190 | 151 | 354 | 153 | 229 | 38 | 106 | 197 | 186 | 241 | 5 | 2 |
Sequence
Nucleotide Sequences
RefSeq Acc Id: | ENST00000400430 | ||||||||
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Type: | NON-CODING | ||||||||||||||||||||||||
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Sequence: |
Promoters
RGD ID: | 15096719 | ||||||||
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Description: | long intergenic non-protein coding RNA 598 [Source:HGNCSymbol;Acc:HGNC:42770] | ||||||||
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Source: | EPDNEWNC (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing.; Paired-end sequencing. | ||||||||
Position: |
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Description: | long intergenic non-protein coding RNA 598 [Source:HGNCSymbol;Acc:HGNC:42770] | ||||||||
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Experiment Methods: | Single-end sequencing.; Paired-end sequencing. | ||||||||
Position: |
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Type: | initiation region | ||||||||
Name: | LINC00598_3 | ||||||||
Description: | long intergenic non-protein coding RNA 598 [Source:HGNCSymbol;Acc:HGNC:42770] | ||||||||
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Source: | EPDNEWNC (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing.; Paired-end sequencing. | ||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 15096716 | ||||||||
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Type: | initiation region | ||||||||
Name: | LINC00598_4 | ||||||||
Description: | long intergenic non-protein coding RNA 598 [Source:HGNCSymbol;Acc:HGNC:42770] | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEWNC (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing.; Paired-end sequencing. | ||||||||
Position: |
|
Additional Information
External Database Links
Database | Acc Id | Source(s) |
COSMIC | LINC00598 | COSMIC |
Ensembl Genes | ENSG00000215483 | Ensembl, ENTREZGENE |
Ensembl Transcript | ENST00000616706 | ENTREZGENE |
GTEx | ENSG00000215483 | GTEx |
HGNC ID | HGNC:42770 | ENTREZGENE |
Human Proteome Map | LINC00598 | Human Proteome Map |
NCBI Gene | LINC00598 | ENTREZGENE |
OMIM | 619008 | OMIM |
RNAcentral | URS00026A1AE7 | RNACentral |
URS00026A202D | RNACentral | |
URS00026A206E | RNACentral |