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Genomics
Clinical Variants
miRNA Target Status
Predicted Target Of
Summary Value | Count of predictions: | 769 | Count of miRNA genes: | 542 | Interacting mature miRNAs: | 594 | Transcripts: | ENST00000501224, ENST00000519870, ENST00000520023, ENST00000523789 | Prediction methods: | Microtar, Miranda, Rnahybrid | Result types: | miRGate_prediction | |
The detailed report is available here: | Full Report | CSV | TAB | Printer | ||||
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
Markers in Region
D11S3114 |
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D10S275 |
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RH36905 |
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GDB:631813 |
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Expression
RNA-SEQ Expression
High: > 1000 TPM value
Medium: Between 11 and 1000 TPMLow: Between 0.5 and 10 TPM Below Cutoff: < 0.5 TPM
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | sensory system | visual system | adipose tissue | appendage | entire extraembryonic component | pharyngeal arch | |
High | ||||||||||||||||||
Medium | 1 | 66 | 7 | 1 | 73 | 192 | 2 | 7 | ||||||||||
Low | 1875 | 1520 | 1414 | 413 | 747 | 268 | 3370 | 1156 | 3381 | 152 | 1118 | 1308 | 153 | 1 | 893 | 2039 | 2 | 1 |
Below cutoff | 548 | 1449 | 234 | 200 | 1148 | 187 | 968 | 1033 | 279 | 231 | 140 | 292 | 20 | 311 | 741 | 3 |
Sequence
Nucleotide Sequences
RefSeq Acc Id: | ENST00000501224 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
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RefSeq Acc Id: | ENST00000519870 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENST00000520023 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENST00000523789 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENST00000656705 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENST00000659934 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENST00000664346 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NR_126027 | ||||||||||||||||
RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||
Type: | NON-CODING | ||||||||||||||||
Position: |
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Sequence: |
Promoters
RGD ID: | 15096198 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEWNC_H1030 | ||||||||
Type: | initiation region | ||||||||
Name: | EXTL3-AS1_1 | ||||||||
Description: | EXTL3 antisense RNA 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27985] | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEWNC (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing.; Paired-end sequencing. | ||||||||
Position: |
|
Additional Information
External Database Links
Database | Acc Id | Source(s) |
COSMIC | EXTL3-AS1 | COSMIC |
Ensembl Genes | ENSG00000246339 | Ensembl, ENTREZGENE |
Ensembl Transcript | ENST00000520023 | ENTREZGENE |
GTEx | ENSG00000246339 | GTEx |
HGNC ID | HGNC:27985 | ENTREZGENE |
Human Proteome Map | EXTL3-AS1 | Human Proteome Map |
NCBI Gene | EXTL3-AS1 | ENTREZGENE |
PharmGKB | PA142672369 | PharmGKB |
RNAcentral | URS00000AF6D5 | RNACentral |
Nomenclature History
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2012-08-21 | EXTL3-AS1 | EXTL3 antisense RNA 1 | EXTL3-AS1 | EXTL3 antisense RNA 1 (non-protein coding) | Symbol and/or name change | 5135510 | APPROVED |
2012-04-24 | EXTL3-AS1 | EXTL3 antisense RNA 1 (non-protein coding) | C8orf50 | chromosome 8 open reading frame 50 | Symbol and/or name change | 5135510 | APPROVED |