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 Gene Annotator (Functional Annotation) unavailable |
 Gene Annotator (Annotation Distribution) unavailable |
 Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailble Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailable |
Gene Annotator (Functional Annotation) |
Gene Annotator (Annotation Distribution) |
Variant Visualizer (Genomic Variants) |
 InterViewer (Protein-Protein Interactions) unavailable |
 Gviewer (Genome Viewer) unavailable |
 Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailble Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailable |
InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
GViewer (Genome Viewer) |
Variant Visualizer (Damaging Variants) |
 Gene Annotator (Annotation Comparison) unavailable |
 OLGA (Gene List Generator) unavailable |
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Gene Annotator (Annotation Comparison) |
OLGA (Gene List Generator) |
Excel (Download) |
 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - CTD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Spinocerebellar Ataxias | ISO | RGD:1347811 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:18037885 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsDisease AnnotationsGene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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References - curated| 1. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | MGD data from the GO Consortium |
| 3. | OMIM Disease Annotation Pipeline |
| 4. | RGD automated data pipeline |
| 5. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 6. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 7. | Watanabe T, etal., J Cell Biol. 2015 Aug 31;210(5):737-51. doi: 10.1083/jcb.201412075. |
References - uncuratedComparative Map Data| Ttbk2 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| TTBK2 (Homo sapiens - human) |
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| Ttbk2 (Mus musculus - house mouse) |
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| Ttbk2 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| TTBK2 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| TTBK2 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Ttbk2 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| TTBK2 (Sus scrofa - pig) |
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| TTBK2 (Chlorocebus sabaeus - African green monkey) |
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| Ttbk2 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position Markers| AI326283 |
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| RH134184 |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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RNA-SEQ Expression| alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
| High | |||||||||||||
| Medium | 2 | 15 | 2 | 9 | 2 | 74 | 16 | 31 | 8 | ||||
| Low | 3 | 41 | 40 | 37 | 10 | 37 | 8 | 11 | 19 | 10 | 3 | 8 | |
| Below cutoff | 2 | 2 | 2 |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_001107766 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_006234833 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006234834 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006234835 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_006234837 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_017591733 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AABR07053541 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AABR07053542 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01024666 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01024667 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01024668 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01024669 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01024670 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473949 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000066181 ⟹ ENSRNOP00000060585 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000090680 ⟹ ENSRNOP00000070846 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001107766 ⟹ NP_001101236 | ||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||
| Sequence: |
GGGGATGGGCAGGCGGTGGCGGGCCCGCCTGCTCAGCGGTGACTCCTGCGGGTGCGGACCCTGAhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006234833 ⟹ XP_006234895 | ||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||
| Sequence: |
GGCTGTACGGCTTGCGGGGGGGAGAGTAACGTCGGGCCGGGTCAGCGGGCGCTGCAGTAGTCGChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006234834 ⟹ XP_006234896 | ||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||
| Sequence: |
CACACCCCCGAGCCCCAGGGCGTCTCCAAGAAGCCTCCCTGAGCCTGCCTCATCCCTCTCTCTGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006234835 ⟹ XP_006234897 | ||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||
| Sequence: |
GGCTGTACGGCTTGCGGGGGGGAGAGTAACGTCGGGCCGGGTCAGCGGGCGCTGCAGTAGTCGChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_006234837 ⟹ XP_006234899 | ||||||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||
| Sequence: |
CTCCAATCAGCACCCGCGGCGGAGAGAATTGTAAAACTGGTAAGATCAAGTGCCTGTTGAAAGAhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_017591733 ⟹ XP_017447222 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
||||||||
| Sequence: |
AGGCTGTACGGCTTGCGGGGGGGAGAGTAACGTCGGGCCGGGTCAGCGGGCGCTGCAGTAGTCGhide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001101236 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_006234895 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006234896 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006234897 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_006234899 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_017447222 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | EDL79965 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_001101236 ⟸ NM_001107766 |
| - UniProtKB: | D3ZN60 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MSGGGEQPDILSVGILVKERWKVLRKIGGGGFGEIYDALDMLTRENVALKVESAQQPKQVLKMEhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006234899 ⟸ XM_006234837 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A0A0G2JYZ1 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MSGGGEQPDILSVGILVKERWKVLRKIGGGGFGEIYDALDMLTRENVALKVESAQQPKQVLKMEhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006234897 ⟸ XM_006234835 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A0A0G2JYZ1 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MSGGGEQPDILSVGILVKERWKVLRKIGGGGFGEIYDALDMLTRENVALKVESAQQPKQVLKMEhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006234895 ⟸ XM_006234833 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A0A0G2JYZ1 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MSGGGEQPDILSVGILVKERWKVLRKIGGGGFGEIYDALDMLTRENVALKVESAQQPKQVLKMEhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_006234896 ⟸ XM_006234834 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | A0A0G2JYZ1 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MSGGGEQPDILSVGILVKERWKVLRKIGGGGFGEIYDALDMLTRENVALKVESAQQPKQVLKMEhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_017447222 ⟸ XM_017591733 |
| - Peptide Label: | isoform X2 |
| - Sequence: |
MSGGGEQPDILSVGILVKERWKVLRKIGGGGFGEIYDALDMLTRENVALKVESAQQPKQVLKMEhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000070846 ⟸ ENSRNOT00000090680 |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000060585 ⟸ ENSRNOT00000066181 |
TranscriptomeStrain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1311661 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000011059 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000060585 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOP00000070846 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000066181 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000090680 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| InterPro | Kinase-like_dom | UniProtKB/TrEMBL |
| Prot_kinase_cat_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
| Protein_kinase_ATP_BS | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:311349 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 311349 | ENTREZGENE |
| Pfam | Pkinase | UniProtKB/TrEMBL |
| PhenoGen | Ttbk2 | PhenoGen |
| PROSITE | PROTEIN_KINASE_ATP | UniProtKB/TrEMBL |
| PROTEIN_KINASE_DOM | UniProtKB/TrEMBL | |
| SMART | S_TKc | UniProtKB/TrEMBL |
| Superfamily-SCOP | Kinase_like | UniProtKB/TrEMBL |
| UniGene | Rn.140880 | ENTREZGENE |
| UniProt | A0A0G2JYZ1 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| D3ZN60 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2008-03-07 | Ttbk2 | tau tubulin kinase 2 | Ttbk1_predicted | tau tubulin kinase 1 (predicted) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Ttbk1_predicted | tau tubulin kinase 1 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |
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| More on Ttbk2 | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
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Ensembl Gene |
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JBrowse: rn5 rn6 |
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NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 1311661 |
| Created: | 2005-01-12 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2020-08-20 |
| Status: | ACTIVE |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
