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Gene Annotator (Annotation Comparison) |
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 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - ClinVar | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| hypoparathyroidism-deafness-renal disease syndrome | ISO | RGD:1346683 | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Barakat syndrome | ClinVar | PMID:25741868 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| schizophrenia | ISO | RGD:1346683 | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Schizophrenia | ClinVar | PMID:21681106, PMID:30208311 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsMolecular Pathway AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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Molecular Pathway AnnotationsReferences - curated| 1. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | MGD data from the GO Consortium |
| 3. | NCBI rat LocusLink and RefSeq merged data July 26, 2002 |
| 4. | Nishimura N, etal., J Biol Chem 1994 May 13;269(19):14191-8. |
| 5. | RGD automated data pipeline |
| 6. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 7. | Strausberg RL, etal., Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Dec 24;99(26):16899-903. Epub 2002 Dec 11. |
| 8. | Tentative Sequence Data IDs. TIGR Gene Index, Rat Data |
| 9. | Weitzdoerfer R, etal., J Neural Transm Suppl. 2001;(61):347-59. |
| 10. | Wilhelm BG, etal., Science. 2014 May 30;344(6187):1023-8. doi: 10.1126/science.1252884. |
References - uncurated| PubMed | 7642711 7779099 7782346 15489334 17634366 19056867 19190083 21423176 22082260 22681889 22871113 23376485 23533145 29476059 |
Comparative Map Data| Gdi2 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| GDI2 (Homo sapiens - human) |
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| Gdi2 (Mus musculus - house mouse) |
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| Gdi2 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| GDI2 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| GDI2 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Gdi2 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| GDI2 (Sus scrofa - pig) |
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| GDI2 (Chlorocebus sabaeus - African green monkey) |
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| Gdi2 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position Markers| RH127379 |
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| RH133700 |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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RNA-SEQ Expression| alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
| High | |||||||||||||
| Medium | 3 | 43 | 57 | 41 | 19 | 41 | 8 | 11 | 74 | 35 | 41 | 11 | 8 |
| Low | |||||||||||||
| Below cutoff |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_017276 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| GenBank Nucleotide | AABR07028446 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AAHX01092423 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC061767 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473990 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ221605 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| X74401 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000024952 ⟹ ENSRNOP00000024952 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_017276 ⟹ NP_058972 | ||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
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| Sequence: |
CGCTTTTTTCCCTCTTCCCCCCGGGGCCCAGAACGGCCGGACTTCTCGCTCCCTTCTCTACGGThide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_058972 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| GenBank Protein | AAH61767 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| CAA52412 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL78588 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| P50399 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_058972 ⟸ NM_017276 |
| - UniProtKB: | P50399 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MNEEYDVIVLGTGLTECILSGIMSVNGKKVLHMDQNPYYGGESASITPLEDLYKRFKLPGQPPAhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000024952 ⟸ ENSRNOT00000024952 |
TranscriptomePromoters| RGD ID: | 13700553 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R11077 | ||||||||
| Type: | multiple initiation site | ||||||||
| Name: | Gdi2_1 | ||||||||
| Description: | GDP dissociation inhibitor 2 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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Strain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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Damaging Variants| Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
| 17 | 72004720 | 72004721 | G | A | snv | SBH/Ygl (MCW) |
| 17 | 72007450 | 72007451 | G | A | snv | DOB/Oda (KyushuU) |
| 17 | 72012757 | 72012758 | A | T | snv | DOB/Oda (KyushuU) |
| 17 | 72012865 | 72012866 | C | T | snv | DOB/Oda (KyushuU) |
| 17 | 72014750 | 72014751 | T | C | snv | DOB/Oda (KyushuU) |
| 17 | 72014762 | 72014763 | T | C | snv | DOB/Oda (KyushuU), SBH/Ygl (MCW) |
| Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
| 17 | 70299969 | 70299970 | A | C | snv | CDR, SBH/Ygl (MCW) |
| 17 | 70299970 | 70299971 | A | T | snv | SBH/Ygl (MCW), CDR |
| 17 | 70300469 | 70300470 | G | A | snv | CDR, SBH/Ygl (MCW) |
| 17 | 70300489 | 70300490 | A | G | snv | SBH/Ygl (MCW) |
| 17 | 70303199 | 70303200 | G | A | snv | SBH/Ygl (MCW), CDR |
| 17 | 70308614 | 70308615 | C | T | snv | SBH/Ygl (MCW) |
| 17 | 70310499 | 70310500 | T | C | snv | SBH/Ygl (RGD), CDR, SBH/Ygl (MCW) |
| 17 | 70310511 | 70310512 | T | C | snv | CDR, SBH/Ygl (MCW), BBDP/Wor (RGD), SBH/Ygl (RGD) |
External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:61802 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000018091 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000024952 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000024952 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Gene3D-CATH | 3.50.50.60 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:5621162 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | FAD/NAD-bd_sf | UniProtKB/Swiss-Prot |
| GDP_dissociation_inhibitor | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| RabGDI | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:29662 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| MGC_CLONE | MGC:72501 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 29662 | ENTREZGENE |
| PANTHER | PTHR11787 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Pfam | GDI | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PhenoGen | Gdi2 | PhenoGen |
| PRINTS | RABGDI | UniProtKB/Swiss-Prot |
| RABGDIREP | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Superfamily-SCOP | SSF51905 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| TIGR | TC204503 | |
| UniGene | Rn.1441 | ENTREZGENE |
| UniProt | GDIB_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE |
| UniProt Secondary | Q6P797 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2004-09-10 | Gdi2 | GDP dissociation inhibitor 2 | Gdi3 | guanosine diphosphate dissociation inhibitor 3 | Symbol and Name updated | 1299863 | APPROVED |
| 2002-06-10 | Gdi3 | guanosine diphosphate dissociation inhibitor 3 | Name updated | 70584 | APPROVED |
RGD Curation Notes| Note Type | Note | Reference |
|---|---|---|
| gene_expression | ubiquitously expressed | 61604 |
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| More on Gdi2 | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
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Ensembl Gene |
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JBrowse: rn5 rn6 |
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NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 61802 |
| Created: | 2001-04-11 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2020-03-04 |
| Status: | ACTIVE |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
