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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | B-Cell Chronic Lymphocytic Leukemia | | ISO | RGD:1321299 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:18006695 | |
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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | B-Cell Chronic Lymphocytic Leukemia | | ISO | RGD:1321299 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:18006695 | |
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# | Reference Title | Reference Citation |
1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
2. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
3. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
4. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
PMID:12773567 | PMID:14718568 | PMID:17006541 | PMID:17696610 | PMID:21659603 | PMID:22549958 | PMID:31904090 |
Topbp1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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TOPBP1 (Homo sapiens - human) |
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Topbp1 (Mus musculus - house mouse) |
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Topbp1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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TOPBP1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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TOPBP1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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Topbp1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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TOPBP1 (Sus scrofa - pig) |
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TOPBP1 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Topbp1 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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D8Rat107 |
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D8Got170 |
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RH131225 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 2 | 26 | 44 | 30 | 19 | 30 | 1 | 1 | 68 | 24 | 39 | 10 | 1 |
Low | 1 | 17 | 13 | 11 | 11 | 7 | 10 | 6 | 11 | 2 | 1 | 7 | |
Below cutoff |
RefSeq Transcripts | XM_001072207 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_006226542 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006243684 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_008757855 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_008757856 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_008766589 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_039082587 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_236578 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | CH473954 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
JACYVU010000200 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000013265 ⟹ ENSRNOP00000013265 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000109766 ⟹ ENSRNOP00000096497 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000115411 ⟹ ENSRNOP00000087421 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | XM_039082587 ⟹ XP_038938515 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
Protein RefSeqs | XP_038938515 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
GenBank Protein | EDL77383 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000013265 ⟸ ENSRNOT00000013265 |
RefSeq Acc Id: | XP_038938515 ⟸ XM_039082587 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000096497 ⟸ ENSRNOT00000109766 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000087421 ⟸ ENSRNOT00000115411 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-D3ZRG0-F1-model_v2 | AlphaFold | D3ZRG0 | 1-1318 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
RGD ID: | 13696231 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_R6755 | ||||||||
Type: | initiation region | ||||||||
Name: | Topbp1_1 | ||||||||
Description: | DNA topoisomerase II binding protein 1 | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
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Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1562949 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-29326 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000009789 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000013265.8 | UniProtKB/TrEMBL |
ENSRNOP00000087421.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
ENSRNOP00000096497 | ENTREZGENE | |
ENSRNOP00000096497.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000013265.8 | UniProtKB/TrEMBL |
ENSRNOT00000109766 | ENTREZGENE | |
ENSRNOT00000109766.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
ENSRNOT00000115411.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
Gene3D-CATH | 3.40.50.10190 | UniProtKB/TrEMBL |
InterPro | BRCT | UniProtKB/TrEMBL |
BRCT_dom_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
TopBP1_BRCT_1 | UniProtKB/TrEMBL | |
NCBI Gene | 315969 | ENTREZGENE |
Pfam | BRCT | UniProtKB/TrEMBL |
PTCB-BRCT | UniProtKB/TrEMBL | |
PhenoGen | Topbp1 | PhenoGen |
PROSITE | BRCT | UniProtKB/TrEMBL |
SMART | BRCT | UniProtKB/TrEMBL |
Superfamily-SCOP | BRCT | UniProtKB/TrEMBL |
UniProt | A0A8I6GFZ6_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
A0A8I6GM39_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
D3ZRG0_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2017-08-16 | Topbp1 | DNA topoisomerase II binding protein 1 | Topbp1 | topoisomerase (DNA) II binding protein 1 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2008-07-28 | Topbp1 | topoisomerase (DNA) II binding protein 1 | Topbp1 | topoisomerase (DNA) II beta binding protein | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2008-03-03 | Topbp1 | topoisomerase (DNA) II beta binding protein | RGD1562949_predicted | similar to mKIAA0259 protein (predicted) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2006-03-07 | RGD1562949_predicted | similar to mKIAA0259 protein (predicted) | LOC315969 | similar to mKIAA0259 protein | Symbol and Name status set to approved | 1299863 | APPROVED |
2006-02-09 | LOC315969 | similar to mKIAA0259 protein | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |