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Gene Annotator (Functional Annotation) |
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 Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailble Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailable |
InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
GViewer (Genome Viewer) |
Variant Visualizer (Damaging Variants) |
 Gene Annotator (Annotation Comparison) unavailable |
 OLGA (Gene List Generator) unavailable |
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Gene Annotator (Annotation Comparison) |
OLGA (Gene List Generator) |
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 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - ClinVar | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| schizophrenia | ISO | RGD:730907 | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Schizophrenia | ClinVar | PMID:21681106, PMID:30208311 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsMolecular Pathway AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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Molecular Pathway AnnotationsReferences - curated| 1. | Bettler B, etal., Neuron 1992 Feb;8(2):257-65. |
| 2. | Feligioni M, etal., J Neurochem. 2006 Oct;99(2):549-60. Epub 2006 Aug 11. |
| 3. | Garcia EP, etal., Neuron. 1998 Oct;21(4):727-39. |
| 4. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 5. | GOA data from the GO Consortium |
| 6. | Jiang HX, etal., J Neurosci Res. 2007 Oct;85(13):2960-70. |
| 7. | Kim M, etal., Auton Neurosci. 2008 Feb 29;138(1-2):83-90. Epub 2007 Dec 21. |
| 8. | Lomeli H, etal., FEBS Lett 1992 Jul 28;307(2):139-43. |
| 9. | Lu CR, etal., J Comp Neurol. 2005 May 30;486(2):169-78. |
| 10. | Lucifora S, etal., Pain. 2006 Jan;120(1-2):97-105. Epub 2005 Dec 15. |
| 11. | Mathern GW, etal., Neurobiol Dis. 1998 Sep;5(3):151-76. |
| 12. | MGD data from the GO Consortium |
| 13. | NCBI rat LocusLink and RefSeq merged data July 26, 2002 |
| 14. | Paternain AV, etal., J Neurosci. 2000 Jan 1;20(1):196-205. |
| 15. | Pipeline to import KEGG annotations from KEGG into RGD |
| 16. | Ren Z, etal., J Neurosci. 2003 Jul 23;23(16):6608-16. |
| 17. | RGD automated data pipeline |
| 18. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 19. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 20. | Sander T, etal., Am J Med Genet 1997 Jul 25;74(4):416-21. |
| 21. | Santiago AR, etal., Invest Ophthalmol Vis Sci. 2006 Sep;47(9):4130-7. |
| 22. | Schiffer HH, etal., Neuron 1997 Nov;19(5):1141-6. |
| 23. | Smolders I, etal., Nat Neurosci 2002 Aug;5(8):796-804. |
| 24. | Sussman HM, etal., J Speech Hear Res. 1975 Mar;18(1):74-81. |
| 25. | Wyneken U, etal., Neuroscience. 2001;102(1):65-74. |
References - uncurated| PubMed | 1310861 1321949 1373632 12477932 12533602 12954862 15796762 16814779 17110338 17174564 22114280 22345355 22509486 23288040 23975096 |
Comparative Map Data| Grik5 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| GRIK5 (Homo sapiens - human) |
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| Grik5 (Mus musculus - house mouse) |
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| Grik5 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| GRIK5 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| GRIK5 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Grik5 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| GRIK5 (Sus scrofa - pig) |
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| GRIK5 (Chlorocebus sabaeus - African green monkey) |
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| Grik5 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position Markers| D1Wox65 |
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| BF404569 |
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| RH139022 |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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RNA-SEQ Expression| alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
| High | |||||||||||||
| Medium | 22 | 6 | 6 | 6 | 73 | 20 | 33 | ||||||
| Low | 3 | 20 | 38 | 24 | 17 | 24 | 7 | 10 | 1 | 15 | 8 | 11 | 7 |
| Below cutoff | 1 | 13 | 11 | 2 | 11 | 1 | 1 | 1 |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_031508 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_006228382 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008758889 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AAHX01004281 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AAHX01004282 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01004283 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01004284 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01004285 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AC114696 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC101853 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473979 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| U08258 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| Z11581 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000027578 ⟹ ENSRNOP00000027578 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_031508 ⟹ NP_113696 | ||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
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| Sequence: |
TCTCTCCTCCATTTTCTCCTTTCCCCTTCCTCCCCTCCTGGCCCGCCCTTTGCTTTTCCACCTGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006228382 ⟹ XP_006228444 | ||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||
| Sequence: |
CCTCTCCTCTCTCCCCTTCTCTCCTCCATTTTCTCCTTTCCCCTTCCTCCCCTCCTGGCCCGCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_008758889 ⟹ XP_008757111 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
||||||||
| Sequence: |
CCTCTCCTCTCTCCCCTTCTCTCCTCCATTTTCTCCTTTCCCCTTCCTCCCCTCCTGGCCCGCChide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_113696 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_006228444 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_008757111 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAA17831 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| CAA77667 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM08047 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM08048 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Q63273 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_113696 ⟸ NM_031508 |
| - Peptide Label: | precursor |
| - UniProtKB: | Q63273 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MPAELLLLLIVAFANPSCQVLSSLRMAAILDDQTVCGRGERLALALAREQINGIIEVPAKARVEhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006228444 ⟸ XM_006228382 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - Sequence: |
MPAELLLLLIVAFANPSCQVLSSLRMAAILDDQTVCGRGERLALALAREQINGIIEVPAKARVEhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_008757111 ⟸ XM_008758889 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - Sequence: |
MPAELLLLLIVAFANPSCQVLSSLRMAAILDDQTVCGRGERLALALAREQINGIIEVPAKARVEhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000027578 ⟸ ENSRNOT00000027578 |
TranscriptomeStrain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:2735 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000020310 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000027578 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000027578 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| InterPro | ANF_lig-bd_rcpt | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Glu/Gly-bd | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Iono_rcpt_met | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Iontro_rcpt | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Peripla_BP_I | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | rno:24407 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| NCBI Gene | 24407 | ENTREZGENE |
| Pfam | ANF_receptor | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Lig_chan | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Lig_chan-Glu_bd | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PharmGKB | GRIK5 | RGD |
| PhenoGen | Grik5 | PhenoGen |
| PRINTS | NMDARECEPTOR | UniProtKB/Swiss-Prot |
| SMART | Lig_chan-Glu_bd | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PBPe | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Superfamily-SCOP | SSF53822 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| UniGene | Rn.74042 | ENTREZGENE |
| UniProt | GRIK5_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE |
| UniProt Secondary | Q62643 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2016-02-11 | Grik5 | glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 5 | Grik5 | glutamate receptor, ionotropic, kainate 5 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2002-06-10 | Grik5 | Glutamate receptor, ionotropic, kainate 5 | Symbol and Name status set to approved | 70586 | APPROVED |
RGD Curation Notes| Note Type | Note | Reference |
|---|---|---|
| gene_disease | allelic variants of the gene are associated with susceptibility to juvenile absence epilepsy | 625595 |
| gene_drugs | antagonists (LY377770 and LY382884 ) prevent and interrupt limbic seizures induced by intra-hippocampal pilocarpine perfusion | 625595 |
| gene_function | receptor for kainic acid ( a powerful convulsant) | 625595 |
| gene_process | plays a role in frequency facilitation and induction of long-term potentiation (LTP) in mossy fiber pathways and in excitatory drives of inhibitory CA1 interneurons | 625595 |
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| More on Grik5 | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
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Ensembl Gene |
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JBrowse: rn5 rn6 |
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NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 2735 |
| Created: | 2000-05-25 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2020-05-05 |
| Status: | ACTIVE |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
