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Imported Disease Annotations - OMIMTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | syndromic microphthalmia 8 | | ISO | RGD:1345268 | 7240710 | | OMIM | | |
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Imported Disease Annotations - OMIMTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | syndromic microphthalmia 8 | | ISO | RGD:1345268 | 7240710 | | OMIM | | |
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1. | Gallon M and Cullen PJ, Biochem Soc Trans. 2015 Feb;43(1):33-47. doi: 10.1042/BST20140290. |
2. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
3. | RGD automated data pipeline |
4. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
5. | RGD comprehensive gene curation |
PMID:9819414 | PMID:11279102 | PMID:11433298 | PMID:12477932 | PMID:15673616 | PMID:17622474 | PMID:18767904 | PMID:19056867 | PMID:19576982 | PMID:20482551 | PMID:21725319 | PMID:22719997 |
PMID:22871113 | PMID:23237080 | PMID:23376485 | PMID:23416069 | PMID:24344282 |
Snx3 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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SNX3 (Homo sapiens - human) |
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Snx3 (Mus musculus - house mouse) |
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Snx3 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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SNX3 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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SNX3 (Canis lupus familiaris - dog) |
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Snx3 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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SNX3 (Sus scrofa - pig) |
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SNX3 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Snx3 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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REN49968 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 3 | 43 | 57 | 41 | 19 | 41 | 8 | 11 | 74 | 35 | 41 | 11 | 8 |
Low | |||||||||||||
Below cutoff |
RefSeq Transcripts | NM_001044283 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_039099063 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_039099064 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | BC086341 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
BC107918 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BC158608 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
CH474025 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
FQ211490 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
FQ231492 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
FQ234595 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
JACYVU010000330 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000074532 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
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RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000075924 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
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RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000103931 ⟹ ENSRNOP00000082616 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NM_001044283 ⟹ NP_001037748 | ||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
Position: |
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Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_039099063 ⟹ XP_038954991 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | XM_039099064 ⟹ XP_038954992 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
Protein RefSeqs | NP_001037748 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
XP_038954991 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_038954992 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | AAH86341 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
AAI07919 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
AAI58609 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
EDL99706 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
Q5U211 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_001037748 ⟸ NM_001044283 |
- UniProtKB: | Q5U211 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_038954991 ⟸ XM_039099063 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
RefSeq Acc Id: | XP_038954992 ⟸ XM_039099064 |
- Peptide Label: | isoform X2 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000082616 ⟸ ENSRNOT00000103931 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-Q5U211-F1-model_v2 | AlphaFold | Q5U211 | 1-162 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
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Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1595151 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-3359 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000046705 | Ensembl, ENTREZGENE |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000087527 | ENTREZGENE |
ENSRNOP00000092005 | ENTREZGENE | |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000074532 | ENTREZGENE |
ENSRNOT00000075924 | ENTREZGENE | |
Gene3D-CATH | 3.30.1520.10 | UniProtKB/Swiss-Prot |
IMAGE_CLONE | IMAGE:7301775 | IMAGE-MGC_LOAD |
IMAGE:7301779 | IMAGE-MGC_LOAD | |
IMAGE:7458016 | IMAGE-MGC_LOAD | |
InterPro | Phox | UniProtKB/Swiss-Prot |
PX_dom_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
PX_SNX3_Vert | UniProtKB/Swiss-Prot | |
KEGG Report | rno:684097 | UniProtKB/Swiss-Prot |
MGC_CLONE | MGC:105945 | IMAGE-MGC_LOAD |
MGC:125029 | IMAGE-MGC_LOAD | |
MGC:187477 | IMAGE-MGC_LOAD | |
NCBI Gene | 684097 | ENTREZGENE |
Pfam | PF00787 | UniProtKB/Swiss-Prot |
PhenoGen | Snx3 | PhenoGen |
PROSITE | PS50195 | UniProtKB/Swiss-Prot |
SMART | SM00312 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Superfamily-SCOP | SSF64268 | UniProtKB/Swiss-Prot |
UniProt | Q5U211 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2010-12-08 | Snx3 | sorting nexin 3 | LOC684097 | similar to sorting nexin 3 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2006-11-20 | LOC684097 | similar to sorting nexin 3 | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |