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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Acute Erythroleukemia | | ISO | RGD:1323380 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:30926971 | |
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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Acute Erythroleukemia | | ISO | RGD:1323380 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:30926971 | |
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# | Reference Title | Reference Citation |
1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
2. | Rat ISS GO annotations from GOA human gene data--August 2006 | GOA data from the GO Consortium |
3. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
4. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
5. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
6. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
PMID:11991638 | PMID:12477932 | PMID:19946888 | PMID:21892174 | PMID:22658674 | PMID:22681889 | PMID:25086295 | PMID:25920683 | PMID:26712909 |
Ddx41 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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DDX41 (Homo sapiens - human) |
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Ddx41 (Mus musculus - house mouse) |
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Ddx41 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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DDX41 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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DDX41 (Canis lupus familiaris - dog) |
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Ddx41 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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DDX41 (Sus scrofa - pig) |
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DDX41 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Ddx41 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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RH130507 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 3 | 35 | 52 | 36 | 19 | 36 | 1 | 74 | 35 | 41 | 11 | ||
Low | 8 | 5 | 5 | 5 | 8 | 10 | 8 | ||||||
Below cutoff |
RefSeq Transcripts | NM_001108046 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XR_005495290 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | AC121413 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
BC166825 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
CH474032 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
JACYVU010000284 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000018114 ⟹ ENSRNOP00000018114 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000097585 ⟹ ENSRNOP00000088216 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000118011 ⟹ ENSRNOP00000090065 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NM_001108046 ⟹ NP_001101516 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XR_005495290 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | NON-CODING | ||||||||
Position: |
|
Protein RefSeqs | NP_001101516 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
GenBank Protein | AAI66825 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
EDL93970 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_001101516 ⟸ NM_001108046 |
- UniProtKB: | B2RYL8 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000018114 ⟸ ENSRNOT00000018114 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000090065 ⟸ ENSRNOT00000118011 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000088216 ⟸ ENSRNOT00000097585 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-B2RYL8-F1-model_v2 | AlphaFold | B2RYL8 | 1-622 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
RGD ID: | 13700301 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_R10824 | ||||||||
Type: | multiple initiation site | ||||||||
Name: | Ddx41_1 | ||||||||
Description: | DEAD-box helicase 41 | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
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Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
17 | 11745747 | 11745748 | G | A | snv | IS/Kyo (KyushuU), NIG-III/Hok (KyushuU), F344/DuCrlCrlj (KyushuU), LE/Stm (KyushuU), HTX/Kyo (KyushuU), F344/Stm (KyushuU), ZFDM (KyushuU), LEC/Tj (KyushuU), F344/Jcl (KyushuU), BDIX/NemOda (KyushuU), DOB/Oda (KyushuU), KFRS3B/Kyo (KyushuU), HWY/Slc (KyushuU) |
Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1311758 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-10212 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000012771 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000018114 | ENTREZGENE |
ENSRNOP00000018114.5 | UniProtKB/TrEMBL | |
ENSRNOP00000088216.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
ENSRNOP00000090065.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000018114 | ENTREZGENE |
ENSRNOT00000018114.6 | UniProtKB/TrEMBL | |
ENSRNOT00000097585.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
ENSRNOT00000118011.1 | UniProtKB/TrEMBL | |
Gene3D-CATH | 3.40.50.300 | UniProtKB/TrEMBL |
IMAGE_CLONE | IMAGE:8370850 | IMAGE-MGC_LOAD |
InterPro | DEAD-like_N | UniProtKB/TrEMBL |
DEADc_DDX41 | UniProtKB/TrEMBL | |
DNA/RNA_helicase_C | UniProtKB/TrEMBL | |
DNA/RNA_helicase_DEAD/DEAH_N | UniProtKB/TrEMBL | |
P-loop_NTPase | UniProtKB/TrEMBL | |
RNA_helicase_DEAD_Q_motif | UniProtKB/TrEMBL | |
KEGG Report | rno:314336 | UniProtKB/TrEMBL |
MGC_CLONE | MGC:188708 | IMAGE-MGC_LOAD |
NCBI Gene | 314336 | ENTREZGENE |
Pfam | DEAD | UniProtKB/TrEMBL |
Helicase_C | UniProtKB/TrEMBL | |
PhenoGen | Ddx41 | PhenoGen |
PROSITE | HELICASE_ATP_BIND_1 | UniProtKB/TrEMBL |
HELICASE_CTER | UniProtKB/TrEMBL | |
Q_MOTIF | UniProtKB/TrEMBL | |
SMART | DEXDc | UniProtKB/TrEMBL |
HELICc | UniProtKB/TrEMBL | |
Superfamily-SCOP | SSF52540 | UniProtKB/TrEMBL |
UniProt | A0A8I6AB28_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
A0A8I6GGV4_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
B2RYL8 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2021-03-09 | Ddx41 | DEAD-box helicase 41 | LOC100910720 | probable ATP-dependent RNA helicase DDX41-like | Data Merged | 737654 | PROVISIONAL |
2016-01-13 | Ddx41 | DEAD-box helicase 41 | Ddx41 | DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 41 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2012-07-05 | LOC100910720 | probable ATP-dependent RNA helicase DDX41-like | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL | ||
2008-04-30 | Ddx41 | DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 41 | Ddx41_predicted | DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 41 (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
2005-01-12 | Ddx41_predicted | DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 41 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |