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Imported Disease Annotations - OMIMTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | spermatogenic failure 13 | | ISO | RGD:1319196 | 7240710 | | OMIM | | |
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Imported Disease Annotations - OMIMTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | spermatogenic failure 13 | | ISO | RGD:1319196 | 7240710 | | OMIM | | |
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1. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
2. | OMIM Disease Annotation Pipeline |
3. | RGD automated data pipeline |
4. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
5. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
Taf4b (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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TAF4B (Homo sapiens - human) |
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Taf4b (Mus musculus - house mouse) |
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Taf4b (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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TAF4B (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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TAF4B (Canis lupus familiaris - dog) |
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Taf4b (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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TAF4B (Sus scrofa - pig) |
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TAF4B (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Taf4b (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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RH128256 |
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BM392071 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 2 | 1 | 29 | 19 | 1 | ||||||||
Low | 3 | 43 | 55 | 41 | 18 | 41 | 8 | 11 | 74 | 6 | 22 | 10 | 8 |
Below cutoff |
RefSeq Transcripts | XM_006222506 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_006222507 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006254439 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006254440 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_008771990 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_008774091 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_039097304 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | JACYVU010000298 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000037955 ⟹ ENSRNOP00000031359 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
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RefSeq Acc Id: | XM_006254439 ⟹ XP_006254501 | ||||||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006254440 ⟹ XP_006254502 | ||||||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_008771990 ⟹ XP_008770212 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_039097304 ⟹ XP_038953232 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
Protein RefSeqs | XP_006254501 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
XP_006254502 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_008770212 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_038953232 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | XP_006254501 ⟸ XM_006254439 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_006254502 ⟸ XM_006254440 |
- Peptide Label: | isoform X3 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_008770212 ⟸ XM_008771990 |
- Peptide Label: | isoform X2 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000031359 ⟸ ENSRNOT00000037955 |
RefSeq Acc Id: | XP_038953232 ⟸ XM_039097304 |
- Peptide Label: | isoform X2 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-F1LT11-F1-model_v2 | AlphaFold | F1LT11 | 1-828 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
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Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1562997 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-8300 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000026023 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000031359 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000037955 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Gene3D-CATH | 1.10.20.10 | UniProtKB/TrEMBL |
1.20.120.1110 | UniProtKB/TrEMBL | |
InterPro | Histone-fold | UniProtKB/TrEMBL |
TAF4 | UniProtKB/TrEMBL | |
TAF4 | UniProtKB/TrEMBL | |
TAFH/NHR1_dom_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
TAFH_NHR1 | UniProtKB/TrEMBL | |
NCBI Gene | 291773 | ENTREZGENE |
PANTHER | PTHR15138 | UniProtKB/TrEMBL |
Pfam | TAF4 | UniProtKB/TrEMBL |
TAFH | UniProtKB/TrEMBL | |
PhenoGen | Taf4b | PhenoGen |
PROSITE | TAFH | UniProtKB/TrEMBL |
SMART | TAFH | UniProtKB/TrEMBL |
Superfamily-SCOP | Histone-fold | UniProtKB/TrEMBL |
SSF158553 | UniProtKB/TrEMBL | |
UniProt | F1LT11_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2015-11-25 | Taf4b | TATA-box binding protein associated factor 4b | Taf4b | TAF4b RNA polymerase II, TATA box binding protein (TBP)-associated factor, 105kDa | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2012-10-12 | Taf4b | TAF4b RNA polymerase II, TATA box binding protein (TBP)-associated factor, 105kDa | RGD1562997 | similar to Transcription initiation factor TFIID 105 kDa subunit (TAFII-105) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2008-04-30 | RGD1562997 | similar to Transcription initiation factor TFIID 105 kDa subunit (TAFII-105) | RGD1562997_predicted | similar to Transcription initiation factor TFIID 105 kDa subunit (TAFII-105) (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
2006-03-10 | RGD1562997_predicted | similar to Transcription initiation factor TFIID 105 kDa subunit (TAFII-105) (predicted) | similar to Transcription initiation factor TFIID 105 kDa subunit (TAFII-105) (TAFII105) (predicted) | Name updated | 1299863 | APPROVED | |
2006-03-07 | RGD1562997_predicted | similar to Transcription initiation factor TFIID 105 kDa subunit (TAFII-105) (TAFII105) (predicted) | LOC291773 | similar to Transcription initiation factor TFIID 105 kDa subunit (TAFII-105) (TAFII105) | Symbol and Name status set to approved | 1299863 | APPROVED |
2006-02-09 | LOC291773 | similar to Transcription initiation factor TFIID 105 kDa subunit (TAFII-105) (TAFII105) | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |