 Gene Ontology Annotations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function
 |
Welcome {{ username}}
Message Center
{{ messageCount }} Messages
Watched Genes
{{$index + 1}}. {{ watchedObject.symbol }} (RGD ID:{{watchedObject.rgdId}})
Watched Ontology Terms
{{gene.symbol}}: {{ gene.description }}
Save List to My RGD
| Create Name: | |
| Description: |
|
| Save what matters to you |
| {{ loginError }} |
| Sign in with your RGD account |
| Create New Account | Recover Password |
{{ watchLinkText }}
Select categories you would like to watch. Updates to this gene will be send to {{ username }}
Analyze GeneStrainQTL List |
 Gene Annotator (Functional Annotation) unavailable |
 Gene Annotator (Annotation Distribution) unavailable |
 Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailble Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailable |
Gene Annotator (Functional Annotation) |
Gene Annotator (Annotation Distribution) |
Variant Visualizer (Genomic Variants) |
 InterViewer (Protein-Protein Interactions) unavailable |
 Gviewer (Genome Viewer) unavailable |
 Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailble Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailable |
InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
GViewer (Genome Viewer) |
Variant Visualizer (Damaging Variants) |
 Gene Annotator (Annotation Comparison) unavailable |
 OLGA (Gene List Generator) unavailable |
 |
Gene Annotator (Annotation Comparison) |
OLGA (Gene List Generator) |
Excel (Download) |
 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
|
MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Molecular Function
Gene-Chemical Interaction Annotations
|
|
|
Gene Ontology AnnotationsReferences - curated| 1. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 3. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
References - uncuratedGenomics
Comparative Map Data| Glcci1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GLCCI1 (Homo sapiens - human) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glcci1 (Mus musculus - house mouse) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glcci1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GLCCI1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GLCCI1 (Canis lupus familiaris - dog) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glcci1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GLCCI1 (Sus scrofa - pig) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GLCCI1 (Chlorocebus sabaeus - African green monkey) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glcci1 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position Markers| D4Rat11 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| D4Rat89 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| D4Got19 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH137566 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH129175 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| D20S1004 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH79779 |
|
QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
Predicted Target Of
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
||||||||
Expression
RNA-SEQ ExpressionHigh: > 1000 TPM value Medium: Between 11 and 1000 TPM
Low: Between 0.5 and 10 TPM Below Cutoff: < 0.5 TPM
| alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
| High | |||||||||||||
| Medium | 3 | 14 | 15 | 4 | 19 | 4 | 74 | 24 | 36 | 11 | |||
| Low | 29 | 42 | 37 | 37 | 8 | 11 | 11 | 5 | 8 | ||||
| Below cutoff |
View RNA-SEQ Expression Data
Sequence
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_001177442 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| GenBank Nucleotide | AABR07059762 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AABR07059763 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AABR07059764 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AABR07059765 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AABR07059766 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028432 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028433 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028434 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028435 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028436 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028437 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028438 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028439 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028440 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028441 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028442 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028443 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028444 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028445 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028446 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01028447 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC083591 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC100148 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473959 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ230459 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
Reference Sequences
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000011138 ⟹ ENSRNOP00000011138 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000086735 ⟹ ENSRNOP00000068976 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001177442 ⟹ NP_001170913 | ||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||
| Sequence: |
CCAAACGTTGACTTGACCCCGGAAGTAGGCTGAAGGACCGGGCGAGCGGCAAGCTACGGGCAGChide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001170913 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| GenBank Protein | EDM15058 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDM15060 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM15061 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM15062 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
Reference Sequences
| RefSeq Acc Id: | NP_001170913 ⟸ NM_001177442 |
| - Peptide Label: | precursor |
| - UniProtKB: | B2RYK0 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MCRSPWPHMCWQRRASSVTFLTTYCPTMLATTCPDSVDRPKSQQIRNSSTIRRTSSLDTITGPYhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000068976 ⟸ ENSRNOT00000086735 |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000011138 ⟸ ENSRNOT00000011138 |
TranscriptomePromoters| RGD ID: | 13692875 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R3399 | ||||||||
| Type: | multiple initiation site | ||||||||
| Name: | Glcci1_1 | ||||||||
| Description: | glucocorticoid induced 1 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
|
Strain Variation
Strain Sequence Variants (Rnor 6.0)
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||
Additional Information
External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1563612 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000008524 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000011138 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOP00000068976 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000011138 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000086735 | UniProtKB/TrEMBL | |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7939013 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | Glcci1 | UniProtKB/TrEMBL |
| Glcci1/FAM117 | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:296884 | UniProtKB/TrEMBL |
| MGC_CLONE | MGC:188609 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 296884 | ENTREZGENE |
| PANTHER | PTHR14972 | UniProtKB/TrEMBL |
| PTHR14972:SF3 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | FAM117 | UniProtKB/TrEMBL |
| PhenoGen | Glcci1 | PhenoGen |
| UniGene | Rn.45039 | ENTREZGENE |
| UniProt | B2RYK0 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2015-02-25 | Glcci1 | glucocorticoid induced 1 | Glcci1 | glucocorticoid induced transcript 1 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2014-06-27 | Glcci1 | glucocorticoid induced transcript 1 | LOC296884 | hypothetical LOC296884 | Data Merged | 737654 | APPROVED |
| 2010-05-07 | Glcci1 | glucocorticoid induced transcript 1 | RGD1563612 | similar to testhymin | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-04-30 | RGD1563612 | similar to testhymin | RGD1563612_predicted | similar to testhymin (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2006-03-07 | RGD1563612_predicted | similar to testhymin (predicted) | LOC500026 | similar to testhymin | Symbol and Name status set to approved | 1299863 | APPROVED |
| 2006-02-09 | LOC500026 | similar to testhymin | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL | ||
| 2006-02-09 | LOC296884 | hypothetical LOC296884 | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |
 |
| More on Glcci1 | |
|
Alliance Gene |
|
NCBI Gene |
|
Ensembl Gene |
|
|
JBrowse: rn5 rn6 |
|
NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 1563612 |
| Created: | 2006-02-09 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2020-08-20 |
| Status: | ACTIVE |
