Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | atrial fibrillation | | EXP | | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:29892015 and PMID:30061737 | |
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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | atrial fibrillation | | EXP | | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:29892015 and PMID:30061737 | |
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# | Reference Title | Reference Citation |
1. | GOAs Human GO annotations | GOA_HUMAN data from the GO Consortium |
2. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
3. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
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PMID:33864728 | PMID:33961781 |
SYNPO2L (Homo sapiens - human) |
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Synpo2l (Mus musculus - house mouse) |
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Synpo2l (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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Synpo2l (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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SYNPO2L (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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SYNPO2L (Canis lupus familiaris - dog) |
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Synpo2l (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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SYNPO2L (Sus scrofa - pig) |
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SYNPO2L (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Synpo2l (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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Variants in SYNPO2L
48 total Variants |
Name | Type | Condition(s) | Position(s) | Clinical significance |
GRCh38/hg38 10q21.2-22.2(chr10:62229688-74468143)x1 | copy number loss | See cases [RCV000052530] | Chr10:62229688..74468143 [GRCh38] Chr10:63989447..76227901 [GRCh37] Chr10:63659453..75897907 [NCBI36] Chr10:10q21.2-22.2 |
pathogenic |
GRCh38/hg38 10q22.1-22.2(chr10:72720628-75612374)x1 | copy number loss | See cases [RCV000052531] | Chr10:72720628..75612374 [GRCh38] Chr10:74480386..77372132 [GRCh37] Chr10:74150392..77042138 [NCBI36] Chr10:10q22.1-22.2 |
pathogenic |
GRCh38/hg38 10q21.1-22.2(chr10:58436466-74415216)x1 | copy number loss | See cases [RCV000052511] | Chr10:58436466..74415216 [GRCh38] Chr10:60196226..76174974 [GRCh37] Chr10:59866232..75844980 [NCBI36] Chr10:10q21.1-22.2 |
pathogenic |
NM_001114133.2(SYNPO2L):c.2726C>T (p.Pro909Leu) | single nucleotide variant | Malignant melanoma [RCV000069033] | Chr10:73646926 [GRCh38] Chr10:75406684 [GRCh37] Chr10:75076690 [NCBI36] Chr10:10q22.2 |
not provided |
NM_001114133.2(SYNPO2L):c.84G>A (p.Arg28=) | single nucleotide variant | Malignant melanoma [RCV000069034] | Chr10:73655839 [GRCh38] Chr10:75415597 [GRCh37] Chr10:75085603 [NCBI36] Chr10:10q22.2 |
not provided |
GRCh38/hg38 10q11.21-22.2(chr10:42685306-73715908)x3 | copy number gain | See cases [RCV000134848] | Chr10:42685306..73715908 [GRCh38] Chr10:43180754..75475666 [GRCh37] Chr10:42500760..75145672 [NCBI36] Chr10:10q11.21-22.2 |
pathogenic |
GRCh38/hg38 10q21.3-22.3(chr10:67196567-79422057)x3 | copy number gain | See cases [RCV000135438] | Chr10:67196567..79422057 [GRCh38] Chr10:68956325..81181813 [GRCh37] Chr10:68626331..80851819 [NCBI36] Chr10:10q21.3-22.3 |
pathogenic |
GRCh38/hg38 10q21.3-22.2(chr10:63402579-75296099)x1 | copy number loss | See cases [RCV000136658] | Chr10:63402579..75296099 [GRCh38] Chr10:65162339..77055857 [GRCh37] Chr10:64832345..76725863 [NCBI36] Chr10:10q21.3-22.2 |
pathogenic|likely benign |
GRCh38/hg38 10q11.23-23.2(chr10:50729367-87147204)x3 | copy number gain | See cases [RCV000138007] | Chr10:50729367..87147204 [GRCh38] Chr10:52489127..88906961 [GRCh37] Chr10:52159133..88896941 [NCBI36] Chr10:10q11.23-23.2 |
pathogenic |
GRCh37/hg19 10p15.3-q26.3(chr10:93297-135378918)x3 | copy number gain | See cases [RCV000448750] | Chr10:93297..135378918 [GRCh37] Chr10:10p15.3-q26.3 |
pathogenic |
GRCh37/hg19 10p15.3-q26.3(chr10:100027-135427143) | copy number gain | See cases [RCV000511389] | Chr10:100027..135427143 [GRCh37] Chr10:10p15.3-q26.3 |
pathogenic|uncertain significance |
GRCh37/hg19 10p15.3-q26.3(chr10:100027-135427143)x3 | copy number gain | See cases [RCV000510861] | Chr10:100027..135427143 [GRCh37] Chr10:10p15.3-q26.3 |
pathogenic |
GRCh37/hg19 10q22.2(chr10:75179409-76009153)x3 | copy number gain | See cases [RCV000511191] | Chr10:75179409..76009153 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
GRCh37/hg19 10q11.21-26.3(chr10:42347406-135534747)x1 | copy number loss | Poly (ADP-Ribose) polymerase inhibitor response [RCV000626438] | Chr10:42347406..135534747 [GRCh37] Chr10:10q11.21-26.3 |
drug response |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.1103C>T (p.Ala368Val) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003257092] | Chr10:73648549 [GRCh38] Chr10:75408307 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2878G>A (p.Ala960Thr) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003283667] | Chr10:73646774 [GRCh38] Chr10:75406532 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
GRCh37/hg19 10q21.3-23.32(chr10:69040366-93194993)x3 | copy number gain | not provided [RCV000683289] | Chr10:69040366..93194993 [GRCh37] Chr10:10q21.3-23.32 |
pathogenic |
GRCh37/hg19 10p15.3-q26.3(chr10:98087-135477883)x3 | copy number gain | not provided [RCV000749465] | Chr10:98087..135477883 [GRCh37] Chr10:10p15.3-q26.3 |
pathogenic |
GRCh37/hg19 10p15.3-q26.3(chr10:73232-135524321)x3 | copy number gain | not provided [RCV000749464] | Chr10:73232..135524321 [GRCh37] Chr10:10p15.3-q26.3 |
pathogenic |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.1726A>G (p.Met576Val) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003246268] | Chr10:73647926 [GRCh38] Chr10:75407684 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.1270C>G (p.Arg424Gly) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003248559] | Chr10:73648382 [GRCh38] Chr10:75408140 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
GRCh37/hg19 10q22.2(chr10:75251395-75763287)x1 | copy number loss | not provided [RCV000849346] | Chr10:75251395..75763287 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.1795C>G (p.Pro599Ala) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003252107] | Chr10:73647857 [GRCh38] Chr10:75407615 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.26T>C (p.Val9Ala) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003198635] | Chr10:73655897 [GRCh38] Chr10:75415655 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
GRCh37/hg19 10q21.3-22.3(chr10:68735254-78885714) | copy number loss | not specified [RCV002052875] | Chr10:68735254..78885714 [GRCh37] Chr10:10q21.3-22.3 |
pathogenic |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2069T>C (p.Val690Ala) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003257096] | Chr10:73647583 [GRCh38] Chr10:75407341 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2119C>T (p.Pro707Ser) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003261345] | Chr10:73647533 [GRCh38] Chr10:75407291 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2149A>G (p.Met717Val) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002879991] | Chr10:73647503 [GRCh38] Chr10:75407261 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.640C>A (p.Pro214Thr) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002733173] | Chr10:73653271 [GRCh38] Chr10:75413029 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2798C>A (p.Ala933Asp) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002836634] | Chr10:73646854 [GRCh38] Chr10:75406612 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2912G>A (p.Arg971Lys) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002973118] | Chr10:73646740 [GRCh38] Chr10:75406498 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2599G>A (p.Val867Ile) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002684419] | Chr10:73647053 [GRCh38] Chr10:75406811 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.293C>T (p.Pro98Leu) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002728171] | Chr10:73653618 [GRCh38] Chr10:75413376 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.1228C>T (p.Pro410Ser) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002912059] | Chr10:73648424 [GRCh38] Chr10:75408182 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.500C>T (p.Pro167Leu) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002978117] | Chr10:73653411 [GRCh38] Chr10:75413169 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.977G>A (p.Gly326Asp) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002706817] | Chr10:73648675 [GRCh38] Chr10:75408433 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.989C>T (p.Thr330Met) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003006566] | Chr10:73648663 [GRCh38] Chr10:75408421 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.1660G>A (p.Ala554Thr) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002641945] | Chr10:73647992 [GRCh38] Chr10:75407750 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.1091C>T (p.Ala364Val) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002665464] | Chr10:73648561 [GRCh38] Chr10:75408319 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.619G>A (p.Gly207Arg) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002696816] | Chr10:73653292 [GRCh38] Chr10:75413050 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.745A>T (p.Thr249Ser) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002699101] | Chr10:73653166 [GRCh38] Chr10:75412924 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.1282G>C (p.Ala428Pro) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002893164] | Chr10:73648370 [GRCh38] Chr10:75408128 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.1514C>T (p.Ala505Val) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002901003] | Chr10:73648138 [GRCh38] Chr10:75407896 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.593G>A (p.Arg198His) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002807897] | Chr10:73653318 [GRCh38] Chr10:75413076 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.1994C>T (p.Ala665Val) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002809352] | Chr10:73647658 [GRCh38] Chr10:75407416 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.985C>T (p.Pro329Ser) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002854820] | Chr10:73648667 [GRCh38] Chr10:75408425 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2294G>T (p.Arg765Leu) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002714722] | Chr10:73647358 [GRCh38] Chr10:75407116 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.77A>G (p.Glu26Gly) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003010878] | Chr10:73655846 [GRCh38] Chr10:75415604 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.805A>G (p.Ser269Gly) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002672533] | Chr10:73648847 [GRCh38] Chr10:75408605 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.175G>T (p.Val59Phe) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV002656878] | Chr10:73654211 [GRCh38] Chr10:75413969 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.811A>G (p.Lys271Glu) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003173856] | Chr10:73648841 [GRCh38] Chr10:75408599 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2120dup (p.Pro708fs) | duplication | not provided [RCV003228157] | Chr10:73647531..73647532 [GRCh38] Chr10:75407289..75407290 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2129C>T (p.Ala710Val) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003195717] | Chr10:73647523 [GRCh38] Chr10:75407281 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2606C>G (p.Pro869Arg) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003197359] | Chr10:73647046 [GRCh38] Chr10:75406804 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2713A>G (p.Thr905Ala) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003205882] | Chr10:73646939 [GRCh38] Chr10:75406697 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.221A>G (p.Asp74Gly) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003194260] | Chr10:73654165 [GRCh38] Chr10:75413923 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2389C>G (p.Pro797Ala) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003310006] | Chr10:73647263 [GRCh38] Chr10:75407021 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
GRCh37/hg19 10p14-q26.3(chr10:11138692-135427143) | copy number gain | Distal trisomy 10q [RCV003319593] | Chr10:11138692..135427143 [GRCh37] Chr10:10p14-q26.3 |
pathogenic |
GRCh37/hg19 10p13-q26.3(chr10:12829206-135427143) | copy number loss | Distal 10q deletion syndrome [RCV003319583] | Chr10:12829206..135427143 [GRCh37] Chr10:10p13-q26.3 |
pathogenic |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2186C>T (p.Pro729Leu) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003374519] | Chr10:73647466 [GRCh38] Chr10:75407224 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2582T>C (p.Met861Thr) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003354249] | Chr10:73647070 [GRCh38] Chr10:75406828 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.2389C>A (p.Pro797Thr) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003368644] | Chr10:73647263 [GRCh38] Chr10:75407021 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
NM_001114133.3(SYNPO2L):c.1571G>A (p.Gly524Glu) | single nucleotide variant | Inborn genetic diseases [RCV003364005] | Chr10:73648081 [GRCh38] Chr10:75407839 [GRCh37] Chr10:10q22.2 |
uncertain significance |
GRCh37/hg19 10q11.21-24.2(chr10:42709645-100834951)x3 | copy number gain | not provided [RCV003484798] | Chr10:42709645..100834951 [GRCh37] Chr10:10q11.21-24.2 |
pathogenic |
The detailed report is available here: | Full Report | CSV | TAB | Printer | ||||
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
D10S188 |
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RH102916 |
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D10S283 |
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D10S463 |
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D10S1313E |
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sY3084 |
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D11S2921 |
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MARC_17634-17635:1019143787:1 |
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D10S188 |
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alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | sensory system | visual system | adipose tissue | appendage | entire extraembryonic component | |
High | |||||||||||||||||
Medium | 6 | 833 | 6 | 17 | 17 | 805 | 1191 | 16 | 28 | 17 | 805 | ||||||
Low | 175 | 414 | 167 | 79 | 550 | 19 | 459 | 155 | 323 | 36 | 600 | 632 | 69 | 1 | 103 | 233 | 4 |
Below cutoff | 2182 | 1663 | 1383 | 373 | 1252 | 292 | 3066 | 846 | 3382 | 278 | 819 | 917 | 87 | 1090 | 1748 | 1 |
RefSeq Transcripts | NM_001114133 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
NM_024875 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_005270158 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_005270159 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | AA176924 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
AB188489 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AC073389 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK022983 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK095931 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK295873 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BC131776 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BC142635 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BX502518 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
CH471083 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
CP068268 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
DA685385 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
DC391557 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
W73753 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
W92641 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENST00000372873 ⟹ ENSP00000361964 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENST00000394810 ⟹ ENSP00000378289 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENST00000606523 ⟹ ENSP00000475768 | ||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NM_001114133 ⟹ NP_001107605 | ||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | NM_024875 ⟹ NP_079151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence: |
Protein RefSeqs | NP_001107605 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
NP_079151 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | AAI31777 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
AAI42636 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAB14346 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAD37139 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAG53169 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAG58671 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
EAW54507 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
EAW54508 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
Ensembl Protein | ENSP00000361964 | ||
ENSP00000361964.4 | |||
ENSP00000378289 | |||
ENSP00000378289.2 | |||
ENSP00000475768.1 | |||
GenBank Protein | Q9H987 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_001107605 ⟸ NM_001114133 |
- Peptide Label: | isoform a |
- UniProtKB: | A5PKV9 (UniProtKB/Swiss-Prot), Q68A20 (UniProtKB/Swiss-Prot), Q9H987 (UniProtKB/Swiss-Prot), B4DJ09 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | NP_079151 ⟸ NM_024875 |
- Peptide Label: | isoform b |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSP00000361964 ⟸ ENST00000372873 |
RefSeq Acc Id: | ENSP00000378289 ⟸ ENST00000394810 |
RefSeq Acc Id: | ENSP00000475768 ⟸ ENST00000606523 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-Q9H987-F1-model_v2 | AlphaFold | Q9H987 | 1-977 | view protein structure |
RGD ID: | 7217859 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_H14675 | ||||||||
Type: | initiation region | ||||||||
Name: | SYNPO2L_2 | ||||||||
Description: | synaptopodin 2 like | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Alternative Promoters: | null; see alsoEPDNEW_H14676 | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 7217861 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_H14676 | ||||||||
Type: | initiation region | ||||||||
Name: | SYNPO2L_1 | ||||||||
Description: | synaptopodin 2 like | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Alternative Promoters: | null; see alsoEPDNEW_H14675 | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 6788286 | ||||||||
Promoter ID: | HG_KWN:10066 | ||||||||
Type: | Non-CpG | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | MPROMDB | ||||||||
Tissues & Cell Lines: | Lymphoblastoid | ||||||||
Transcripts: | OTTHUMT00000048667 | ||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 6788293 | ||||||||
Promoter ID: | HG_KWN:10068 | ||||||||
Type: | Non-CpG | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | MPROMDB | ||||||||
Tissues & Cell Lines: | NB4 | ||||||||
Transcripts: | ENST00000372872, OTTHUMT00000316562 | ||||||||
Position: |
|
Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | HGNC:23532 | AgrOrtholog |
COSMIC | SYNPO2L | COSMIC |
Ensembl Genes | ENSG00000166317 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Transcript | ENST00000372873 | ENTREZGENE |
ENST00000372873.8 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
ENST00000394810 | ENTREZGENE | |
ENST00000394810.3 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
ENST00000606523.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
Gene3D-CATH | 2.30.42.10 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
GTEx | ENSG00000166317 | GTEx |
HGNC ID | HGNC:23532 | ENTREZGENE |
Human Proteome Map | SYNPO2L | Human Proteome Map |
InterPro | PDZ | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
PDZ_sf | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
KEGG Report | hsa:79933 | UniProtKB/Swiss-Prot |
NCBI Gene | 79933 | ENTREZGENE |
PANTHER | PUTATIVE-RELATED | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
SYNAPTOPODIN 2-LIKE PROTEIN | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
Pfam | PDZ | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
PharmGKB | PA134889033 | PharmGKB |
PROSITE | PDZ | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
SMART | PDZ | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
Superfamily-SCOP | PDZ domain-like | UniProtKB/TrEMBL, UniProtKB/Swiss-Prot |
UniProt | A3KMG7_HUMAN | UniProtKB/TrEMBL |
A5PKV9 | ENTREZGENE | |
B4DJ09 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
Q68A20 | ENTREZGENE | |
Q9H987 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot | |
U3KQD0_HUMAN | UniProtKB/TrEMBL | |
UniProt Secondary | A5PKV9 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Q68A20 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2016-02-10 | SYNPO2L | synaptopodin 2 like | synaptopodin 2-like | Symbol and/or name change | 5135510 | APPROVED |