 Gene-Chemical Interaction Annotations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology Annotations |
Welcome {{ username}}
Message Center
{{ messageCount }} Messages
Watched Genes
{{$index + 1}}. {{ watchedObject.symbol }} (RGD ID:{{watchedObject.rgdId}})
Watched Ontology Terms
{{gene.symbol}}: {{ gene.description }}
Save List to My RGD
| Create Name: | |
| Description: |
|
| Save what matters to you |
| {{ loginError }} |
| Sign in with your RGD account |
| Create New Account | Recover Password |
{{ watchLinkText }}
Select categories you would like to watch. Updates to this gene will be send to {{ username }}
Analyze GeneStrainQTL List |
 Gene Annotator (Functional Annotation) unavailable |
 Gene Annotator (Annotation Distribution) unavailable |
 Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailble Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailable |
Gene Annotator (Functional Annotation) |
Gene Annotator (Annotation Distribution) |
Variant Visualizer (Genomic Variants) |
 InterViewer (Protein-Protein Interactions) unavailable |
 Gviewer (Genome Viewer) unavailable |
 Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailble Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailable |
InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
GViewer (Genome Viewer) |
Variant Visualizer (Damaging Variants) |
 Gene Annotator (Annotation Comparison) unavailable |
 OLGA (Gene List Generator) unavailable |
 |
Gene Annotator (Annotation Comparison) |
OLGA (Gene List Generator) |
Excel (Download) |
 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
|
MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Gene Ontology AnnotationsDisease Annotations
|
|
Gene-Chemical Interaction Annotations
|
|
|
Gene Ontology AnnotationsBiological Process
|
|
Cellular Component
|
|
Molecular Function
|
|
References - curated| 1. | GOA_HUMAN data from the GO Consortium |
| 2. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
References - uncurated| PubMed | 9763657 11306602 11780052 12477932 12923186 17006541 18976975 19274049 21873635 22360420 23251661 24588599 29117863 30067948 |
Genomics
Comparative Map Data| TCFL5 (Homo sapiens - human) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tcfl5 (Mus musculus - house mouse) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tcfl5 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tcfl5 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TCFL5 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TCFL5 (Canis lupus familiaris - dog) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tcfl5 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TCFL5 (Sus scrofa - pig) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position Markers| SHGC-35186 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH36237 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH66084 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH16374 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH64147 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH38988 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH103064 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SHGC-34346 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| D11S3114 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| D10S16 | No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RH80031 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| D8S2279 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TCFL5 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| D10S16 |
|
miRNA Target Status
Predicted Target Of
| The detailed report is available here: |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
||||||||
Expression
Sequence
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_001301726 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| NM_006602 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_005260185 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_011528497 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_024451808 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_024451809 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_024451810 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_024451811 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_024451812 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_024451813 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_002958453 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_002958454 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AB012124 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AF070992 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AJ271337 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AL035669 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC015689 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC046933 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC065520 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BU632218 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CA419503 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH471077 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
Reference Sequences
| RefSeq Acc Id: | NM_001301726 ⟹ NP_001288655 | ||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||
| Sequence: |
CGGGCCGGGGGTCGCCTCCCGCCTCCCGCCTCCCGCCTCCCGCCGCCCGCCGCCCGCGTCGCCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NM_006602 ⟹ NP_006593 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
CGGGCCGGGGGTCGCCTCCCGCCTCCCGCCTCCCGCCTCCCGCCGCCCGCCGCCCGCGTCGCCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_005260185 ⟹ XP_005260242 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
CGCCGCCCGCCGCCCGCGTCGCCCTCGCCGCCGTTGGGCCGCGCCGCGCCGCCATGTCGGGCCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_011528497 ⟹ XP_011526799 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
CGCCGCCCGCCGCCCGCGTCGCCCTCGCCGCCGTTGGGCCGCGCCGCGCCGCCATGTCGGGCCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_024451808 ⟹ XP_024307576 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
GGGGGTCGCCTCCCGCCTCCCGCCTCCCGCCTCCCGCCGCCCGCCGCCCGCGTCGCCCTCGCCGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_024451809 ⟹ XP_024307577 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
CGCCGCCCGCCGCCCGCGTCGCCCTCGCCGCCGTTGGGCCGCGCCGCGCCGCCATGTCGGGCCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_024451810 ⟹ XP_024307578 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
CGCCGCCCGCCGCCCGCGTCGCCCTCGCCGCCGTTGGGCCGCGCCGCGCCGCCATGTCGGGCCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_024451811 ⟹ XP_024307579 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
CGCCGCCCGCCGCCCGCGTCGCCCTCGCCGCCGTTGGGCCGCGCCGCGCCGCCATGTCGGGCCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_024451812 ⟹ XP_024307580 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
CGCCGCCCGCCGCCCGCGTCGCCCTCGCCGCCGTTGGGCCGCGCCGCGCCGCCATGTCGGGCCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_024451813 ⟹ XP_024307581 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
CGCCGCCCGCCGCCCGCGTCGCCCTCGCCGCCGTTGGGCCGCGCCGCGCCGCCATGTCGGGCCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XR_002958453 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | NON-CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
CGCCGCCCGCCGCCCGCGTCGCCCTCGCCGCCGTTGGGCCGCGCCGCGCCGCCATGTCGGGCCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XR_002958454 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | NON-CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
CGCCGCCCGCCGCCCGCGTCGCCCTCGCCGCCGTTGGGCCGCGCCGCGCCGCCATGTCGGGCCChide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001288655 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| NP_006593 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_005260242 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_011526799 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_024307576 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_024307577 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_024307578 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_024307579 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_024307580 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_024307581 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAD53986 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| AAH46933 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| BAA36557 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| CAC24700 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EAW75329 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EAW75330 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EAW75331 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Q9UL49 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
Reference Sequences
| RefSeq Acc Id: | NP_006593 ⟸ NM_006602 |
| - Peptide Label: | isoform 1 |
| - UniProtKB: | Q9UL49 (UniProtKB/Swiss-Prot), Q86TP4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MSGPGPREPPPEAGAAGGEAAVEGAGGGDAALGEPGLSFTTTDLSLVEMTEVEYTQLQHILCSHhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_005260242 ⟸ XM_005260185 |
| - Peptide Label: | isoform X3 |
| - Sequence: |
MSGPGPREPPPEAGAAGGEAAVEGAGGGDAALGEPGLSFTTTDLSLVEMTEVEYTQLQHILCSHhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NP_001288655 ⟸ NM_001301726 |
| - Peptide Label: | isoform 2 |
| - UniProtKB: | Q86TP4 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MSGPGPREPPPEAGAAGGEAAVEGAGGGDAALGEPGLSFTTTDLSLVEMTEVEYTQLQHILCSHhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_011526799 ⟸ XM_011528497 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - Sequence: |
MSGPGPREPPPEAGAAGGEAAVEGAGGGDAALGEPGLSFTTTDLSLVEMTEVEYTQLQHILCSHhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_024307581 ⟸ XM_024451813 |
| - Peptide Label: | isoform X8 |
| - Sequence: |
MSGPGPREPPPEAGAAGGEAAVEGAGGGDAALGEPGLSFTTTDLSLVEMTEVEYTQLQHILCSHhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_024307580 ⟸ XM_024451812 |
| - Peptide Label: | isoform X7 |
| - Sequence: |
MSGPGPREPPPEAGAAGGEAAVEGAGGGDAALGEPGLSFTTTDLSLVEMTEVEYTQLQHILCSHhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_024307576 ⟸ XM_024451808 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - Sequence: |
MSGPGPREPPPEAGAAGGEAAVEGAGGGDAALGEPGLSFTTTDLSLVEMTEVEYTQLQHILCSHhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_024307578 ⟸ XM_024451810 |
| - Peptide Label: | isoform X5 |
| - Sequence: |
MSGPGPREPPPEAGAAGGEAAVEGAGGGDAALGEPGLSFTTTDLSLVEMTEVEYTQLQHILCSHhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_024307577 ⟸ XM_024451809 |
| - Peptide Label: | isoform X4 |
| - Sequence: |
MSGPGPREPPPEAGAAGGEAAVEGAGGGDAALGEPGLSFTTTDLSLVEMTEVEYTQLQHILCSHhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_024307579 ⟸ XM_024451811 |
| - Peptide Label: | isoform X6 |
| - Sequence: |
MSGPGPREPPPEAGAAGGEAAVEGAGGGDAALGEPGLSFTTTDLSLVEMTEVEYTQLQHILCSHhide sequence |
Promoters| RGD ID: | 6812094 | |||||||||
| Promoter ID: | HG_ACW:49993 | |||||||||
| Type: | Non-CpG | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | MPROMDB | |||||||||
| Tissues & Cell Lines: | K562 | |||||||||
| Transcripts: | TCFL5.KAPR07-UNSPLICED | |||||||||
| Position: |
|
| RGD ID: | 6798680 | |||||||||
| Promoter ID: | HG_KWN:40130 | |||||||||
| Type: | CpG-Island | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | MPROMDB | |||||||||
| Tissues & Cell Lines: | CD4+TCell, CD4+TCell_12Hour, HeLa_S3, K562, Lymphoblastoid, NB4 | |||||||||
| Transcripts: | ENST00000217162, NM_006602, UC002YDO.1, UC002YDQ.2 | |||||||||
| Position: |
|
| RGD ID: | 13602350 | |||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_H27359 | |||||||||
| Type: | initiation region | |||||||||
| Name: | TCFL5_1 | |||||||||
| Description: | transcription factor like 5 | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
| Position: |
|
Clinical Variants| Name | Type | Condition(s) | Position(s) | Clinical significance |
| GRCh38/hg38 20q13.33(chr20:62455231-63839491)x1 | copy number loss | Developmental Delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000052768]|Developmental delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000052768]|See cases [RCV000052768] | Chr20:62455231..63839491 [GRCh38] Chr20:61030287..62470844 [GRCh37] Chr20:60463682..61941288 [NCBI36] Chr20:20q13.33 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 20q13.33(chr20:62545370-64241486)x1 | copy number loss | Developmental Delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000052769]|Developmental delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000052769]|See cases [RCV000052769] | Chr20:62545370..64241486 [GRCh38] Chr20:61142577..62872839 [GRCh37] Chr20:60553022..62343283 [NCBI36] Chr20:20q13.33 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 20q13.33(chr20:62561794-63331723)x1 | copy number loss | Developmental Delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000052770]|Developmental delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000052770]|See cases [RCV000052770] | Chr20:62561794..63331723 [GRCh38] Chr20:61211869..61963075 [GRCh37] Chr20:60569446..61433519 [NCBI36] Chr20:20q13.33 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 20q13.12-13.33(chr20:44787704-64277321)x3 | copy number gain | Developmental Delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000053035]|Abnormality of the heart [RCV000053036]|Developmental delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000053035]|See cases [RCV000053035] | Chr20:44787704..64277321 [GRCh38] Chr20:43416345..62908674 [GRCh37] Chr20:42849759..62379118 [NCBI36] Chr20:20q13.12-13.33 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 20q13.33(chr20:62561794-64277321)x1 | copy number loss | See cases [RCV000133842] | Chr20:62561794..64277321 [GRCh38] Chr20:61211869..62908674 [GRCh37] Chr20:60569446..62379118 [NCBI36] Chr20:20q13.33 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 20q13.32-13.33(chr20:59041966-64277321)x3 | copy number gain | See cases [RCV000135805] | Chr20:59041966..64277321 [GRCh38] Chr20:57617021..62908674 [GRCh37] Chr20:57050416..62379118 [NCBI36] Chr20:20q13.32-13.33 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 20p13-q13.33(chr20:99557-64277321)x3 | copy number gain | See cases [RCV000135859] | Chr20:99557..64277321 [GRCh38] Chr20:80198..62908674 [GRCh37] Chr20:28198..62379118 [NCBI36] Chr20:20p13-q13.33 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 20q13.2-13.33(chr20:56198032-64277321)x3 | copy number gain | See cases [RCV000138035] | Chr20:56198032..64277321 [GRCh38] Chr20:54773088..62908674 [GRCh37] Chr20:54206495..62379118 [NCBI36] Chr20:20q13.2-13.33 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 20q13.33(chr20:61326549-64277326)x3 | copy number gain | See cases [RCV000139100] | Chr20:61326549..64277326 [GRCh38] Chr20:59901605..62908679 [GRCh37] Chr20:59335000..62379123 [NCBI36] Chr20:20q13.33 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 20q13.31-13.33(chr20:57229415-64273089)x3 | copy number gain | See cases [RCV000141347] | Chr20:57229415..64273089 [GRCh38] Chr20:55804471..62904442 [GRCh37] Chr20:55237878..62374886 [NCBI36] Chr20:20q13.31-13.33 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 20q13.33(chr20:62582073-64284202)x1 | copy number loss | See cases [RCV000141744] | Chr20:62582073..64284202 [GRCh38] Chr20:61179280..62915555 [GRCh37] Chr20:60589725..62385999 [NCBI36] Chr20:20q13.33 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 20q13.33(chr20:62663307-64284202)x1 | copy number loss | See cases [RCV000141676] | Chr20:62663307..64284202 [GRCh38] Chr20:61294659..62915555 [GRCh37] Chr20:60765104..62385999 [NCBI36] Chr20:20q13.33 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 20q13.2-13.33(chr20:53236165-64284202)x3 | copy number gain | See cases [RCV000143584] | Chr20:53236165..64284202 [GRCh38] Chr20:51852704..62915555 [GRCh37] Chr20:51286111..62385999 [NCBI36] Chr20:20q13.2-13.33 |
likely pathogenic |
| GRCh37/hg19 20q13.33(chr20:60882468-62045494)x1 | copy number loss | Ductal breast carcinoma [RCV000207130] | Chr20:60882468..62045494 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
uncertain significance |
| chr20:60885242-61929348 complex variant | complex | Ductal breast carcinoma [RCV000207152] | Chr20:60885242..61929348 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
uncertain significance |
| GRCh37/hg19 20q13.33(chr20:61429900-62293991)x1 | copy number loss | See cases [RCV000240573] | Chr20:61429900..62293991 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
pathogenic |
| NM_001853.4(COL9A3):c.*302A>G | single nucleotide variant | Multiple Epiphyseal Dysplasia, Dominant [RCV000311444] | Chr20:62841034 [GRCh38] Chr20:61472386 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
benign |
| NM_001853.4(COL9A3):c.*356C>T | single nucleotide variant | Multiple Epiphyseal Dysplasia, Dominant [RCV000400944] | Chr20:62841088 [GRCh38] Chr20:61472440 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
benign |
| GRCh37/hg19 20q13.33(chr20:61337529-62904501)x1 | copy number loss | not provided [RCV000488148] | Chr20:61337529..62904501 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
likely pathogenic |
| NM_001853.4(COL9A3):c.*319A>C | single nucleotide variant | Multiple Epiphyseal Dysplasia, Dominant [RCV000368477] | Chr20:62841051 [GRCh38] Chr20:61472403 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
uncertain significance |
| NM_001853.4(COL9A3):c.*409C>T | single nucleotide variant | Multiple Epiphyseal Dysplasia, Dominant [RCV000300888] | Chr20:62841141 [GRCh38] Chr20:61472493 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
uncertain significance |
| GRCh37/hg19 20q13.33(chr20:60473339-62915555)x3 | copy number gain | See cases [RCV000446009] | Chr20:60473339..62915555 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
uncertain significance |
| GRCh37/hg19 20q13.2-13.33(chr20:51542616-62915555)x3 | copy number gain | See cases [RCV000511980] | Chr20:51542616..62915555 [GRCh37] Chr20:20q13.2-13.33 |
likely pathogenic |
| GRCh37/hg19 20p13-q13.33(chr20:61569-62915555)x3 | copy number gain | See cases [RCV000510832] | Chr20:61569..62915555 [GRCh37] Chr20:20p13-q13.33 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 20p13-q13.33(chr20:61569-62915555) | copy number gain | See cases [RCV000512450] | Chr20:61569..62915555 [GRCh37] Chr20:20p13-q13.33 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 20q13.33(chr20:61022397-61738592)x1 | copy number loss | not provided [RCV000684122] | Chr20:61022397..61738592 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
uncertain significance |
| GRCh37/hg19 20p13-q13.33(chr20:63244-62948788)x3 | copy number gain | not provided [RCV000741058] | Chr20:63244..62948788 [GRCh37] Chr20:20p13-q13.33 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 20p13-q13.33(chr20:63244-62961294)x3 | copy number gain | not provided [RCV000741059] | Chr20:63244..62961294 [GRCh37] Chr20:20p13-q13.33 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 20q13.33(chr20:60053234-62961294)x3 | copy number gain | not provided [RCV000741328] | Chr20:60053234..62961294 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 20q13.33(chr20:60063645-62961294)x3 | copy number gain | not provided [RCV000741329] | Chr20:60063645..62961294 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 20q13.33(chr20:61422360-61512691)x3 | copy number gain | not provided [RCV000741356] | Chr20:61422360..61512691 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
benign |
| GRCh37/hg19 20q13.33(chr20:61441797-61512691)x3 | copy number gain | not provided [RCV000741357] | Chr20:61441797..61512691 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
benign |
| GRCh37/hg19 20q13.33(chr20:61441901-61512691)x3 | copy number gain | not provided [RCV000741359] | Chr20:61441901..61512691 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
benign |
| GRCh37/hg19 20q13.33(chr20:61485123-61512691)x3 | copy number gain | not provided [RCV000741360] | Chr20:61485123..61512691 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
benign |
| GRCh37/hg19 20p13-q13.33(chr20:63244-62912463)x3 | copy number gain | not provided [RCV000741057] | Chr20:63244..62912463 [GRCh37] Chr20:20p13-q13.33 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 20q13.2-13.33(chr20:54143747-62194881) | copy number gain | not provided [RCV000767669] | Chr20:54143747..62194881 [GRCh37] Chr20:20q13.2-13.33 |
pathogenic |
| NM_001853.4(COL9A3):c.*276G>A | single nucleotide variant | Multiple Epiphyseal Dysplasia, Dominant [RCV000398234] | Chr20:62841008 [GRCh38] Chr20:61472360 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
uncertain significance |
| Single allele | deletion | Epilepsy [RCV000787419] | Chr20:61347565..61502268 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
uncertain significance |
| GRCh37/hg19 20q13.33(chr20:60946209-61975606)x3 | copy number gain | not provided [RCV000847979] | Chr20:60946209..61975606 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
uncertain significance |
| GRCh37/hg19 20q13.33(chr20:61327990-61529781)x3 | copy number gain | not provided [RCV000848409] | Chr20:61327990..61529781 [GRCh37] Chr20:20q13.33 |
uncertain significance |
Additional Information
External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | HGNC:11646 | AgrOrtholog |
| COSMIC | TCFL5 | COSMIC |
| Ensembl Genes | ENSG00000101190 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Ensembl Protein | ENSP00000217162 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSP00000334294 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Ensembl Transcript | ENST00000217162 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENST00000335351 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Gene3D-CATH | 4.10.280.10 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| GTEx | ENSG00000101190 | GTEx |
| HGNC ID | HGNC:11646 | ENTREZGENE |
| Human Proteome Map | TCFL5 | Human Proteome Map |
| InterPro | bHLH_dom | UniProtKB/Swiss-Prot |
| HLH_DNA-bd_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| TCFL5 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | hsa:10732 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| NCBI Gene | 10732 | ENTREZGENE |
| OMIM | 604745 | OMIM |
| PANTHER | PTHR15402 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Pfam | HLH | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PharmGKB | PA36398 | PharmGKB |
| PROSITE | BHLH | UniProtKB/Swiss-Prot |
| SMART | HLH | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Superfamily-SCOP | SSF47459 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| UniGene | Hs.126248 | ENTREZGENE |
| UniProt | F8W9A4_HUMAN | UniProtKB/TrEMBL |
| Q86TP4 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Q9UL49 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot | |
| UniProt Secondary | O94771 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Q9BYW0 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2016-04-12 | TCFL5 | transcription factor like 5 | transcription factor-like 5 (basic helix-loop-helix) | Symbol and/or name change | 5135510 | APPROVED |
 |
| More on TCFL5 | |
|
Alliance Gene |
|
NCBI Gene |
|
Ensembl Gene |
|
|
JBrowse: hg19 hg38 |
|
HGNC Report |
|
NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 1348705 |
| Created: | 2005-03-08 |
| Species: | Homo sapiens |
| Last Modified: | 2019-11-26 |
| Status: | ACTIVE |
