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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | urinary bladder cancer | | ISO | RGD:1348814 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:26039340 | |
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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | urinary bladder cancer | | ISO | RGD:1348814 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:26039340 | |
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1. | Davies SL, etal., Biochim Biophys Acta 2004 Nov 17;1667(1):7-14. |
2. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
3. | GOA data from the GO Consortium |
4. | MGD data from the GO Consortium |
5. | RGD automated data pipeline |
6. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
7. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
8. | Strausberg RL, etal., Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Dec 24;99(26):16899-903. Epub 2002 Dec 11. |
PMID:12657561 | PMID:16872584 | PMID:18984587 | PMID:19923415 | PMID:19932740 | PMID:23376777 | PMID:24089410 | PMID:24393035 | PMID:28246125 |
Slc12a7 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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SLC12A7 (Homo sapiens - human) |
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Slc12a7 (Mus musculus - house mouse) |
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Slc12a7 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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SLC12A7 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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SLC12A7 (Canis lupus familiaris - dog) |
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Slc12a7 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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SLC12A7 (Sus scrofa - pig) |
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SLC12A7 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Slc12a7 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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D1Rat9 |
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D1Cebr11 |
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D1Cebr12 |
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RH128389 |
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RH133369 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 3 | 43 | 38 | 22 | 19 | 22 | 31 | 35 | 34 | 11 | |||
Low | 19 | 19 | 19 | 8 | 11 | 43 | 7 | 8 | |||||
Below cutoff |
RefSeq Transcripts | NM_001013144 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_006227789 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_017589091 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_017589092 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | AC142421 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
AH013297 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AY429042 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BC086339 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
CH474002 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
JACYVU010000009 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000022635 ⟹ ENSRNOP00000022635 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000078039 ⟹ ENSRNOP00000074714 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000081339 ⟹ ENSRNOP00000071618 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000112535 ⟹ ENSRNOP00000088698 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NM_001013144 ⟹ NP_001013162 | ||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006227789 ⟹ XP_006227851 | ||||||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_017589091 ⟹ XP_017444580 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_017589092 ⟹ XP_017444581 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
Protein RefSeqs | NP_001013162 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
XP_006227851 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_017444580 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_017444581 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | AAH86339 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
AAQ93479 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
AAQ93480 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
AAQ93481 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
AAR10805 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
EDL87666 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
Q5RK27 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_001013162 ⟸ NM_001013144 |
- UniProtKB: | Q5RK27 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_006227851 ⟸ XM_006227789 |
- Peptide Label: | isoform X2 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_017444580 ⟸ XM_017589091 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_017444581 ⟸ XM_017589092 |
- Peptide Label: | isoform X3 |
- UniProtKB: | A0A0G2K8S1 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000074714 ⟸ ENSRNOT00000078039 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000071618 ⟸ ENSRNOT00000081339 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000022635 ⟸ ENSRNOT00000022635 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000088698 ⟸ ENSRNOT00000112535 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-Q5RK27-F1-model_v2 | AlphaFold | Q5RK27 | 1-1083 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
RGD ID: | 13689565 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_R90 | ||||||||
Type: | initiation region | ||||||||
Name: | Slc12a7_1 | ||||||||
Description: | solute carrier family 12 member 7 | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
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Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1359672 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-61930 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000016372 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000022635 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
ENSRNOP00000071618 | UniProtKB/TrEMBL | |
ENSRNOP00000074714 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000022635 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
ENSRNOT00000078039 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
ENSRNOT00000081339 | UniProtKB/TrEMBL | |
InterPro | AA-permease/SLC12A_dom | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
KCC2 | UniProtKB/TrEMBL | |
KCC4 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
KCL_cotranspt | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
SLC12_C | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
SLC12A_fam | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
KEGG Report | rno:308069 | UniProtKB/Swiss-Prot |
NCBI Gene | 308069 | ENTREZGENE |
PANTHER | PTHR11827 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
PTHR11827:SF47 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
PTHR11827:SF54 | UniProtKB/TrEMBL | |
Pfam | AA_permease | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
SLC12 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
PhenoGen | Slc12a7 | PhenoGen |
PRINTS | KCLTRNSPORT | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
TIGRFAMs | 2a30 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
UniProt | A0A0G2K0X6_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
A0A0G2K8S1 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
Q5RK27 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot | |
UniProt Secondary | Q6T7Y5 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Q6TUA1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
Q6TUA2 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2016-02-25 | Slc12a7 | solute carrier family 12 member 7 | Slc12a7 | solute carrier family 12 (potassium/chloride transporter), member 7 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2013-08-02 | Slc12a7 | solute carrier family 12 (potassium/chloride transporter), member 7 | Slc12a7 | solute carrier family 12 (potassium/chloride transporters), member 7 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2008-09-19 | Slc12a7 | solute carrier family 12 (potassium/chloride transporters), member 7 | Slc12a7 | solute carrier family 12, member 7 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2008-03-07 | Slc12a7 | solute carrier family 12, member 7 | Slc12a7 | solute carrier family 12 (potassium/chloride transporters), member 7 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2005-11-17 | Slc12a7 | solute carrier family 12 (potassium/chloride transporters), member 7 | Symbol and Name updated | 1299863 | APPROVED | ||
2005-07-29 | LOC308069 | K-Cl cotransporter KCC4 | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |