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InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
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Gene Annotator (Annotation Comparison) |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
![]() Biological Process Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | anaphase-promoting complex-dependent catabolic process | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-174143 more ... | antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-1236978 | Fc-epsilon receptor signaling pathway | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-2454202 | interleukin-1-mediated signaling pathway | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-9020702 | MAPK cascade | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-5673001 | negative regulation of canonical Wnt signaling pathway | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-4641258 | negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-8854044 | NIK/NF-kappaB signaling | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-5676590 | positive regulation of canonical Wnt signaling pathway | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-4641257 | post-translational protein modification | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-597592 | proteasome assembly | | IEA | InterPro:IPR019538 | 2290271 | | InterPro | GO_REF:0000002 | proteasome regulatory particle assembly | | IDA | | 2290271 | (PMID:19490896) | UniProt | PMID:19490896 | proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-174255 more ... | protein deubiquitination | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-5688426 | protein polyubiquitination | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-983168 | regulation of cellular amino acid metabolic process | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-350562 | regulation of hematopoietic stem cell differentiation | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-8939236 | regulation of mitotic cell cycle phase transition | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-174113 | regulation of mRNA stability | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-450408 | regulation of transcription from RNA polymerase II promoter in response to hypoxia | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-1234174 | SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-8854071 | stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-5621481 | T cell receptor signaling pathway | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-202403 | transmembrane transport | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-382556 | tumor necrosis factor-mediated signaling pathway | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-5668541 | Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway | | TAS | | 2290271 | | Reactome | Reactome:R-HSA-4086400 | |
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1. | GOA_HUMAN data from the GO Consortium |
2. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
PubMed | 1317798 7559544 7584044 8125911 8576261 8811196 9079628 9811770 9846577 10625621 10893419 11285280 12167863 12419264 12477932 12665801 12719574 12750511 12791267 12808465 12808466 12809610 12830140 12840737 12859895 12914693 12920286 12970355 14527406 14528300 14528301 14550573 14557625 14564014 14614829 14702039 15029244 15489334 16189514 16341674 17148452 17392787 18029348 19013454 19217412 19322201 19412159 19490896 19535905 19589775 19738201 21516116 21832049 21873635 22863883 22901813 22921402 22939629 23503661 23751493 23824909 25416956 26344197 26496610 27107012 27107014 27114453 27371349 28190767 28366632 28514442 28539385 29426014 29467282 29507755 29509190 29716915 30217970 30425250 30442766 30575818 |
PSMD5 (Homo sapiens - human) |
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Psmd5 (Mus musculus - house mouse) |
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Psmd5 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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Psmd5 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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PSMD5 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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PSMD5 (Canis lupus familiaris - dog) |
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Psmd5 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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PSMD5 (Sus scrofa - pig) |
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SHGC-31585 |
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RH35526 |
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RH25302 |
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STS-D31889 |
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D7S3207 |
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GDB:312794 |
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L17877 |
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D1S1425 |
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The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
RefSeq Transcripts | NM_001270427 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
NM_005047 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | AK001065 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
AK026925 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK291051 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AK303007 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
AL161911 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BC014478 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
BM835267 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
CH471090 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
D31889 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
HY023459 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
S79862 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | NM_001270427 ⟹ NP_001257356 | |||||||||||||||||||
RefSeq Status: | REVIEWED | |||||||||||||||||||
Type: | CODING | |||||||||||||||||||
Position: |
|
|||||||||||||||||||
Sequence: |
GGCAGCCCCATAGCCATCTCAGGGACAAGGAGGCTGTGATCAGATCTCGCGAGGTTCAGGAAAGhide sequence |
RefSeq Acc Id: | NM_005047 ⟹ NP_005038 | |||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | REVIEWED | |||||||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | |||||||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
|||||||||||||||||||||||||||||
Sequence: |
GGCAGCCCCATAGCCATCTCAGGGACAAGGAGGCTGTGATCAGATCTCGCGAGGTTCAGGAAAGhide sequence |
Protein RefSeqs | NP_001257356 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
NP_005038 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | AAB35397 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
AAH14478 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAA06687 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAF83740 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
BAG64140 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
EAW87471 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
Q16401 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_005038 ⟸ NM_005047 |
- Peptide Label: | isoform 1 |
- UniProtKB: | Q16401 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
- Sequence: |
MAAQALALLREVARLEAPLEELRALHSVLQAVPLNELRQQAAELRLGPLFSLLNENHREKTTLChide sequence |
RefSeq Acc Id: | NP_001257356 ⟸ NM_001270427 |
- Peptide Label: | isoform 2 |
- UniProtKB: | Q16401 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
- Sequence: |
MAAQALALLREVARLEAPLEELRALHSVLQAVPLNELRQQAAELRLGPLFSLLNENHREKTTLChide sequence |
RGD ID: | 7216023 | |||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_H13758 | |||||||||
Type: | initiation region | |||||||||
Name: | PSMD5_1 | |||||||||
Description: | proteasome 26S subunit, non-ATPase 5 | |||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 6807486 | |||||||||
Promoter ID: | HG_KWN:64733 | |||||||||
Type: | Non-CpG | |||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
Source: | MPROMDB | |||||||||
Tissues & Cell Lines: | K562 | |||||||||
Transcripts: | ENST00000373903 | |||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 6807994 | |||||||||
Promoter ID: | HG_KWN:64734 | |||||||||
Type: | Non-CpG | |||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
Source: | MPROMDB | |||||||||
Tissues & Cell Lines: | K562 | |||||||||
Transcripts: | OTTHUMT00000053829 | |||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 6808037 | |||||||||
Promoter ID: | HG_KWN:64735 | |||||||||
Type: | CpG-Island | |||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
Source: | MPROMDB | |||||||||
Tissues & Cell Lines: | CD4+TCell, CD4+TCell_12Hour, CD4+TCell_2Hour, HeLa_S3, Jurkat, K562, Lymphoblastoid, NB4 | |||||||||
Transcripts: | ENST00000373904, ENST00000373915, NR_024408, OTTHUMT00000053825, OTTHUMT00000053826, OTTHUMT00000053830, UC004BKP.2 | |||||||||
Position: |
|
Name | Type | Condition(s) | Position(s) | Clinical significance |
GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:193412-138179445)x3 | copy number gain | Global developmental delay [RCV000050347]|Developmental Delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000050348]|Developmental delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000050348]|See cases [RCV000050348] | Chr9:193412..138179445 [GRCh38] Chr9:204193..141073897 [GRCh37] Chr9:194193..140193718 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:193412-138124532)x3 | copy number gain | Intrauterine growth retardation [RCV000053745]|See cases [RCV000053745] | Chr9:193412..138124532 [GRCh38] Chr9:204193..141018984 [GRCh37] Chr9:194193..140138805 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:193412-138179445)x3 | copy number gain | Developmental Delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000053748]|Developmental delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000053748]|See cases [RCV000053748] | Chr9:193412..138179445 [GRCh38] Chr9:266045..141073897 [GRCh37] Chr9:256045..140193718 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:193412-138114463)x3 | copy number gain | Developmental Delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000053746]|Developmental delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000053746]|See cases [RCV000053746] | Chr9:193412..138114463 [GRCh38] Chr9:214367..141008915 [GRCh37] Chr9:204367..140128736 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:204193-138179445) | copy number gain | See cases [RCV000133791] | Chr9:204193..138179445 [GRCh38] Chr9:204193..141073897 [GRCh37] Chr9:194193..140193718 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:193412-138124524)x3 | copy number gain | See cases [RCV000138783] | Chr9:193412..138124524 [GRCh38] Chr9:204090..141018976 [GRCh37] Chr9:194090..140138797 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
GRCh38/hg38 9p11.2-q34.3(chr9:193412-138159073)x3 | copy number gain | See cases [RCV000139207] | Chr9:193412..138159073 [GRCh38] Chr9:68420641..141053525 [GRCh37] Chr9:67910461..140173346 [NCBI36] Chr9:9p11.2-q34.3 |
pathogenic |
GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:193412-138159073)x3 | copy number gain | See cases [RCV000138962] | Chr9:193412..138159073 [GRCh38] Chr9:204104..141053525 [GRCh37] Chr9:194104..140173346 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic|conflicting data from submitters |
GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:203861-138125937)x3 | copy number gain | See cases [RCV000141876] | Chr9:203861..138125937 [GRCh38] Chr9:203861..141020389 [GRCh37] Chr9:193861..140140210 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:203862-138125937)x3 | copy number gain | See cases [RCV000143476] | Chr9:203862..138125937 [GRCh38] Chr9:203862..141020389 [GRCh37] Chr9:193862..140140210 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:193412-138179445)x3 | copy number gain | See cases [RCV000148113] | Chr9:193412..138179445 [GRCh38] Chr9:204193..141073897 [GRCh37] Chr9:194193..140193718 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
GRCh37/hg19 9p24.3-q34.3(chr9:163131-141122114)x3 | copy number gain | See cases [RCV000240081] | Chr9:163131..141122114 [GRCh37] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
GRCh37/hg19 9p24.3-q34.3(chr9:62525-141006407) | copy number gain | See cases [RCV000449375] | Chr9:62525..141006407 [GRCh37] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
GRCh37/hg19 9p24.3-q34.3(chr9:203861-141020389)x3 | copy number gain | See cases [RCV000447207] | Chr9:203861..141020389 [GRCh37] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
GRCh37/hg19 9q31.1-33.3(chr9:104604851-126253089)x1 | copy number loss | See cases [RCV000447763] | Chr9:104604851..126253089 [GRCh37] Chr9:9q31.1-33.3 |
pathogenic |
GRCh37/hg19 9p24.3-q34.3(chr9:203864-141020389)x3 | copy number gain | See cases [RCV000448978] | Chr9:203864..141020389 [GRCh37] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
GRCh37/hg19 9q21.11-34.3(chr9:71069743-140999928) | copy number gain | Global developmental delay [RCV000626548]|Seizures [RCV000626548] | Chr9:71069743..140999928 [GRCh37] Chr9:9q21.11-34.3 |
likely pathogenic |
GRCh37/hg19 9p24.3-q34.3(chr9:203862-141020389) | copy number gain | See cases [RCV000512392] | Chr9:203862..141020389 [GRCh37] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
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GRCh37/hg19 9p24.3-q34.3(chr9:10590-141114095)x2 | copy number gain | not provided [RCV000748054] | Chr9:10590..141114095 [GRCh37] Chr9:9p24.3-q34.3 |
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Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | HGNC:9563 | AgrOrtholog |
COSMIC | PSMD5 | COSMIC |
Ensembl Genes | ENSG00000095261 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Ensembl Protein | ENSP00000210313 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
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Ensembl Transcript | ENST00000210313 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
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Gene3D-CATH | 1.25.10.10 | UniProtKB/Swiss-Prot |
GTEx | ENSG00000095261 | GTEx |
HGNC ID | HGNC:9563 | ENTREZGENE |
Human Proteome Map | PSMD5 | Human Proteome Map |
InterPro | ARM-like | UniProtKB/Swiss-Prot |
ARM-type_fold | UniProtKB/Swiss-Prot | |
PSMD5 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
KEGG Report | hsa:5711 | UniProtKB/Swiss-Prot |
NCBI Gene | 5711 | ENTREZGENE |
OMIM | 604452 | OMIM |
PANTHER | PTHR13554 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Pfam | Proteasom_PSMB | UniProtKB/Swiss-Prot |
PharmGKB | PA33909 | PharmGKB |
Superfamily-SCOP | SSF48371 | UniProtKB/Swiss-Prot |
UniGene | Hs.193725 | ENTREZGENE |
UniProt | F2Z3J2_HUMAN | UniProtKB/TrEMBL |
PSMD5_HUMAN | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE | |
Q4VXH0_HUMAN | UniProtKB/TrEMBL | |
UniProt Secondary | B4DZM8 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Q15045 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
Q4VXG8 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2015-08-18 | PSMD5 | proteasome 26S subunit, non-ATPase 5 | PSMD5 | proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 5 | Symbol and/or name change | 5135510 | APPROVED |
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More on PSMD5 | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
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Ensembl Gene |
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JBrowse: hg19 hg38 |
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HGNC Report |
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NCBI Genome Data Viewer |
RGD Object Information | |
RGD ID: | 1318199 |
Created: | 2005-01-12 |
Species: | Homo sapiens |
Last Modified: | 2019-11-26 |
Status: | ACTIVE |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.