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Protein-Protein Interactions |
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Damaging Variants |
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Annotation Comparison |
OLGA |
Excel (Download) |
 Gene Enrichment unavailable |
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Gene Enrichment |
Imported Annotations - CTD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Craniofacial Abnormalities | ISO | RGD:733836 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:20007321 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Williams-Beuren syndrome | ISO | RGD:733836 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:20007321 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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References - curated| 1. | Franke Y, etal., Cytogenet Cell Genet 1999;86(3-4):296-304. |
| 2. | GOA data from the GO Consortium |
| 3. | MGD data from the GO Consortium |
| 4. | NCBI rat LocusLink and RefSeq merged data July 26, 2002 |
| 5. | Olofsson P, etal., Nat Genet 2003 Jan;33(1):25-32. |
| 6. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 7. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
References - uncuratedRGD Disease Portals| Gtf2ird1 has been annotated in the following RGD Disease Portals. |
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Comparative Map Data| Gtf2ird1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| GTF2IRD1 (Homo sapiens - human) |
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| Gtf2ird1 (Mus musculus - house mouse) |
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| Gtf2ird1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| GTF2IRD1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| GTF2IRD1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Gtf2ird1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| GTF2IRD1 (Sus scrofa - pig) |
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Position Markers| D12Got46 |
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| BE097301 |
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| AW535181 |
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| RH140259 |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
Related Rat StrainsmiRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_001001504 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_006249102 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006249103 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006249107 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017598260 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017598261 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017598262 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017598263 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017598264 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017598265 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017598266 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017598267 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017598268 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AAHX01071821 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AC087722 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AC094811 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AF547388 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AF547389 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AY115565 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473973 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| DQ294702 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| DQ294703 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| DQ294704 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| DQ294705 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ217037 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | NM_001001504 ⟹ NP_001001504 | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
GCCCTCCTTCCCTCCCTCCCTCTACTGATCCTGTCCCCCACTCCCGGATTATTAACTCAGCAAChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006249102 ⟹ XP_006249164 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
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||||||||||||||
| Sequence: |
TTACAGAACAAAGAGAGAACCTCCCAGAGCCCGGGCTCGGCTTCGCGCTCGCTCTGCGCCCCGChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006249103 ⟹ XP_006249165 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
AGAGGGGGTGCTCTAGGGCTTGCTTTGGTTTTGAGCCCTTATTTTGCACCCCCCCTTCCACCTChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006249107 ⟹ XP_006249169 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
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TACAGAACAAAGAGAGAACCTCCCAGAGCCCGGGCTCGGCTTCGCGCTCGCTCTGCGCCCCGCChide sequence |
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| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
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| Sequence: |
TTACAGAACAAAGAGAGAACCTCCCAGAGCCCGGGCTCGGCTTCGCGCTCGCTCTGCGCCCCGChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_017598261 ⟹ XP_017453750 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
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|||||||||
| Sequence: |
TTACAGAACAAAGAGAGAACCTCCCAGAGCCCGGGCTCGGCTTCGCGCTCGCTCTGCGCCCCGChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_017598262 ⟹ XP_017453751 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
TACAGAACAAAGAGAGAACCTCCCAGAGCCCGGGCTCGGCTTCGCGCTCGCTCTGCGCCCCGCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_017598263 ⟹ XP_017453752 | |||||||||
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| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
TACAGAACAAAGAGAGAACCTCCCAGAGCCCGGGCTCGGCTTCGCGCTCGCTCTGCGCCCCGCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_017598264 ⟹ XP_017453753 | |||||||||
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ACAGAACAAAGAGAGAACCTCCCAGAGCCCGGGCTCGGCTTCGCGCTCGCTCTGCGCCCCGCCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_017598265 ⟹ XP_017453754 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
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| Sequence: |
ACAGAACAAAGAGAGAACCTCCCAGAGCCCGGGCTCGGCTTCGCGCTCGCTCTGCGCCCCGCCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_017598266 ⟹ XP_017453755 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
ACTGGGATTACAGAACAAAGAGAGAACCTCCCAGAGCCCGGGCTCGGCTTCGCGCTCGCTCTGChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_017598267 ⟹ XP_017453756 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
GGGATTACAGAACAAAGAGAGAACCTCCCAGAGCCCGGGCTCGGCTTCGCGCTCGCTCTGCGCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_017598268 ⟹ XP_017453757 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
GGGATTACAGAACAAAGAGAGAACCTCCCAGAGCCCGGGCTCGGCTTCGCGCTCGCTCTGCGCChide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001001504 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_006249164 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006249165 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006249169 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_017453749 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_017453750 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
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| XP_017453752 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_017453753 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_017453754 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_017453755 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_017453756 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_017453757 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAM63551 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| AAO32676 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| AAO32677 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| ABB88418 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| ABB88419 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| ABB88420 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| ABB88421 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM13432 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM13433 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM13435 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_001001504 ⟸ NM_001001504 |
| - UniProtKB: | Q80ST5 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MALLGKHCDIPTNGCGSERWNSTFARKDELINSLVSALDSMCSALSKLNTEVACVAVHNESVFVhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006249164 ⟸ XM_006249102 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A0A0G2K5X2 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MALLGKHCDIPTNGCGSERWNSTFARKDELINSLVSALDSMCSALSKLNTEVACVAVHNESVFVhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006249169 ⟸ XM_006249107 |
| - Peptide Label: | isoform X5 |
| - UniProtKB: | A0A0G2JVV8 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MALLGKHCDIPTNGCGSERWNSTFARKDELINSLVSALDSMCSALSKLNTEVACVAVHNESVFVhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006249165 ⟸ XM_006249103 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A0A0G2K5X2 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MALLGKHCDIPTNGCGSERWNSTFARKDELINSLVSALDSMCSALSKLNTEVACVAVHNESVFVhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017453755 ⟸ XM_017598266 |
| - Peptide Label: | isoform X9 |
| - Sequence: |
MALLGKHCDIPTNGCGSERWNSTFARKDELINSLVSALDSMCSALSKLNTEVACVAVHNESVFVhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017453757 ⟸ XM_017598268 |
| - Peptide Label: | isoform X11 |
| - Sequence: |
MALLGKHCDIPTNGCGSERWNSTFARKDELINSLVSALDSMCSALSKLNTEVACVAVHNESVFVhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017453756 ⟸ XM_017598267 |
| - Peptide Label: | isoform X10 |
| - Sequence: |
MALLGKHCDIPTNGCGSERWNSTFARKDELINSLVSALDSMCSALSKLNTEVACVAVHNESVFVhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017453749 ⟸ XM_017598260 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - Sequence: |
MALLGKHCDIPTNGCGSERWNSTFARKDELINSLVSALDSMCSALSKLNTEVACVAVHNESVFVhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017453750 ⟸ XM_017598261 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| - Sequence: |
MALLGKHCDIPTNGCGSERWNSTFARKDELINSLVSALDSMCSALSKLNTEVACVAVHNESVFVhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017453751 ⟸ XM_017598262 |
| - Peptide Label: | isoform X4 |
| - Sequence: |
MALLGKHCDIPTNGCGSERWNSTFARKDELINSLVSALDSMCSALSKLNTEVACVAVHNESVFVhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017453752 ⟸ XM_017598263 |
| - Peptide Label: | isoform X6 |
| - Sequence: |
MALLGKHCDIPTNGCGSERWNSTFARKDELINSLVSALDSMCSALSKLNTEVACVAVHNESVFVhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017453753 ⟸ XM_017598264 |
| - Peptide Label: | isoform X7 |
| - Sequence: |
MALLGKHCDIPTNGCGSERWNSTFARKDELINSLVSALDSMCSALSKLNTEVACVAVHNESVFVhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017453754 ⟸ XM_017598265 |
| - Peptide Label: | isoform X8 |
| - Sequence: |
MALLGKHCDIPTNGCGSERWNSTFARKDELINSLVSALDSMCSALSKLNTEVACVAVHNESVFVhide sequence |
TranscriptomePromoters| RGD ID: | 13698571 | |||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R9096 | |||||||||
| Type: | initiation region | |||||||||
| Name: | Gtf2ird1_1 | |||||||||
| Description: | GTF2I repeat domain containing 1 | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
| Position: |
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Strain Sequence Variants (Rnor 5.0)
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:620856 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000001478 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOG00000050193 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000002010 | UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOP00000069637 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOP00000073591 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOP00000075217 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000002010 | UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000079392 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000085696 | UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000087656 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 3.90.1460.10 | UniProtKB/TrEMBL |
| InterPro | GTF2I | UniProtKB/TrEMBL |
| GTF2I-like_rpt_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| TF_II-I | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:246770 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 246770 | ENTREZGENE |
| Pfam | GTF2I | UniProtKB/TrEMBL |
| PhenoGen | Gtf2ird1 | PhenoGen |
| PIRSF | TF_II-I | UniProtKB/TrEMBL |
| PROSITE | GTF2I | UniProtKB/TrEMBL |
| Superfamily-SCOP | SSF117773 | UniProtKB/TrEMBL |
| UniGene | Rn.84872 | ENTREZGENE |
| UniProt | A0A0G2JVV8 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A0A0G2K5X2 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Q80ST5 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| UniProt Secondary | F1M710 | UniProtKB/TrEMBL |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2009-02-26 | Gtf2ird1 | GTF2I repeat domain containing 1 | Gtf2ird1 | general transcription factor II I repeat domain-containing 1 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2005-01-20 | Gtf2ird1 | general transcription factor II I repeat domain-containing 1 | Symbol and Name status set to approved | 1299863 | APPROVED | ||
| 2002-08-07 | Gtf2ird1 | general transcription factor II I repeat domain-containing 1 | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |
RGD Curation Notes| Note Type | Note | Reference |
|---|---|---|
| gene_disease | human homolog may be associated with the Williams-Beuren microdeletion syndrome | 708335 |
| More on Gtf2ird1 | |
|
Alliance Gene |
|
NCBI Gene |
|
Ensembl Gene |
|
|
JBrowse: rn5 rn6 |
|
NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 620856 |
| Created: | 2002-08-06 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2019-04-23 |
| Status: | ACTIVE |
 |
 |
 |
 |
RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
