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 Gene Annotator (Annotation Distribution) unavailable |
 Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailble Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailable |
Gene Annotator (Functional Annotation) |
Gene Annotator (Annotation Distribution) |
Variant Visualizer (Genomic Variants) |
 InterViewer (Protein-Protein Interactions) unavailable |
 Gviewer (Genome Viewer) unavailable |
 Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailble Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailable |
InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
GViewer (Genome Viewer) |
Variant Visualizer (Damaging Variants) |
 Gene Annotator (Annotation Comparison) unavailable |
 OLGA (Gene List Generator) unavailable |
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Gene Annotator (Annotation Comparison) |
OLGA (Gene List Generator) |
Excel (Download) |
 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - CTD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| microcephaly | ISO | RGD:1602096 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:21983783 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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References - curated| 1. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | OMIM Disease Annotation Pipeline |
| 3. | RGD automated data pipeline |
| 4. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 5. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 6. | Strausberg RL, etal., Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Dec 24;99(26):16899-903. Epub 2002 Dec 11. |
References - uncuratedComparative Map Data| Cep63 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| CEP63 (Homo sapiens - human) |
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| Cep63 (Mus musculus - house mouse) |
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| Cep63 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| CEP63 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| CEP63 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Cep63 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| CEP63 (Sus scrofa - pig) |
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| CEP63 (Chlorocebus sabaeus - African green monkey) |
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| Cep63 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position Markers| BF390936 |
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| AI012039 |
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| D9Mgc48e |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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RNA-SEQ Expression| alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
| High | |||||||||||||
| Medium | 3 | 30 | 31 | 16 | 19 | 16 | 1 | 1 | 67 | 35 | 41 | 11 | 1 |
| Low | 13 | 26 | 25 | 25 | 7 | 10 | 7 | 7 | |||||
| Below cutoff |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_001037772 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| NM_001244805 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| NR_045200 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008766490 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_008766493 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017595591 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AABR07071352 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AAHX01056758 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01056759 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC083632 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC098948 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC161815 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473954 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000031313 ⟹ ENSRNOP00000029550 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000056531 ⟹ ENSRNOP00000053371 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000084413 ⟹ ENSRNOP00000070249 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001037772 ⟹ NP_001032861 | ||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
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| Sequence: |
GAACACCTCCCAGGCATGGGAGTACGAGTCTGTGGTTCTCTTCATGTCTGGTTTCTTCTGTCTThide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NM_001244805 ⟹ NP_001231734 | ||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||
| Sequence: |
GCAAGGGGGAGGTCGAGCGTCGCCATGGGTGCTCCGTTCCACTCCGCACAGCGTGCAGTAAAGAhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NR_045200 | ||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||
| Sequence: |
GCTGCGGCTTGTTGTGCGTTTGCGGCCCTGGCCACCGTGGTGCCGCTAACCTTCTGGCCGCATGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_008766490 ⟹ XP_008764712 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
||||||||
| Sequence: |
TAGGGGGCGGGACGAACGTCGATTTATTGTGACGTGCGCGCGTTCCCGGTCAGAGGAACGGCGGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_008766493 ⟹ XP_008764715 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
||||||||
| Sequence: |
GCGAGCTGCGGCTTGTTGTGCGTTTGCGGCCCTGGCCACCGTGGTGCCGCTAACCTTCTGGCCGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_017595591 ⟹ XP_017451080 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
||||||||
| Sequence: |
TAAGAGAAGTTTAACTTTATAAATGATTTATGTCCATTTCTGATGTATAGATGAAAAACCAGTChide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001032861 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| NP_001231734 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_008764712 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_008764715 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_017451080 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAH98948 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| AAI61815 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL77401 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Q4KLY0 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_001032861 ⟸ NM_001037772 |
| - Peptide Label: | isoform 1 precursor |
| - UniProtKB: | Q4KLY0 (UniProtKB/Swiss-Prot), A0A096MIU4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MGVRVCGSLHVWFLLSFLLVFSTTCAEGHTCQNKGDLAMEALLEGIQTRGHSGGFLTSCEAELQhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NP_001231734 ⟸ NM_001244805 |
| - Peptide Label: | isoform 2 |
| - UniProtKB: | Q4KLY0 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MEALLEGIQTRGHSGGFLTSCEAELQELMKQIDIMVAHKKSEWEGQTHALETCLDMRDRELKALhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_008764712 ⟸ XM_008766490 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - Sequence: |
MNWWPSNLQRWKNRSSTTQSCCQNKGDLAMEALLEGIQTRGHSGGFLTSCEAELQELMKQIDIMhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_008764715 ⟸ XM_008766493 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| - Sequence: |
MNWWPSNLQRWKNRSSTTQSCCQNKGDLAMEALLEGIQTRGHSGGFLTSCEAELQELMKQIDIMhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017451080 ⟸ XM_017595591 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - Sequence: |
MGTNVTILQEQRQKEEKLRESEKLLEALQEEQKELKASLQAQESFILDAKMQEKLQTKLKAVDThide sequence |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000029550 ⟸ ENSRNOT00000031313 |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000070249 ⟸ ENSRNOT00000084413 |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000053371 ⟸ ENSRNOT00000056531 |
TranscriptomePromoters| RGD ID: | 13696225 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R6749 | ||||||||
| Type: | multiple initiation site | ||||||||
| Name: | Cep63_1 | ||||||||
| Description: | centrosomal protein 63 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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Strain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1561183 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000008410 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000029550 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| ENSRNOP00000053371 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOP00000070249 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000031313 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| ENSRNOT00000056531 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| ENSRNOT00000084413 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7134549 | IMAGE-MGC_LOAD |
| IMAGE:9031816 | IMAGE-MGC_LOAD | |
| InterPro | Cep63 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
| Cep63/Deup1_N | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:300963 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| MGC_CLONE | MGC:187263 | IMAGE-MGC_LOAD |
| MGC:94440 | IMAGE-MGC_LOAD | |
| NCBI Gene | 300963 | ENTREZGENE |
| PANTHER | PTHR18875:SF7 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
| Pfam | CEP63 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
| PhenoGen | Cep63 | PhenoGen |
| UniGene | Rn.198215 | ENTREZGENE |
| UniProt | A0A096MIU4 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| A0A0G2JXF3_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| CEP63_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2010-04-20 | Cep63 | centrosomal protein 63kDa | LOC300963 | similar to centrosome protein Cep63 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2010-04-20 | Cep63 | centrosomal protein 63 | Cep63 | centrosomal protein 63kDa | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2006-02-09 | LOC300963 | similar to centrosome protein Cep63 | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |
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| More on Cep63 | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
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Ensembl Gene |
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JBrowse: rn5 rn6 |
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NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 1561183 |
| Created: | 2006-02-09 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2020-08-20 |
| Status: | ACTIVE |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
