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Gene Annotator (Functional Annotation) |
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InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
GViewer (Genome Viewer) |
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 OLGA (Gene List Generator) unavailable |
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Gene Annotator (Annotation Comparison) |
OLGA (Gene List Generator) |
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 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - ClinVar | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| gastrointestinal stromal tumor | ISO | RGD:1346398 | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Gastrointestinal stromal tumors | ClinVar | PMID:28492532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mitochondrial complex I deficiency | ISO | RGD:1346398 | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Mitochondrial complex I deficiency | ClinVar | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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References - curated| 1. | Cross AK, etal., Brain Res. 2006 May 9;1088(1):19-30. Epub 2006 Apr 21. |
| 2. | Funck-Brentano T, etal., PLoS One. 2012;7(3):e33543. doi: 10.1371/journal.pone.0033543. Epub 2012 Mar 14. |
| 3. | GOA data from the GO Consortium |
| 4. | MGD data from the GO Consortium |
| 5. | NCBI rat LocusLink and RefSeq merged data July 26, 2002 |
| 6. | RGD automated data pipeline |
| 7. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 8. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 9. | Satoh K, etal., Neurosci Lett 2000 Aug 11;289(3):177-80. |
| 10. | Sone S, etal., J Mol Histol. 2005 May;36(4):281-8. |
| 11. | Yamanishi Y, etal., J Immunol. 2002 Feb 1;168(3):1405-12. |
| 12. | Yurube T, etal., Arthritis Res Ther. 2012 Mar 6;14(2):R51. doi: 10.1186/ar3764. |
References - uncuratedComparative Map Data| Adamts4 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| ADAMTS4 (Homo sapiens - human) |
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| Adamts4 (Mus musculus - house mouse) |
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| Adamts4 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| ADAMTS4 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| ADAMTS4 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Adamts4 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| ADAMTS4 (Sus scrofa - pig) |
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| ADAMTS4 (Chlorocebus sabaeus - African green monkey) |
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| Adamts4 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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RNA-SEQ Expression| alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
| High | |||||||||||||
| Medium | 17 | 1 | |||||||||||
| Low | 34 | 27 | 14 | 11 | 14 | 4 | 4 | 57 | 34 | 33 | 8 | 4 | |
| Below cutoff | 3 | 9 | 30 | 27 | 8 | 27 | 4 | 7 | 1 | 7 | 3 | 4 |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_023959 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| GenBank Nucleotide | AAHX01076670 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AAHX01076671 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AB042271 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AB042272 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AB042273 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AC099236 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CB614460 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473985 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000004713 ⟹ ENSRNOP00000004713 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_023959 ⟹ NP_076449 | ||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||
| Sequence: |
ATGGCCTCAATCCATCCCAGCTGCAGCACTGGTACCATGTCCAGGATGGGCTTGCATCCCAGGAhide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_076449 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| GenBank Protein | BAB16473 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| BAB16474 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| BAB16475 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL94619 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Q9ESP7 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_076449 ⟸ NM_023959 |
| - UniProtKB: | Q9ESP7 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MASIHPSCSTGTMSRMGLHPRRGLTGHRLRRLQPCLPPRTVPFSGLERWQQLLLLASLLPLAWShide sequence |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000004713 ⟸ ENSRNOT00000004713 |
TranscriptomeStrain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:621242 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000003538 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000004713 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000004713 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Gene3D-CATH | 2.20.100.10 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| 3.40.390.10 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| InterPro | ADAM_CR_2 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| ADAM_Cys-rich | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| ADAM_spacer1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| ADAMTS/ADAMTS-like | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| MetalloPept_cat_dom_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Peptidase_M12B | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Peptidase_M12B_N | UniProtKB/TrEMBL | |
| TSP1_rpt | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| TSP1_rpt_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:66015 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| NCBI Gene | 66015 | ENTREZGENE |
| Pfam | ADAM_CR_2 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| ADAM_spacer1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Pep_M12B_propep | UniProtKB/TrEMBL | |
| Reprolysin | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| TSP_1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PhenoGen | Adamts4 | PhenoGen |
| PRINTS | ADAMTSFAMILY | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PROSITE | ADAM_MEPRO | UniProtKB/Swiss-Prot |
| TSP1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| ZINC_PROTEASE | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| SMART | ACR | UniProtKB/Swiss-Prot |
| TSP1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Superfamily-SCOP | SSF82895 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| UniGene | Rn.64490 | ENTREZGENE |
| UniProt | ATS4_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot |
| D4A0C5_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| Q9ESP7 | ENTREZGENE | |
| UniProt Secondary | Q9ESP6 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Q9ESP8 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2008-09-18 | Adamts4 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 4 | Adamts4 | a disintegrin-like and metallopeptidase (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif, 4 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-02-19 | Adamts4 | a disintegrin-like and metallopeptidase (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif, 4 | Adamts4 | a disintegrin and metallopeptidase with thrombospondin motifs 4 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2005-01-20 | Adamts4 | a disintegrin and metallopeptidase with thrombospondin motifs 4 | ADAMTS-4 | Name updated | 1299863 | APPROVED | |
| 2002-08-07 | Adamts4 | ADAMTS-4 | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |
RGD Curation Notes| Note Type | Note | Reference |
|---|---|---|
| gene_disease | may be involved in arthritic diseases through the destruction of aggrecan | 724707 |
| gene_function | cleaves and may play a role in the turnover of aggrecan, a cartilage proteoglycan | 724707 |
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| More on Adamts4 | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
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Ensembl Gene |
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JBrowse: rn5 rn6 |
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NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 621242 |
| Created: | 2002-08-06 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2020-03-04 |
| Status: | ACTIVE |
 |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
